Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity, akreditace, podzim 2007

Studijní program Biologie (Doktorský 4 roky)

Návrat na seznam studijních programů

Přechod na seznam studijních oborů

Kód 1501V
NázevBiologie
Název anglickyBiology
Krátký názevBiologie
Krátký název anglickyBiology
Typ studijního programuDoktorský 4 roky
Standardní doba studia4
Udělovaný titulDoktor (Ph.D.)
Rozšíření akreditace na další právnickou osobuAno
Rozšíření stávající akreditace studijního programu,
nebo reakreditace některých jeho oborů
Ano

Tato stránka obsahuje:

Přílohy:

Cíle studia ve studijních oborech předkládaných k akreditaci

Doktorský studijní program Biologie je souhrnem studijních oborů biologického směru. Navazuje na magisterské studium biologických oborů přírodovědeckých fakult, ale může vychovávat i absolventy učitelských kombinací s biologií nebo absolventy jiných oborů (například biochemie, biomolekulární chemie) nebo jiných vysokých škol. Podmínkou je biologické zaměření dosavadního studia, tj. studium živých organismů od molekulární, přes buněčnou a orgánovou úroveň po jedince, populace, společenstva a ekosystémy. Navrhovaný studijní obor DSP Genomika a proteomika svým zaměřením a předpokládaným uplatněním absolventů do studijního programu Biologie dobře zapadá. Cílem studia je vychovat odborníky v dané oblasti, kteří budou kvalifikováni zastávat patřičné místo v praxi, a to buď ve výzkumu nebo v provozu včetně pedagogické práce, případně obojí, jako např. na vysokých školách. Oborová rada biologie stanoví rámcová pravidla tohoto studia. Konkrétní náplň určují oborové komise.

Rozšíření akreditace na instituci

Stávající akreditace SP Biologie pro obor  Genomika a proteomika počítá s rozšířením na instituci: Biofyzikální ústav AV ČR Brno.



 


Profil absolventa studijních oborů předkládaných k akreditaci

Program Biologie nabízí velmi široké zaměření v rámci biologických disciplín - tradičně koncipované obory obecné biologie, směry systematické biologie a ekologie, směry založené na molekulárních přístupech i specializovanou matematickou biologii. V současné době se však objevují mezioborové směry,  zejména  jako průnik molekulární biologie do taxonomie, systematiky a ekologie, popř. principy umělé inteligence uplatňované v taxonomii. Stále více jsou využívány laboratorní a terénní přístroje pro analýzu a automatickou registraci dat a zvyšuje se aplikování matematických postupů na ověření významnosti zjištěných jevů. Nedilnou součástí studijního programu je prohlubování znalostí cizího jazyka/ů (v Biologii zejména angličtina) se zaměřením na odbornou problematiku.

Absolventi DSP Biologie se uplatní v základním i aplikovaném výzkumu celostátního i resortního charakteru, v ústavech AV ČR a na vysokých školách. Absolventi jsou profilováni  tak, aby byli schopni plnit požadavky na samostatnou tvůrčí vědeckou práci a jejich úroveň byla srovnatelná  s úrovní zahraničních absolventů. I když se  absolventi uplatnují především na domácích pracovištích, ti nejlepší jsou schopni působit dlouhodobě na špičkových zahraničních pracovištích -  několik našich absolventů v zahraničí již dlouhodobě působí. Absolventi se dále uplatňují na středních školách, ve zdravotnických zařízeních, v laboratorních provozech a firmách, specializovaných laboratořích, muzeích, zemědělství, veterinární medicíně, potravinářství, v institucích ochrany přírody a státní správy apod.

