Doktorské studium

Studijní obor Genomika a proteomika

Stručná charakteristika oboru

Studijní obor Genomika a proteomika je zaměřen na studium vztahů mezi genetickou informací organismů a komplexem proteinů, které jsou daným genomem kódovány. Zaměřuje se též na funkce nekódujících sekvencí genomu, např. funkce regulační. Studenti by měli získat poznatky z různých oblastí genomiky a proteomiky.
Funkční genomika studuje vztahy mezi sekvencí, strukturou genů a jejich funkcí v organismu. Snaží se také osvětlit funkci tzv. nekódujících sekvencí, které tvoří větší část genomu. Evoluční genomika se snaží objasnit příčiny a důsledky změn v genomech v průběhu evoluce. Umožňuje na základě genomických dat konstruovat fylogenetické stromy. Srovnávací genomika porovnává genomy ve velkém rozsahu za účelem porozumět biologické podstatě, extrahovat obecné principy platné pro skupiny genomů. Předpokládá se, že mnohé biologické sekvence, struktury a funkce jsou sdílené mezi organismy, kombinace genomů při analýze pak může vést k přesnějším výsledkům. Dále se zabývá porovnáváním velmi dlouhých sekvencí, využívá srovnávací přístupy k hledání genů a přiřazování jejich funkcí a srovnávací přístupy při identifikaci klíčových regulačních oblastí. Aplikovaná genomika má a v budoucnosti bude mít využití v řadě oborů lidské činnosti. Například v medicíně a farmakologii má význam genomika mikrobiální a virová, která umožní vývoj nových léčiv cíleně zaměřených proti jednotlivým patogenům. Dále bude možné objasnit příčiny geneticky podmíněných chorob a zdokonalit a zefektivnit metody genetického testování a diagnostiky – využití DNA čipů.
Proteomika je obor, který se zabývá globálním hodnocením exprese genetické informace na úrovni bílkovin (proteomem), rovněž však zkoumá strukturu a interakce proteinů. Human Proteome Organization (HUPO) formulovala v roce 2001 cíle proteomiky jako identifikaci všech proteinů kódovaných lidským genomem (popřípadě genomy dalších, zejména tzv. modelových organismů) s následným stanovením a) jejich exprese v různých buňkách daného organismu – expresní proteomika, b) jejich subcelulární lokalizace v různých organelách, c) jejich posttranslačních modifikací, d) jejich vzájemných interakcí (b–d zahrnuje strukturní proteomika) a e) vztahu mezi strukturou a funkcí (funkční proteomika).

Obor má interdisciplinární charakter a využívá přístupů analytické chemie, biochemie, molekulární biologie a genetiky, statistiky, informatiky a počítačového modelování.

Studenti, kteří se ucházejí o přijetí do doktorského studijního programu Genomika a proteomika, proto musejí ovládat (v kontextu se zvoleným tématem) na magisterské úrovni některou z uvedených disciplín: molekulární biologie, buněčná biologie, biochemie, analytická chemie a genetika, a znát základy ostatních uvedených disciplín včetně matematických metod v biologii.

Profil absolventa oboru

Absolvent oboru Genomika a proteomika získává především rozsáhlé a hluboké vědomosti o struktuře a funkci genomu na všech základních úrovních živých soustav (tj. virový genom, genom bakterií, protozoí, hub a kvasinek, řas, vyšších rostlin, živočichů a podrobněji genom člověka). Student si prohlubuje znalosti a dovednosti v základních biologických disciplínách (především genetika, molekulární biologie, mikrobiologie, imunologie, biostatistika, fyziologie organismů), biochemii a chemii (obecná biochemie, enzymologie, biochemické metody) a biofyzice (biofyzikální metody).
Kromě teoretických principů daného oboru jsou studenti rovněž podrobně seznámeni s praktickým prováděním základních a pokročilých metod využívaných v jednotlivých disciplínách. Absolventi tohoto směru se uplatní především v základním a aplikovaném výzkumu zaměřeném na analýzu genomů, v bioinformatice (včetně aspektů evolučních), v oblasti molekulární medicíny (nádorová onemocnění, familiální a dědičné choroby, genové terapie), v oblasti genového inženýrství mikroroganismů, rostlin a živočichů, ve vývoji nových biotechnologií, ve farmakogenomice a při analýze proteomů jednotlivých skupin organismů, včetně člověka.

