Pracovní skupina pro výzkum vegetace

Ústav botaniky a zoologie | Přírodovědecká fakulta | Masarykova univerzita

Česká národní fytocenologická databáze

Informace pro české uživatele databází a programu Turboveg

Stav centrální databáze | Turboveg for Windows | Zásady práce s DB
Koordinátoři | Výměna a poskytování dat | Literatura | Poděkování


Česká národní fytocenologické databáze (ČNFD) je úložiště pro digitalizované fytocenologické snímky zaznamenané v České republice, které jsou používány pro účely základního i aplikovaného ekologického výzkumu i v ochraně přírody. Tato činnost je součástí širších mezinárodních aktivit řízených pracovní skupinou European Vegetation Survey při Mezinárodní společnosti pro výzkum vegetace (International Association for Vegetation Science). V rámci partnerství s časopisy Preslia a Zprávy České botanické společnosti slouží Česká národní fytocenologická databáze k archivaci fytocenologických snímků vztahujících se k publikovaným článkům. Floristická data z fytocenologických snímků uložených v České národní fytocenologické databázi jsou veřejně dostupná na webovém portálu Databanka flóry České republiky (FloraBase).

Česká národní fytocenologická databáze je spravována na Ústavu botaniky a zoologie Masarykovy univerzity v Brně, kde jsou také data z lokálních databází shromažďována v tzv. centrální databázi. Hlavní koordinátoři databáze jsou Milan Chytrý (chytry_at_sci.muni.cz) a Dana Michalcová (dočasně zastupuje Ilona Knollová, ikuzel_at_sci.muni.cz), lokální koordinátoři jsou také na jiných pracovištích (viz seznam koordinátorů databáze). Součástí databázového projektu je také rozvoj metod pro analýzu dat.

Stav centrální databáze

Databáze v současné době obsahuje přibližně 108,5 tis. snímků (108 502, únor 2015) z celého území České republiky (obr. 1) zapsané od roku 1922 (obr. 2, dole) více než 650 botaniky. Největší počet snímků byl zaznamenán ve vegetaci listnatých lesů (Querco-Fagetea), luk a pastvin (Molinio-Arrhenatheretea) nebo vysokých ostřic (Phragmito-Magno-Caricetea; obr. 2, nahoře). Fytocenologická bibliografie s vyznačením publikací excerpovaných v centrální databázi je k dispozici zde.


Přibližné rozmístění fytocenologických snímků v České republice

Obr. 1. Přibližné rozmístění fytocenologických snímků v České republice podle České národní fytocenologické databáze. Velikost symbolů je proporcionální k počtu snímků.


Počty snímků z různých vegetačních tříd a různých let

Obr. 2. Počty snímků z různých vegetačních tříd a různých let. Údaje platné v únoru 2015.


Základní údaje o České národní fytocenologické databázi lze najít v článku v časopise Preslia (Chytrý & Rafajová 2003). Tato publikace se používá jako standardní citace databáze. Aktualizované údaje se nacházejí také v krátké zprávě publikované v časopise Biodiversity & Ecology (Chytrý & Michalcová 2012). Databáze je registrována v celosvětovém přehledu vegetačních databází Global Index of Vegetation-plot Databases (Dengler et al. 2011) pod kódem EU-CZ-001.

Turboveg for Windows

Program TURBOVEG (Hennekens & Schaminée 2001) je základním softwarem také pro Českou národní fytocenologickou databázi. V České republice může tento software zdarma získat každý amatérský i profesionální botanik, ekolog, student nebo pracovník ochrany přírody zabývající se studiem vegetace, pokud souhlasí s dodržováním níže stanovených podmínek pro práci s databází a je ochoten účastnit se výměny elektronických dat uložených v databázi. Pro získání přístupových práv kontaktujte Danu Michalcovou (dočasně zastupuje Ilona Knollová, ikuzel_at_sci.muni.cz) nebo Milana Chytrého (chytry_at_sci.muni.cz). Pro zpracování fytocenologických dat uložených v programu TURBOVEG doporučujeme používat program JUICE (Tichý 2002), který lze zdarma stáhnout zde.

Instalace TURBOVEG for WINDOWS

Zásady práce s databází

Každý zadavatel smí zadávat fytocenologické snímky do databáze jen pod určitými čísly přidělenými lokálním koordinátorem. Tím získává jistotu, že pod stejnými čísly nezadává jiné snímky někdo jiný. V rámci stejného číselného rozsahu přiděleného lokálním koordinátorem se zadávají i citace literatury, pokud jsou zadávané snímky přebírány z publikovaných zdrojů.