Absolvent oboru Genomika a proteomika získává především rozsáhlé a hluboké vědomosti o struktuře a funkci genomu na všech základních úrovních živých soustav (tj. virový genom, genom bakterií, protozoí, hub a kvasinek, řas, vyšších rostlin, živočichů, a podrobněji genom člověka). V průběhu studia si prohlubuje a rozšiřuje znalosti a dovednosti v základních biologických disciplinách (především genetika, molekulární biologie, mikrobiologie, imunologie, biostatistika, fyziologie organismů), biochemii a chemii (obecná biochemie, enzymologie, biochemické metody) a biofyzice (biofyzikální metody). Kromě teoretických principů daného oboru jsou studenti rovněž podrobně seznámeni s praktickým prováděním základních a pokročilých metod využívaných v jednotlivých disciplinách. Absolventi tohoto směru se uplatní především v základním a aplikovaném výzkumu zaměřeném na analýzu genomů, v bioinformatice (včetně aspektů evolučních), v oblasti molekulární medicíny (nádorová onemocnění, familiální a dědičné choroby, genové terapie), v oblasti genového inženýrství mikroroganismů, rostlin a živočichů, ve vývoji nových biotechnologií, ve farmakogenomice a při analýze proteomů jednotlivých skupin organismů, včetně člověka.

 

Pravidla pro postup studia ve studijních oborech předkládaných k akreditaci

Pravidla pro postup  v programu stanoví podmínky, které musí student splnit v průběhu studia a při jeho řádném ukončení a pravidla pro sestavování studijních plánů v programu. Tato pravidla jsou v souladu s vnitřními univerzitními a fakultními předpisy  podle  Zákona o VŠ 111/1998 Sb. a Studijního a zkušebního řádu MU, který stanoví základní podmínky.  V rámci jednotlivých oborů mohou být požadavky vůči minimálním podmínkám upraveny podle zvyklostí oboru (např. nastavení scientometrických úrovní). Specifikace eventuelní odlišnosti podmínek studia v programu či oboru od minimálních podmínek je součástí položky Doporučený individuální studijní plán, který obsahuje pravidla zařazování jednotlivých studijních předmětů nebo jejich částí do studijního plánu z hlediska jejich obsahové a časové návaznosti. Sestavování studijních plánů se dále řídí požadavky jednotlivých školitelů v dohodě se studenty.  Průběžné plnění požadavků studijních programů je hodnoceno zásadně prostřednictvím kreditového systému založeného na ECTS.


 


Doporučený individuální studijní plán - Obecná charakteristika

Průběh studia se řídí individuálním studijním plánem schváleným oborovou radou/komisí na návrh studenta předložený prostřednictvím školitele. Individuální studijní plán má přednost před harmonogramem akademického roku.

V průběhu studia je student povinen prokázat kompetenci v akademické a odborné  angličtině nebo jiném světovém jazyce obvyklém pro program nebo obor.
 
Součástí studia v doktorském programu jsou kromě přípravy disertační práce (čl. 8 odst. 3) zejména:
a)   předměty rozšiřující a prohlubující znalosti širšího vědního oboru nad rámec studia v magisterském programu,
b)   předměty prohlubující specializované znalosti,
c)   specializované odborné semináře,
d)   příprava  a pomoc ve výuce v bakalářských a magisterských programech.
 