Vstupní požadavky na uchazeče o přijetí ke studiu

Základním požadavkem je absolutorium magisterského studia biologického, biochemického, biofyzikálního nebo analyticko-chemického zaměření. Optimální je přitom volba tématu odpovídajícího odbornému profilu uchazeče. Při přijímací zkoušce se prověřuje všeobecný odborný rozhled uchazeče a dále motivace a znalosti v oblasti tématu, k jehož řešení se uchazeč hlásí. Schopnost komunikovat v anglickém jazyce se ověřuje zpravidla tak, že uchazeč stručně prezentuje svou dosavadní odbornou praxi (např. v rámci řešení diplomové práce).

Studijní povinnosti a podmínky ukončení studia

Předmětem státní závěrečné zkoušky je prověření odborných znalostí v oboru genomika a proteomika a v souvisejících disciplínách, zejm. v molekulární a buněčné biologii, strukturní biologii, bioinformatice a v oblasti experimentálních přístupů používaných v oboru. Student by měl prokázat především dostatečný všeobecný rozhled v oboru a dále hlubší znalosti v oblastech souvisejících s řešeným tématem, včetně přehledu o recentních významných publikacích v rámci své specializace.

Disertační práce musí obsahovat výsledky uveřejněné nebo přijaté ke zveřejnění. Preferovanou formou je soubor již uveřejněných nebo do tisku nebo k jinému typu zveřejnění přijatých prací k danému tématu, který student opatří uceleným úvodem do problematiky a komentářem (čl. 30, odst. 2 Studijního a zkušebního řádu MU). Alespoň u jedné z publikací musí být student hlavním autorem. Požadují se alespoň 3 publikace v recenzovaných časopisech s impakt faktorem; pokud souhrnný impakt faktor přesahuje 4, stačí i menší počet.

Funkci školitele doktorské disertační práce může vykonávat pouze pracovník, který vykonává vědeckou a výzkumnou práci v oboru Genomika a proteomika nebo oborech souvisejících a publikuje původní vědecké články v kvalitních mezinárodních časopisech. V jednom roce může daný školitel přijmout maximálně tolik studentů DSP, kolik má v tříletém průměru ročně publikací v časopisech s IF přesahujícím medián dané kategorie dle WoS. Stejné téma nelze vypsat ve více oborech DSP. Školitel je povinen na žádost oborové komise doložit, že disponuje infrastrukturou a finančními zdroji potřebnými k řešení vypsaného tématu. Nejpozději od 3. ročníku studia musí školitel předložit studentovi jasnou publikační strategii, která bude nastavena na splnění minimálních publikačních podmínek k ukončení studia nejpozději do konce 4. ročníku. Školitelům, jejichž studenti nebudou publikační podmínky opakovaně splňovat, bude pozastavena možnost přijímání nových studentů DSP.

Výroční hodnocení doktorských studentů

Oborová rada doktorského studijního programu biochemie dne 17.2.2016 rozhodla, že výroční hodnocení doktorských studentů dle čl. 27 odst. 6 písm. h Studijního a zkušebního řádu MU bude probíhat přes Informační systém MU.
Student je povinen vždy do 31. května dodat všechny podklady za uplynulý akademický rok. V agendě „Hodnocení doktorského studia“ vyplní pole „Stav přípravy disertace“ (popis výzkumných aktivit, shrnutí dosažených výsledků, úplné citace publikací a konferenčních příspěvků v daném období), „Studijní a pracovní pobyty/stáže a další aktivity“ (zpráva o stáži, pokud se uskutečnila, a další aktivity – např. práce s mládeží, popularizace vědy atd.) a „Souhrnný komentář“ (jak je plněn individuální studijní plán).
Souhlasí-li školitel s podklady studenta, přijme texty k trvalému uložení do IS zatržením „Předvyplnit všechny texty připravené studentem“ a přidá k nim svá závěrečná vyjádření. V případě svého nesouhlasu může vyzvat studenta k přepracování podkladů, případně místo nich uvede pouze své vlastní stanovisko. Školitel ještě samostatně vyplňuje pole „Plnění studijních povinností“, které student vidí. Školiteli je dále k dispozici i skryté pole „Soukromá poznámka“. U studentů, končících 3. ročník prezenčního studia, kteří dosud nepublikovali prvoautorskou publikaci, musí školitel v poli „Plnění studijních povinností“ studentovi stanovit závazný plán, jak má publikační požadavky splnit do konce 4. ročníku.
Oborová rada provede závěrečné zhodnocení v poli „Vyjádření oborové rady“. Na jeho základě může podle potřeby iniciovat další jednání se studentem a školitelem.