Autoři, kteří dosud nemají přidělen rozsah čísel, dostanou čísla přidělena při poskytnutí prvního souboru snímků do centrální databáze, tj. nejprve číslují své snímky od jedničky a pak celý soubor pošlou koordinátorovi centrální databáze, který snímkům přidělí volná čísla a přečísluje je. Pokud se zadavatel chystá své snímky publikovat, je kvůli odkazování vhodné mít již přidělená čísla z centrální databáze. Seznam rozsahů již přidělených čísel najdete zde.

Pro začátečníky doporučujeme k prostudování manuál popisující vytváření databází a zadávání dat do Turbovegu.

Seznam druhů cévnatých rostlin používaný v TURBOVEGu je modifikovanou verzí díla Liste der Gefäßpflanzen Mitteleuropas (Ehrendorfer 1973) v němž lze najít také většinu synonym pro správný převod nomenklatury. Pokud přesto vzniknou pochybnosti při synonymizaci jmen rostlin uváděných v originálních zdrojích, je lépe nepsat daný druh do seznamu druhů ve snímku, ale do databázového pole Remarks, a to spolu s hodnotou pokryvnosti. Odtud bude po vyjasnění nomenklatorického problému možné kdykoliv v budoucnosti převést údaj do databáze. Tento seznam byl v roce 2015 aktualizován. Žádné nové druhy se oproti verzi z roku 2010 nepřidávaly, pouze u některých došlo k úpravě jména. Obě verze jsou kompatibilní. Jména mechorostů a lišejníků jsou v databázi sjednocena podle standardní literatury (Frey et al. 1995, Pišút et al. 1993). Druhový seznam používaný v České národní fytocenologické databázi, označovaný jako Czechia_Slovakia_2015, je shodný se seznamem používaným v Centrální databázi fytocenóz na Slovensku. Připomínky a návrhy k seznamu druhů prosím adresujte na danmich_at_sci.muni.cz. Seznam syntaxonů používaný v TURBOVEGu je vytvořen podle díla Rostlinná společenstva České republiky a jejich ohrožení (Moravec et al. 1995).

Seznam koordinátorů databáze

Výměna a poskytování dat

Pro zajištění účinné výměny dat si dovolujeme požádat všechny uživatele TURBOVEGu, kteří do databáze zadali jakákoliv data, aby je poskytli do centrální databáze zasláním na adresu danmich_at_sci.muni.cz nebo chytry_at_sci.muni.cz. Data z centrální databáze mohou být podle přání jejich autora nebo dodavatele poskytována ostatním uživatelům ve třech režimech:

  1. Veřejná data volně dostupná online z veřejné části databáze
  2. Veřejná data dostupná na požádání od správce centrální databáze pro účely akademického výzkumu nebo aplikací v ochraně přírody, nikoliv však pro komerční využití. Žádosti o poskytnutí dat vyřizuje Dana Michalcová (dočasně zastupuje Ilona Knollová, ikuzel_at_sci.muni.cz) nebo Milan Chytrý (chytry_at_sci.muni.cz) na základě e-mailem doručeného vysvětlení, jak a k čemu budou data použita, a specifikace výběru a požadovaného formátu. Kritéria výběru fytocenologických snímků z databáze a formáty exportovaných snímků najdete zde.
  3. Neveřejná data pouze uložená v centrální databázi, ale veřejně neposkytovaná, případně poskytovaná pouze pro účely specifikované dodavatelem.

Při použití dat vybraných z databáze v publikacích se uvádí tato standardní citace databáze:

  • Chytrý & Rafajová (2003): Czech National Phytosociological database: basic statistics of the available vegetation-plot data. Preslia 75: 1–15.

Současně se citují i publikace se zdrojem dat nebo autoři nepublikovaných dat. Tyto citace lze vynechat v případě použití fytocenologických snímků z velkého množství zdrojů, v nichž snímky z žádného zdroje výrazně nepřevažují, a to u publikací, jejichž charakter nedovoluje citovat všechny zdroje (např. články s omezeným počtem citací).