Záměr rozvoje a odůvodnění studijních oborů předkládaných k akreditaci

Studijní program Biologie je nosným programem fakulty, a to nejen vzhledem k počtu studentů ve všech úrovních studia. Dlouhodobý zájem o různé formy studia biologického zaměření vede ke značnému převisu poptávky nad možnostmi biologických ústavů. Přesto se snažíme zvyšovat počty studentů přijatých do bakalářského a magisterského studia. Každoroční nárůst studentů Bc. a Mgr. studia v posledních letech pak nutně přinese také další zvýšení zájmu o doktorské studium  v příštích letech.  Stabilizace doktorského studia jeho rozšířením na 4 roky umožní nejen udržet vysokou náročnost na samotné studium, ale zajistí dostatečný prostor pro využívání nejnovějších výzkumných přístupů i metod práce, včetně využívání moderního přístrojového vybavení, což  je ovšem vše časově velmi náročné. Rozšíření studia tak zajistí nejen srovnatelnost našich studentů na mezinárodním poli, ale i  jejich vyšší standard, klid na kvalitní práci a tím v neposlední řadě i snižování počtu těch, kteří studium neukončí (většinou z existenčních důvodů, v tom se biologické obory zjevně neodlišují od oborů ostatních programů). Prodloužení studia na 4 roky má také podnítit častější zahraniční stáže v délce několika měsíců, jež by se postupně mohly stát součástí studijního programu každého biologického doktoranda. Stabilizačním procesem ze strany školitelů a dalších vyučujících je dlouhodobá generační obměna učitelů, provázená stále se zvyšujícími nároky na habilitandy i profesorská řízení. Významnou okolností, která umožňuje zkvalitňovat studium a přijímat studenty do specializací, které fakulta nemá, je spolupráce a rozšiřování akreditace na některé ústavy AV ČR, případně pracoviště fakultních nemocnic.  Zásadní otázkou je také finanční krytí výzkumu studentů DSP studia. V současné době OR i jednotlivé OK přijmou jen takové studenty, jejichž školitelé prokáží schopnost takový výzkum materiálně zajistit. K nepřijetí z těchto důvodů však prakticky nedochází, protože tomu napomáhá vysoká grantová úspěšnost pracovníků biologických ústavů PřF MU a spolupracujících ústavů AV ČR. Také tři Výzkumné záměry MŠMT přinášejí zásadní prostředky jak pro obory experimentální, tak samostatně pro systematické obory a Antropologii, jejichž součástí jsou také vysoké investiční prostředky zabezpečující laboratorní vybavení a následný provoz na špičkové úrovni. Je už proto samozřejmostí, že studenti většiny oborů, mající toto kvalitní zázemí, končí studia ne jen s jednou povinnou, ale velmi často s několika impaktovými publikacemi, aktivními zahraničními vystoupeními, a konečně i s dlouhodobými zahraničními pobyty. Publikování v kvalitních časopisech je však mnohdy časově dosti náročné a také organizování zahraničních pobytů i samotný pobyt (nebo pobyty) vyžadují dobu, která může chybět pro vypracování vlastní dizertační práce. Navrhovaná doba studia 4 roky odpovídá vysokým požadavkům na úspěšného absolventa DSP v tak komplexním, kompetitivním a rychle se rozvíjejícím oboru, jakým genomika a proteomika je. Dosavadní výsledky pracovních týmů, které se podílejí na akreditaci DSP Genomika a proteomika, byly vysoce hodnoceny i mezinárodní evaluační komisí, která v r. 2005 prováděla vnitřní "vědecký audit" fakulty.

Pracoviště, které bude studijní obor Genomika a proteomika garantovat, disponuje moderním přístrojovým vybavením pro molekulárně-biologické práce, fluorescenční mikroskopii a spektroskopii, separační techniky (elektroforetické, chromatografické a centrifugační postupy). Dále má k dispozici automatické sekvenátory a syntetizér oligonukleotidů i zázemí pro kultivaci rostlin (skleníky, fytotrony). Součástí pracoviště je Centrální laboratoř (CL), která se zabývá se vývojem a zaváděním nových bioanalytických postupů, účastní se výzkumných projektů zejména biomedicínského zaměření uvnitř MU i ve spolupráci s dalšími pracovišti v regionu (FN Brno aj.), poskytuje služby v oblasti genomických a proteomických technik nejen v rámci Masarykovy univerzity, ale i pro spolupracovníky a zákazníky v ČR a zahraničí.  Profilovými laboratořemi jsou: Proteomická laboratoř (1-D a 2-D multigelová elektroforéza, kapalinová chromatografie, hmotnostní spektrometrie  (MALDI-TOF MS a LCMS/MS, nový systém LC MS/MS s iontovou pastí), Laboratoř DNA sekvenování a fragmentační analýzy (2x Genetický analyzátor DNA ABI PRISM 310, Perkin Elmer),  Laboratoř syntézy oligonukleotidů (Expedite 8909, PerSeptive Biosystems), Laboratoř automatické mikroskopie. Na pracovišti bylo dále z prostředků Rozvojového programu MU vybaveno praktikum pro výuku molekulárně-biologických metod a moderní bioinformatická učebna. To vše bude přispívat k moderní a  kvalitní přípravě odborníků v oblasti genomiky a proteomiky.