Informace o individuálním studijním plánu

Doporučený studijní plán vychází ze Studijního a zkušebního řádu MU, zejména Čl. 30, Průběh studia a řádné plnění podmínek studia:
(1) Průběh studia se řídí individuálním studijním plánem schváleným oborovou radou, který vychází z návrhu studenta a je předložen prostřednictvím školitele. Individuální studijní plán má přednost před harmonogramem akademického roku.
(2) Kreditová hodnota přípravy disertační práce podle čl. 8 odst. 3 je stanovena od jedné poloviny zpravidla do dvou třetin minimální kreditové hodnoty studia. Konkrétní hodnotu stanoví s ohledem na obsah programu oborová rada. Plnění požadavků tohoto předmětu hodnotí školitel kolokviem v každém semestru, v němž student předmět zapsal.
(3) V průběhu studia je student povinen prokázat kompetenci v akademické a odborné angličtině nebo jiném světovém jazyce obvyklém pro program nebo obor. Tato kompetence se ověřuje jedním z následujících způsobů:
a) ukončením dvou příslušných semestrálních předmětů,
b) získáním zápočtu za napsání cizojazyčné publikace pro časopis nebo sborník a zápočtu za přednesení cizojazyčné přednášky včetně řízení následné diskuse na kvalifikovaném odborném fóru; zápočty uděluje školitel nebo hodnotitel předem stanovený oborovou radou.
(4) Součástí studia v doktorském programu jsou kromě přípravy disertační práce (čl. 8 odst. 3) zejména:
a) předměty rozšiřující a prohlubující znalosti širšího vědního oboru nad rámec studia v magisterském programu,
b) předměty prohlubující specializované znalosti,
c) specializované odborné semináře,
d) příprava a pomoc ve výuce v bakalářských a magisterských programech.
Je-li tak stanoveno rozhodnutím oborové rady, je součástí studia příprava tezí disertační práce.