Aktualizované verze společných databází

Aktuální verze seznamu druhů: species.zip (08. 02. 2016)

Aktuální verze společných databází, tzv. popup lists: popup.zip (21. 11. 2016)

Soubor species.zip rozbalte a složku Czechia_Slovakia_2015 vložte do složky species (C:/Program Files/TURBOWIN/species). V Turbovegu připojte seznam druhů (species list) pomocí modify database attributes ke konkrétní databázi. Soubor popup.zip rozbalte a obsah vložte do složky popup (C:/Program Files/TURBOWIN/popup), při vkládání přepište všechny staré soubory.

TURBOVEG CHECK-UP – program pro kontrolu databází

Tato speciálně upravená databáze v programu MS ACCESS slouží ke kontrole fytocenologických snímků zapsaných do programu TURBOVEG. Její hlavní funkcí je vyhledávání chyb v druhových a hlavičkových datech. V druhových datech jsou to například překlepy ve jménech druhů nebo chybně uvedená vegetační patra, v hlavičkových datech např. chybějící údaje v povinných polích nebo chybné souřadnice. Aplikace se ovládá pomocí jednoduchého rozhraní, a je proto možné ji používat i bez znalosti práce s MS ACCESS. Chyby nebo údaje ve formě souhrnů se zobrazují jako přehledné sestavy, které lze vytisknout. TURBOVEG CHECK-UP používá pro hledání chyb tabulky, které lze pravidelně aktualizovat z těchto webových stránek. Kromě toho se v aplikaci nacházejí odkazy na informace o České národní fytocenologické databázi. Bližší informace a odkazy na stažení aplikace najdete zde.

Literatura

  • Ehrendorfer F. (ed.) (1973): Liste der Gefäßpflanzen Mitteleuropas. Ed. 2. G. Fischer, Stuttgart.
  • Frey W., Frahm J. P., Fischer E. & Lobin W. (1995): Die Moos- und Farnpflanzen Europas. G. Fischer, Stuttgart.
  • Hennekens S.M. & Schaminée J.H.J. (2001): TURBOVEG, a comprehensive data base management system for vegetation data. Journal of Vegetation Science, 12: 589–591. [pdf]
  • Chytrý M. & Michalcová D. (2012): Czech National Phytosociological Database. In: Dengler J., Oldeland J., Jansen F., Chytrý M., Ewald J., Finckh M., Glöckler F., Lopez-Gonzalez G., Peet R.K. & Schaminée J.H.J., Vegetation databases for the 21st century, Biodiversity & Ecology, 4: 345. [pdf]
  • Chytrý M. & Rafajová M. (2003): Czech National Phytosociological Database: basic statistics of the available vegetation plot-data. Preslia, 75: 1–15. [pdf]
  • Kubát K., Hrouda L., Chrtek J. jun., Kaplan Z., Kirschner J. & Štěpánek J. (eds.) (2002): Klíč ke květeně České Republiky. Academia, Praha.
  • Moravec J., Balátová-Tuláčková E., Blažková D., Hadač E., Hejný S., Husák Š., Jeník J., Kolbek J., Krahulec F., Kropáč Z., Neuhäusl R., Rybníček K., Řehořek V. & Vicherek J. (1995): Rostlinná společenstva České republiky a jejich ohrožení (Red list of plant communities of the Czech Republic and their endangerment). Ed. 2. Severočes. Přír., Suppl. 1995: 1–206.
  • Pišút I., Lackovicová A. & Lisická E. (1993): Súpis lišajníkov Slovenska. Biológia, 48, Suppl. 1: 53–98.
  • Schaminée J.H.J., Hennekens S.M., Chytrý M. & Rodwell J.S. (2009): Vegetation-plot data and databases in Europe: an overview. Preslia, 81: 173–185. [pdf]
  • Tichý L. (2002): JUICE, software for vegetation classification. Journal of Vegetation Science, 13: 451–453. [pdf]

Poděkování

Dovolujeme si poděkovat všem, kteří dosud přispěli k tvorbě České národní fytocenologické databáze:

