Doktorské studium

Studijní obor Fyziologie živočichů

Stručná charakteristika oboru

Obor je zaměřen na studium otázek současné fyziologie a imunologie. Výzkum je prováděn od buněčné přes orgánovou úroveň po modely celých živočišných organismů od háďátka po člověka, kde všude uplatňujeme techniky moderní molekulární biologie a špičkových zobrazovacích metod. Pracoviště zastřešuje výzkumná témata sahající od veterinárních přes biomedicínské aplikace po obecné otázky základního výzkumu. Zastoupeny jsou zejména problémy buněčných signalizací, které jsou klíčové pro pochopení procesů řídících embryonální vývoj, diferenciaci tkání a jejich regeneraci, stejně jako procesy karcinogeneze nebo imunitních regulací. Obor integruje metodické přístupy molekulární biologie, molekulární embryologie a buněčné biologie s morfologickými i behaviorálními.

Profil absolventa oboru

Absolvent doktorského studia Fyziologie živočichů je všestranně připravován pro uplatnění ve výzkumných i na aplikace zaměřených pracovištích. Široké spektrum témat řešených ve spolupráci se stále rostoucí řadou školicích pracovišť mimo fakultu a i v zahraničí dává absolventům možnost uplatnit se ať už ve špičkovém biomedicínském výzkumu nebo na pracovištích humánní či veterinární medicíny. Mimo humánně a veterinárně medicínské zaměření absolventi nacházejí uplatnění zejména jako vědečtí pracovníci na vysokých školách, v ústavech AV ČR, resp. v ústavech rezortních. Cílem studia oboru je připravovat české nebo i zahraniční studenty na samostatnou vědeckou práci a vybavovat je znalostmi a dovednostmi nezbytnými pro práci v širokém spektru vědeckých pracovišť na mezinárodní úrovni.

Vstupní požadavky na uchazeče o přijetí ke studiu

Cílem přijímacího řízení je najít a vybrat nejlepší a motivované studenty, kteří doktorské studium úspěšně zakončí v nejbližším možném termínu po 4 letech standardní doby prezenční formy studia. Základním požadavkem je absolutorium magisterského studia zahrnujícího fyziologické, biochemické nebo molekulárně biologické obory a znalost těchto oborů podložená výbornými studijními výsledky. Uchazeč o DSP by měl ještě před podáním přihlášky ke studiu kontaktovat školitele vypisujícího dané (viz Seznam níže), případně předsedu oborové komise a předběžně si vzájemně vyjasnit podmínky a požadavky práce. Oborová komise pak určí nejméně tříčlennou přijímací komisi, která prověří odborné schopnosti uchazeče v přijímacím pohovoru vedeném v anglickém jazyce. Uchazeč podá stručný návrh projektu své disertační práce, definuje očekávané výstupy a navrhne metodický postup. V diskusi s komisí a za přítomnosti svého školitele musí prokázat, že téma disertační práce je vědecky dobře podložené, experimentálně zvládnutelné a dostatečně finančně zajištěné.

Komise ověřuje a boduje úroveň odborných znalostí a předpokladů uchazeče k samostatné vědecké práci (0-200 bodů) a znalostí anglického jazyka (0-100 bodů). Pro přijetí musí uchazeč získat minimálně 120 bodů v odborné a minimálně 60 bodů v jazykové části zkoušky.

Studijní povinnosti a podmínky ukončení studia

Studium DSP Fyziologie živočichů vychází ze Studijního a zkušebního řádu Masarykovy univerzity, kde jsou stanoveny podmínky kreditového systému a ukončení studia. Mezi základní povinnosti studentů patří intenzivní práce na vlastním experimentálním výzkumném doktorském projektu. Předpokládá se samostatná tvůrčí činnost v úzké spolupráci se školitelem.