Doporučený individuální studijní plán pro obor Genomika a proteomika

1.rok
kód název předmětu kredit rozsah ukončení vyučující
Podzimní semestr
Povinné předměty
XD100 Příprava dizertační práce 6 0/0 Z školitel
XD102 Pomoc při výuce 1 1/0 Z školitel
Povinně volitelné předměty
CG020 Genomika 2+2 2/0 Zk Hejátko
C7301 Genomika - cvičení 3 0/3 Z Hejátko
Bi5000 Bioinformatika I – nukleové kyseliny 1+2 1/0 Zk Pantůček
Bi9061 Bioinformatika - cvičení 2 0/2 Z Damborský
Doporučené předměty
Bi7090 Molekulární biologie eukaryot 2+2 2/0 Zk Šmarda
Bi7312 Praktikum z molekulární biologie eukaryot 2 0/2 Z Šmarda, Beneš
C7073 Bioanalytika I - Biomakromolekuly 2+2 2/0 Zk Havliš
Ostatní předměty
BVMV041p Metodologie vědeckého výzkumu - přednáška 1+0 1/0 Z Derflerová Brázdová, Jarkovský
Studenti si dále dle zaměření dizertační práce mohou zvolit z celkové nabídky předměty optimálně v hodnotě 10 kreditů.
Jarní semestr
Povinné předměty
XD100 Příprava dizertační práce 8 0/0 Z školitel
XD102 Pomoc při výuce 1 1/0 Z školitel
Povinně volitelné předměty
C8202 Základy proteomiky 1+2 1/0 Zk Zdráhal, Konečná
C8302 Základy proteomiky – cvičení 3 0/3 Z Hejátko, Zdráhal, Konečná
C9041 Struktura a funkce eukaryotických chromozomů 2+2 2/0 Zk Fajkus, Fojtová, Fajkusová
C9042 Analýza struktury chromatinu - praktikum 2 0/2 Z Fajkus, Schrumpfová
Doporučené předměty
Bi6400 Metody molekulární biologie 3+2 3/0 Zk Šmarda, Beneš, Pantůček
Bi6405 Metody molekulární biologie - cvičení 3 0/3 Z Šmarda, Beneš
Bi8090 Genové inženýrství 2+2 2/0 Zk Doškař
Ostatní předměty
Bi6120 Rostlinné explantáty 2+2 2/0 Zk Dubová
Bi6120c Rostlinné explantáty – cvičení 2 0/2 Z Dubová
Studenti si dále dle zaměření dizertační práce mohou zvolit z celkové nabídky předměty optimálně v hodnotě 10 kreditů.
2.rok
kód název předmětu Kredit rozsah ukončení vyučující
Podzimní semestr
Povinné předměty
XD100 Příprava dizertační práce 15 0/0 Z školitel
XD102 Pomoc při výuce 2 2/0 Z školitel
Povinně volitelné předměty
C7350 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií 1+2 1/0 Zk Zdráhal, Konečná, Pospíšilová
C7230 Fluorescenční metody ve vědách o životě - cesta od molekuly k buňce 2+2 2/0 Zk Hofr
C7235 Fluorescenční metody ve vědách o životě - cvičení 2 0/2 Z Hofr
Doporučené předměty
C9045 Biologie kvasinek 2+2 2/0 Zk Paleček, Svoboda, Gabriel
C9140 Biologie kvasinek - cvičení 2 0/2 Z Paleček, Gabriel, Svoboda
C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction 1+2 1/0 Zk Krejčí
Ostatní předměty
IV105 Seminář z bioinformatiky 1 0/1/0 K Lexa
IV108 Bioinformatika II 2 1/1/0 Zk Lexa
Studenti si dále dle zaměření dizertační práce mohou zvolit z celkové nabídky předměty optimálně v hodnotě 4 kredity.
Jarní semestr
Povinné předměty
XD100 Příprava dizertační práce 15 0/0 Z školitel
XD102 Pomoc při výuce 2 2/0 Z školitel
Povinně volitelné předměty
S2008 Developmental and cellular biology of plants 2+2 2/0 K Friml
C8560 Genetic codes 1 1/0 K Trifonov
Doporučené předměty
Bi8350 Evoluční genomika 2+2 2/0 Zk Kejnovský, Hobza
C7072 Bioanalytika II - Analytické metody v klinické praxi 2+2 2/0 Zk Havliš
F8310 Molekulové interakce a jejich úloha v biologii a chemii 3+1 2/0 K Šponer
Ostatní předměty
Bi9910 Molekulární biologie nádorů 2+2 2/0 Zk Šmardová
IV106 Seminář z bioinformatiky 1 0/1 K Lexa
Studenti si dále dle zaměření dizertační práce mohou zvolit z celkové nabídky předměty optimálně v hodnotě 4 kredity.
3.rok
kód název předmětu Kredit rozsah ukončení vyučující
Podzimní semestr
Povinné předměty
XD100 Příprava dizertační práce 20 0/0 Z školitel
Povinně volitelné předměty
CB070 Proteinová krystalografie 1+2 1/0 Zk Marek
CB080 Proteinová krystalografie – seminář 1 0/1 Z Marek
Doporučené předměty
C9025 Evoluční a srovnávací genomika rostlin 2+2 2/0 Zk Lysák