  • Irena Axmanová
  • Lucie Benediktová
  • Denisa Blažková
  • Karel Boublík
  • Jana Božková
  • Kateřina Bubíková
  • Lucia Cachovanová
  • Jaroslava Cieslarová
  • David Cigánek
  • Šárka Cimalová
  • Jaroslav Čáp
  • Alžběta Čejková
  • Barbora Čepelová
  • Martin Černý
  • Tomáš Černý
  • Pavel Daněk
  • Jiří Danihelka
  • Alice Dingová
  • Daniel Dítě
  • Ctibor Dolejší
  • Jan Douda
  • Monika Dršková
  • Martin Duchoslav
  • Helena Dušková
  • Kamila Dvořáčková
  • Jana Dvořáková
  • Jana Ďoubalová
  • Jitka Effmertová
  • Libor Ekrt
  • Viktoria Eltsova
  • Martina Fabšičová
  • Karel Fajmon
  • Petr Filippov
  • Jarmila Filippovová
  • Zuzana Fronková
  • Jiří Galda
  • Michal Gerža
  • Marek Gonda
  • Tomáš Grulich
  • Michal Hájek
  • Petra Hájková
  • Jana Halúzová
  • Petra Hanáková
  • Handrij Härtel
  • Helena Havránková
  • Radim Hédl
  • Monika Hejdová
  • Eva Hettenbergerová
  • Aleš Hoffmann
  • Viera Horáková
  • Eliška Horodyská
  • Lucie Hradilová
  • Richard Hrivnák
  • Zdenka Hroudová
  • Jaroslav Hruban
  • Jindřich Chlapek
  • Markéta Chudomelová
  • Kryštof Chytrý
  • Ivan Jindra
  • Martin Jiroušek
  • Blanka Jírů
  • Jan Juřica
  • Michal Juříček
  • Jiří Juřička
  • Veronika Kalníková
  • Veronika Kalusová
  • Zdeněk Kaplan
  • Katrin Karimová
  • Petr Karlík
  • Alexandra Klaudisová
  • Leoš Klimeš
  • Ilona Knollová
  • Martin Kočí
  • Tereza Koubková
  • František Krahulec
  • Lucie Kratochvílová
  • Zdeněk Kropáč
  • Pavel Křížek
  • Tomáš Kučera
  • Anna Kulíková
  • Petr Kuneš
  • Josef Kutlvašr
  • Jana Kůrová
  • Jitka Laburdová
  • Flavia Landucci
  • Deana Láníková
  • Martin Lepší
  • Zdeňka Lososová
  • Hana Lukšíková
  • Pavel Lustyk
  • Samuel Lvončík
  • Michal Mazák
  • Kristina Merunková
  • Dana Michalcová
  • Zuzana Myšková
  • Tereza Náhlíková
  • Jana Navrátilová
  • Lydie Navrátilová
  • Martina Nejezchlebová
  • Zdenka Neuhäuslová
  • Jiří Němec
  • Jana Nová
  • Jan Novák
  • Pavel Novák
  • Ivan Ostrý
  • Zdenka Otýpková
  • Marcela Paloudová
  • Petra Pavlíčková
  • Sylvie Pecháčková
  • Jan Pergl
  • Tomáš Peterka
  • Michaela Petrová
  • Petr Petřík
  • Zuzana Plesková
  • Marie Popelářová
  • Jan Prančl
  • Helena Prokešová
  • Petr Pyšek
  • Marie Rafajová
  • Frank Richter
  • Ludmila Rivolová
  • Jan Roleček
  • Romana Roučková
  • Zuzana Rozbrojová
  • Jiří Rozehnal
  • Eva Rozehnalová
  • Marcela Řezníčková
  • Jiří Sádlo
  • Vojtěch Sedláček
  • Hana Sekerková
  • Martina Sojneková
  • Zdeněk Soldán
  • Zbyněk Sovík
  • Veronika Srnková
  • Lenka Staňková
  • Tomáš Svačina
  • Milan Šenkýř
  • Anna Šímová
  • Petr Šmarda
  • Markéta Špelinová
  • Petra Štěpánková
  • Kateřina Šumberová
  • Markéta Táborská
  • Lubomír Tichý
  • Jana Tkačíková
  • Adam Trčka
  • Jarmila Urbánková
  • Adam Veleba
  • Jiří Velebil
  • Jiří Vicherek
  • Ondřej Vild
  • Karla Vincenecová
  • Richard Višňák
  • Michaela Vítková
  • Pavla Vlčková
  • Jaroslav Vojta
  • Alena Vydrová
  • Tomáš Vymyslický
  • Petr Vysloužil
  • Tomáš Zedínek
  • David Zelený
  • Iva Zítková
  • Dominik Zukal
  • Kristýna Žáková