Studium je uskutečňováno formou individuálních studijních plánů (ISP), které jsou pro každý semestr dopředu upřesňovány studentem pod dohledem školitele, avšak vždy tak, aby byly během studia splněny všechny povinnosti popsané dále v textu. ISP jsou sestavovány tak, aby student úspěšně absolvoval studium v průběhu standardní doby studia a aby optimálně v prvních čtyřech semestrech získal potřebné kredity za (i) absolvování odborných předmětů a kurzů, (ii) aktivní účast na oborových seminářích, (iii) prokázání odborných kompetencí v angličtině (např. absolvování kurzu anglického jazyka a/nebo odborná přednáška na odborném fóru), (iv) za pomoc při výuce i případné další povinnosti. Na konci každého semestru je zhodnocena realizace ISP. V případě, že student neplní podmínky ISP, může školitel, oborová komise a/nebo oborová rada vyslovit nesouhlas s postupem do následujícího semestru.

Student má povinnost během studia získat objem kreditů rovný počtu semestrů x 30 kr. tedy za 4 roky standardní doby studia získat 240 kreditů. Student plní také další povinnosti vyplývající z fakultních či univerzitních pravidel - např. absolvování kurzu C7777 apod.

Během studia pracuje student zejména na disertační práci (XD100), jejíž kreditová hodnota během studia narůstá, čemuž odpovídá i zvyšující se čas věnovaný řešení disertační práce. Celková kreditová hodnota disertační práce během studia by měla být od jedné poloviny do dvou třetin minimální kreditové hodnoty studia, tj. 120-160 kreditů při čtyřletém studiu.

V prvním ročníku studia se student m.j. věnuje detailnímu studiu literatury k řešenému problému a zapisuje si příslušný kód XD101.

Ze získaných informací vypracuje v angličtině nebo češtině rešerši (XD104), kterou předloží školiteli. XD104 nemusí být splněno v prvních semestrech studia - jako rešerši může školitel uznat také studentem vypracovanou teoretickou část k disertační práci.

Ve třetím semestru studia student na Workshopu pro doktorandy prezentuje v angličtině postup svého výzkumného projektu před zástupci oborové komise včetně školitele. Připraví předem abstrakt svého vystoupení, který je součástí sborníku workshopu. V prezentaci o délce 15 minut s 10 minutovou diskusí představí svůj vědecký problém, cíle, hypotézy a zvolené způsoby jeho řešení, případně i primární dosažené výsledky. Členové komise ve formuláři schválí nebo neschválí přednesené teze a úroveň následné diskuse. V případě neschválení musí student vystoupit s přehledem své činnosti příští rok znovu. Pokud ani pak neuspěje, navrhne komise další postup, případně ukončení studia. Hodnotí se: 1) Celková znalost tématu včetně souvislostí a významu, 2) schopnost vysvětlit a prezentovat svou práci, 3) znalost hypotézy, způsobů řešení a alternativ 4) znalost experimentálních technik, 5) Formální stránka prezentace.

V průběhu studia je nutno prokázat kompetenci v akademické a odborné angličtině. Kompetenci student získává na příslušných kurzech (Angličtina pro biology, Akademická angličtina apod.). Před přihlášením k státní doktorské zkoušce (SDZ) student alespoň jednou získá zápočet za přednesení cizojazyčné přednášky (v angličtině) na kvalifikovaném odborném fóru (XD106).

Během studia (není povinné před přihlášením k SDZ) student alespoň jednou získá zápočet za přípravu cizojazyčné publikace pro časopis (XD105).

V prvních čtyřech semestrech studia mají studenti povinnost Pomoci s výukou v bakalářských a magisterských studijních programech (XD102). Formou plnění XD102 jsou kromě kontaktní výuky a pomoci při cvičeních také další vzdělávací a podobné aktivity (např. i vedení a oponování Bc prací, příprava studijních materiálů, pomoc při pořádání odborných akcí a konferencí, na exkurzích, letních školách, workshopech apod.). V případě dlouhodobé pravidelné výuky mají právo na uzavření dohody a odměnu. 

Jedenkrát v průběhu studia v kterémkoli semestru má student povinnost realizovat Zahraniční stáž (XD103) nebo Zahraniční pracovní pobyt (XD110) v minimálním rozsahu 1 měsíc. Tematicky náplň stáže nebo pobytu souvisí s disertační prací. Kreditové ohodnocení: 1 měsíc = 10 kr, 1 semestr = 30 kr.