C9035 Evoluční a srovnávací cytogenetika rostlin - cvičení 2+1 0/2 Kz Lysák, Mandáková
Ostatní předměty
S1001 Chemical properties, structure and interactions of nucleic acids 3+2 3 Zk Fojta, Vorlíčková
C9530 Strukturní biochemie 2+2 2/0 Zk Žídek, Damborský
C9531 Strukturní biochemie - cvičení 1 0/1 Z Žídek
Studenti si dále dle zaměření dizertační práce mohou zvolit z celkové nabídky předměty optimálně v hodnotě 2 kredity.
Jarní semestr
Povinné předměty
XD100 Příprava dizertační práce 20 0/0 Z školitel
Povinně volitelné předměty
C8570 Early Molecular Evolution 1 1/0 K Trifonov
Doporučené předměty
Bi7921 Pokročilé zpracování biologických dat 2+2 0/2 Zk Brabec, Pekár
Ostatní předměty
C9085 Protein-RNA interactions 1+2 1/0 Zk Štefl
Bi3060 Obecná genetika 3+2 3/0 Zk Kuglík, Lízal
Studenti si dále dle zaměření dizertační práce mohou zvolit z celkové nabídky předměty optimálně v hodnotě 2 kredity.
4. Rok
Kód název předmětu kredit rozsah ukončení vyučující
Podzimní semestr
Povinné předměty
XD100 Příprava disertační práce 30 0/0 Z školitel
Jarní semestr
Povinné předměty
XD100 Příprava disertační práce 30 0/0 Z školitel
Nabídka předmětů v průběhu celého studia
kód název předmětu kredit Rozsah Ukončení Vyučující
Podzimní semestr
Povinné předměty
XD105 Příprava publikace 10 Školitel
XD106 Odborná přednáška v cizím jazyce 10 Z Školitel
Doporučené předměty
JA003 Výběrová angličtina pro přírodovědce 3 0/2 Z Burianová
S5005 Field seminar – The Bio-omics 4 0/2 Z Havliš
S2009 Mendel Centre Seminars in the Bio-omics 2 0/2 Z Říha
C9950 Seminář oddělení FGP 2 0/2 Z Fajkus, Hejátko
Ostatní předměty
C9285 Aplikovaná genomika a proteomika - příběhy moderní vědy 3+1 2/0 K Fajkus
Bi9060 Bioinformatika II – proteiny 1+2 1/0 Zk Damborský
Bi7120 Molekulární biologie prokaryot 2+2 2/0 Zk Doškař
Bi7430 Molekulární biotechnologie 2+2 2/0 Zk Rittich, Španová
C7490 Molekulární diagnostika vrozených poruch 1+2 1/0 Zk Fajkusová
C5920 Správná laboratorní praxe 1+2 1/0 Zk Bláha
Jarní semestr
Povinné předměty
XD105 Příprava publikace 5 Z
XD106 Odborná přednáška v cizím jazyce 5 Z
Doporučené předměty
S5005 Field seminar – The Bio-omics 4 0/2 Z Havliš
S2009 Mendel Centre Seminars in the Bio-omics 2 0/2 Z Říha
C9950 Seminář oddělení FGP 2 0/2 Z Fajkus, Hejátko
Ostatní předměty
C9141 Journal Club 1 1/0 K Lysák
Bi8110 Genotoxicita a karcinogeneze 2+2 2/0 Zk Hofmanová, Kozubík
Bi8240 Genetika rostlin 2+2 2/0 Zk Řepková
Bi8313 Praktikum z genového inženýrství 2 0/2 Z Pantůček
Bi8600 Vícerozměrné statistické metody 2+2 2/0 Zk Dušek, Jarkovský, Némethová
C6210 Biotechnologie 2+2 2/0 Zk Mandl
Možná alternativa v kterémkoli semestru: Zahraniční stáž k dizertační práci - 1 týden = 5 kreditů, 1 měsíc = 10 kreditů, 1 semestr = 30 kreditů.
Semináře si studenti zapisují podle příslušnosti k svému ústavu (oddělení, pracovišti).
Zde uvedené předměty jsou pouze ukázkou z nabídky předmětů Přírodovědecké fakulty vhodných pro studenty doktorského studia.
Kromě uvedených předmětů si mohou studenti vybrat další kurzy, speciální přednášky, semináře apod. dle aktuální nabídky, a to i na jiných fakultách/univerzitách.
Konkrétní individuální studijní plán sestavuje školitel spolu se studentem tak, aby odpovídal nárokům na obsah státní doktorské zkoušky i potřebám zadaného tématu disertační práce. Z tohoto důvodu je tabulka C, co se týče podílu skupin přednášejících, pouze orientační.

Seznam členů oborové komise

Seznam školitelů

Komise pro státní doktorské zkoušky a obhajoby

Seznam aktuálních témat doktorských prací


login
© 2011 Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity. tel: +420 549 49 1111, e-mail:
Všechna práva vyhrazena.
Webmaster: Alan Kuběna,
Grafický design: © 2011 Mgr. Pavel Brabec,
Obsahová struktura: © 2011 Mgr. Zuzana Kobíková
Počet přístupů: 779957 od 2.8.2011