 


Disertační práce ve studijních oborech předkládaných k akreditaci

Rámcové požadavky na disertační práci

Jednotlivé OK, na ktere OR delegovala většinu svých pravomocí,  stanovily pro své obory následující požadavky na DP:

Genomika a proteomika

Doktorská disertační práce může být předložena k obhajobě, je-li založena na výsledcích, které byly publikovány (nebo byly přijaty k publikaci) v mezinárodním recenzovaném odborném časopise s IF minimálně 1, přičemž uchazeč musí být prvním autorem této publikace a prokázat písemným potvrzením spoluautorů, že převážná část výsledků v publikaci je součástí jeho disertační práce. Podmínku publikace v mezinárodním recenzovaném časopise nelze nahradit jinou formou odborného sdělení (příspěvky na kongresech, abstrakta atd.). Vedle publikace nebo předložení potvrzení o rukopise přijatém do tisku předloží doktorand disertační práci, jejíž rozsah je určen školitelem. Disertační práce může mít též formu souboru publikací s komentářem shrnujícím současný stav problematiky, cíle práce, komentář k dosaženým výsledkům, souhrn a seznam použité literatury. 


Návrh témat disertační práce

Pro jednotlivé obory byla zadána následující témata DP (jen výběr, v závorce školitel):

Genomika a proteomika
  • Development of species-specific nucleosome positioning sequence patterns (Vývoj druhově-specifických sekvenčních kódů pro polohu nukleozómů) (Trifonov+Fajkus) 
  • Comparative study of modular structure of telomerases (Komparativní studium modulární struktury telomeráz) (Trifonov+Sýkorová)
  • Modular and fine functional analysis of proteins of Structural Maintenance of Chromosomes (SMC) (Modulární a podrobná funkční analýza proteinů skupiny SMC) (J. Paleček+Trifonov)
  • Dynamika proteomu Arabidopsis thaliana ve vztahu k hormonálním regulacím (Hejátko+Zdráhal)
  • Analýza epigenetických změn při molekulární terapii závažných onemocnění (Fajkusová+Zdráhal)
  • Úloha repetitivních sekvencí v evoluci genomů (Lysák)

 