Studenti navštěvují po celé studium ve stanoveném rozsahu (3 účasti za semestr) Doktorský seminář ÚEB (Bi0100 a Bi0101). V 1. až 8. semestru studia je pro ně povinný seminář Life Sciences (XD010), a to 6 účastí za semestr. Pro XD010 platí, že je-li student více než polovinu semestru na pracovním zahraničním pobytu, nemá povinnost si předmět zapisovat a trvá-li pobyt méně, požadavky na nutný počet účastí se sníží poměrně tomu, jak dlouhý je jeho zahraniční pobyt. Doloží-li absolvování ekvivalentního kurzu v zahraničí, bude mu absolvování XD010 uznáno.

Odborné kurzy. Kromě nahoře uvedených předmětů/kódů si student po domluvě se školitelem vybere z nabídky doporučených předmětů či z dalších předmětů Přírodovědecké fakulty či Lékařské fakulty Masarykovy univerzity (event. jiných univerzit) tak, aby (a) rozšířil znalosti širšího vědního oboru a (b) prohloubil specializované znalosti. Je doporučeno vybírat primárně z nabídky kurzů přednášených v angličtině a rozšiřující kurzy absolvovat během 1.-4. semestru studia.

Optimálně v průběhu 5. semestru a/nebo 1 rok před Obhajobou disertační práce student podá žádost o vykonání SDZ a v dalších semestrech jeho ISP předepisují zejména práci na dizertaci.

Povinnosti v kombinované formě studia. Studenti v kombinované formě studia si zapisovat doktorské semináře UEB Bi0100 a Bi0101 ani seminář Life Sciences XD010 nemusejí. ISP pro studenty v kombinované formě sestavuje školitel se studentem přiměřeně tak, že pro každý semestr stanoví alternativní povinnosti/úkoly, které nahradí povinnost docházky na oborový seminář (např. příprava zvláštní přednášky pro seminář, zpracování rešerše aj.) a povinnost plnění XD102 (např. vypracování materiálů nebo úloh pro výuku a cvičení, ad hoc pomoc při organizaci letních škol, dnů otevřených dveří apod.). ISP vždy schvaluje oborová komise (OK). Na konci semestru školitel/OK tyto zadané úkoly vyhodnotí a na základě jejich splnění udělí zápočty.

Podmínky pro státní doktorskou zkoušku

SDZ může student vykonat nejdříve v 5. semestru studia a po splnění povinností v bodech uvedených nahoře, tedy:

  • zápočet za XD100 v každém semestru,
  • absolvování předmětů rozšiřujících širší znalosti oboru a předmětů rozšiřujících specializaci (podle požadavků oborů),
  • minimálně 1x zápočet XD101,
  • minimálně 4x zápočty XD102,
  • minimálně 1x zápočet XD106,
  • zápočty za oborové semináře Bi0100, Bi0101, XD010
  • minimálně 1 x zápočet XD104
     

SDZ se má konat s dostatečným předstihem před obhajobou práce (ideálně 1 rok) a prvním krokem je ohlášení záměru ji vykonat studentem příslušné referentce děkanátu. Studenti zpracují na 1 stranu teze stavu svého projektu, které pošlou předsedovi komise minimálně týden před zkouškou. SDZ by se měla blížit do hloubky vedené debatě především nad doktorandovou prací od jejího významu a kontextu až po data a jejich zpracování a závěry. Při zkoušce má student prokázat dobrou orientaci v oblastech zahrnujících především vědecký problém řešený v disertační práci. Doktorand během max. 20 minut představí svůj výzkumný projekt, jeho hypotézy i data, které zatím má, jejich hodnocení, závěry a návrhy dalších kroků. Tato prezentace má již předběžnou podobu budoucí obhajoby hotové disertační práce. V navazující diskusi se členy komise má student osvědčit schopnost uplatňovat své znalosti k řešení konkrétních problémů. Hodnocena bude: 1) Celková znalost tématu včetně souvislostí a významu, 2) schopnost vysvětlit a prezentovat svou práci, 3) znalost hypotézy a způsobů řešení 4) znalost experimentálních technik, 5) schopnost správně interpretovat data, vyvozovat a diskutovat závěry.

Požadavky na doktorskou disertační práci

V souladu s mezinárodními zvyklostmi je preferovanou formou disertační práce soubor článků nebo rukopisů opatřený úvodní statí, která jednotlivé články logicky propojí a zasadí do kontextu současného poznání. V této úvodní stati, jejímž jediným autorem je doktorand, musí autor prokázat svůj odborný přehled a orientaci v daném oboru. Disertační práce v této formě obsahuje zpravidla tři, minimálně však dva články nebo rukopisy článků autora. Nejvhodnější formou je předložení celé práce v jazyce anglickém.

Úvodní stať obsahuje části Úvod, Přehled problematiky, Cíle práce, Výsledky a diskuse, Závěr, Literatura. Část Materiál a metody není nutné zařadit vzhledem k tomu, že dostatečné informace by měly být obsaženy v komentovaných publikacích v příloze. Výsledky a diskuse jsou z hlediska významu práce hlavní kapitoly, jejichž smyslem je prezentovat vlastní dosažené výsledky v kontextu již publikovaných poznatků, v textu musí doktorand prokázat svůj odborný nadhled a širší orientaci v oboru. Předpokládaný rozsah disertační práce je ekvivalent 30-40 stran textu (bez seznamu použité literatury a bez přiložených článků) standardního formátování Times New Roman 12b., řádkování 1,5.

Disertační práce musí být založena na vlastních a původních vědeckých výsledcích a nezbytnou podmínkou pro její přijetí je, aby její nejvýznamnější výsledky byly publikovány nebo přijaty k publikaci. Minimální požadavky jsou splněny, je-li doktorand prvním autorem jedné práce publikované v časopise z prvních dvou kvartilů periodik příslušného zaměření (podle Journal Citation Reports). V dalších článcích (minimálně jeden) mohou být libovolně spoluautorské.

Jsou-li články disertační práce psány se spoluautory, musí doktorand v disertační práci jasně vymezit svůj konkrétní věcný podíl na každém z nich (nejen procentní podíl). V případech sdíleného prvoautorství budou komisí na kvalitu publikací uplatňována obecně přísnější měřítka. Ve zcela výjimečných případech, např. pokud je to účelné při přípravě mimořádně kvalitní publikace, lze od některé z podmínek upustit. V takovém případě komise posoudí písemnou žádost školitele a může doporučit mimořádné přijetí práce k obhajobě. Student zároveň s prací vždy odevzdává také autoreferát v elektronické podobě.

U dizertační práce, která vyhovuje právě jen minimálním požadavkům, posuzuje hodnotící komise obzvláště pečlivě a kriticky celkovou kvalitu výsledků i dizertačního spisu a zpravidla výsledek hodnotí sníženou známkou.

Obhajoba doktorské disertační práce

Prvním formálním krokem obhajoby je ohlášení záměru ji vykonat studentem příslušné referentce děkanátu. Studenti při obhajobě disertační práce zpracovávají autoreferáty svých závěrečných prací, které pošlou předsedovi komise minimálně týden před obhajobou.  Vystoupení při obhajobě má trvání max. 25 minut, po kterém následuje vyjádření dvou oponentů na základě písemných posudků a jejich diskuse se studentem. Doporučuje se, aby jednání komise pro obhajobu dizertační práce bylo vedeno v angličtině a aby alespoň jedním z členů komise a/nebo opontem přítomným při obhajobě byl expert z respektovaného pracoviště ze zahraničí.

Informace o individuálním studijním plánu

Viz výše.

Seznam členů oborové komise

Seznam školitelů

Komise pro státní doktorské zkoušky a obhajoby

Seznam aktuálních témat doktorských prací

Odkaz na vlastní stránky oboru


login
© 2011 Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity. tel: +420 549 49 1111, e-mail:
Všechna práva vyhrazena.
Webmaster: Alan Kuběna,
Grafický design: © 2011 Mgr. Pavel Brabec,
Obsahová struktura: © 2011 Mgr. Zuzana Kobíková
Počet přístupů: 979563 od 2.8.2011