Obhajoba disertační práce

Podmínky a průběh obhajoby disertační práce stanovuje Studijní a zkušební řád MU,  čl. 32 a čl. 33 :
Obhajoba disertační práce
(1) Podmínkou pro podání přihlášky k obhajobě disertační práce (dále jen „přihláška“) je
     a) předchozí úspěšné složení státní doktorské zkoušky, nebo
     b) současné podání přihlášky ke státní doktorské zkoušce; v tomto případě se obhajoba práce a státní doktorská zkouška  konají v jednom dni; a
     c) vykonání oponentního řízení (odstavce 4 a 5).
(2) Přihlášku podává uchazeč děkanovi prostřednictvím IS MU ve lhůtě stanovené harmonogramem akademického roku. Součástí přihlášky je
     a) předepsaný počet výtisků disertační práce a její předchozí zadání do ISMU (čl. 30 odst. 4),
     b) abstrakt disertační práce,
     c) seznam uveřejněných prací uchazeče a prací přijatých k uveřejnění a
     d) profesní  životopis.
Je-li tak stanoveno rozhodnutím oborové rady, je součástí přihlášky i autoreferát. Rozsah, formu a počet výtisků abstraktu popř. autoreferátu včetně dalších náležitostí určí a zveřejní oborová rada.
(3) Termín obhajoby disertační práce navrhuje oborová rada a stanoví děkan na období toho semestru, pro který uchazeč podal přihlášku.
(4) Děkan jmenuje na návrh oborové rady nejméně dva oponenty disertační práce, z nichž alespoň jeden není zaměstnancem MU. Školitel nesmí být oponentem. Totéž platí pro bývalého školitele, došlo-li k jeho změně, popř. pro osobu v obdobném postavení.
(5) Každý z oponentů vypracuje posudek, ve kterém zhodnotí kvalitu disertační práce, vlastní přínos studenta a zejména jeho schopnost samostatné tvůrčí činnosti ve výzkumné oblasti. Posoudí rovněž jazykovou a formální úroveň práce. V závěru posudku oponent explicitně uvede, zda student prokázal, nebo neprokázal tvůrčí schopnosti v dané oblasti výzkumu a zda práce splňuje, nebo nesplňuje požadavky standardně kladené na disertační práce v daném oboru. Vyžádání dodatečných posudků v případě neshody ve stanoviscích oponentů není přípustné. Student má právo být seznámen s posudky nejméně 7 pracovních dnů před obhajobou.
(6) Obsahují-li závěry předepsané v odstavci 5 alespoň jedno negativní vyjádření u každého z posudků, není student povinen předložit práci k obhajobě. Úmysl využít této možnosti je povinen oznámit prostřednictvím IS MU nejpozději 5 pracovních dnů před termínem obhajoby, jinak se jeho přihláška k oponentnímu řízení stává přihláškou k obhajobě práce. Možnosti nepředložit práci k obhajobě může student využít pouze jednou.
(7) Obhajoba disertační práce se koná v českém jazyce nebo v anglickém jazyce, popřípadě v jazyce obvyklém pro daný obor a schváleném oborovou radou.
(8) Obhajoba disertační práce se hodnotí slovy podle klasifikační stupnice stanovené čl. 17 odst. 1.
(9) V případě ukončení obhajoby disertační práce s hodnocením „nevyhovující“ má student právo obhajobu opakovat, a to pouze jednou. Děkan na návrh oborové rady stanoví termín opakování a komise pro obhajobu disertační práce podmínky opakování. Termín musí být stanoven nejpozději na období následujících dvou semestrů. Podmínky pro opakování je komise povinna stanovit nejpozději do jednoho měsíce po termínu konání neúspěšné obhajoby. Do termínu opakované obhajoby může děkan studentovi přerušit studium. Doba takto přerušeného studia se nezapočítává do celkové doby přerušení podle čl. 27 odst. 3.
(10) Nedostaví-li se student k obhajobě ve stanoveném termínu a neomluví-li přijatelně svou neúčast do pěti dnů po uplynutí termínu, je hodnocen stupněm ”nevyhovující”.
(11) V případě, že se státní zkouška a obhajoba disertační práce konají v jednom dni, je jmenována jedna komise, splňující podmínky pro složení komise pro státní doktorské zkoušky i komise pro obhajobu disertační práce.
(12) Obhajoba disertační práce a vyhlášení výsledku jsou veřejné. 

Obsah a rozsah státní doktorské zkoušky ve studijních oborech předkládaných k akreditaci

Státní doktorská zkouška (SDZ) probíhá podle Studijního a zkušebního řád MU, čl. 31 a 33. Dále jsou uvedeny okruhy SDZ pro jednotlivé obory programu Biologie.

 Genomika a proteomika

    Obecné předměty SDZ:
     
    • genomika
    • proteomika
    • bioinformatika
    • molekulární a buněčná biologie
    • obecná genetika a cytogenetika
    • metody molekulární biologie, biochemie a biofyziky
     
    Speciální předměty SDZ (dle zaměření disertační práce):
     
    • genomika a proteomika vybraných modelových organismů
    • genetika a genomika člověka
    • strukturní biologie – experimentální a výpočetní přístupy
    • metody analýzy genomu a genové manipulace
    • metody analýzy proteomu
    • aplikace bioinformatiky pro studium struktury, funkce a evoluce biologických makromolekul
    • genomické a proteomické přístupy v diagnostice chorob

 

Personální zabezpečení studijních oborů předkládaných k akreditaci

Program je zabezpečován
  • oborovou radou,
  • oborovými komisemi,
  • školiteli,
  • přednášejícími,

Složení oborové rady je uvedeno v samostatné příloze.

Složení oborové komise, školitelů a přednášejících je uvedeno u jednotlivých oborů.

Návrat na seznam studijních programů

Poslední změna: RNDr. Kamila Neplechová Ph.D.11.10.2007 13:39