Doktorské studium

Studijní obor Genomika a proteomika

Stručná charakteristika oboru

Studijní obor Genomika a proteomika je zaměřen na studium vztahů mezi genetickou informací organismů a komplexem proteinů, které jsou daným genomem kódovány. Zaměřuje se též na funkce nekódujících sekvencí genomu, např. funkce regulační. Studenti by měli získat poznatky z různých oblastí genomiky a proteomiky.

Funkční genomika studuje vztahy mezi sekvencí, strukturou genů a jejich funkcí v organismu. Snaží se také osvětlit funkci tzv. nekódujících sekvencí, které tvoří větší část genomu. Evoluční genomika se snaží objasnit příčiny a důsledky změn v genomech v průběhu evoluce. Umožňuje na základě genomických dat konstruovat fylogenetické stromy. Srovnávací genomika porovnává genomy ve velkém rozsahu za účelem porozumět biologické podstatě, extrahovat obecné principy platné pro skupiny genomů. Předpokládá se, že mnohé biologické sekvence, struktury a funkce jsou sdílené mezi organismy, kombinace genomů při analýze pak může vést k přesnějším výsledkům. Dále se zabývá porovnáváním velmi dlouhých sekvencí, využívá srovnávací přístupy k hledání genů a přiřazování jejich funkcí a srovnávací přístupy při identifikaci klíčových regulačních oblastí. Aplikovaná genomika má a v budoucnosti bude mít využití v řadě oborů lidské činnosti. Například v medicíně a farmakologii má význam genomika mikrobiální a virová, která umožní vývoj nových léčiv cíleně zaměřených proti jednotlivým patogenům. Dále bude možné objasnit příčiny geneticky podmíněných chorob a zdokonalit a zefektivnit metody genetického testování a diagnostiky.

Proteomika je obor, který se zabývá globálním hodnocením exprese genetické informace na úrovni bílkovin (proteomem), rovněž však zkoumá strukturu a interakce proteinů. Human Proteome Organization (HUPO) formulovala v roce 2001 cíle proteomiky jako identifikaci všech proteinů kódovaných lidským genomem (popřípadě genomy dalších, zejména tzv. modelových organismů) s následným stanovením a) jejich exprese v různých buňkách daného organismu – expresní proteomika, b) jejich subcelulární lokalizace v různých organelách, c) jejich posttranslačních modifikací, d) jejich vzájemných interakcí (b–d zahrnuje strukturní proteomika) a e) vztahu mezi strukturou a funkcí (funkční proteomika).

Obor má interdisciplinární charakter a využívá přístupů analytické chemie, biochemie, strukturní biologie, molekulární biologie, genetiky, statistiky, informatiky a počítačového modelování.

Studenti, kteří se ucházejí o přijetí do doktorského studijního programu Genomika a proteomika, proto musejí ovládat (v kontextu se zvoleným tématem) na magisterské úrovni některou z uvedených disciplín: molekulární biologie, buněčná biologie, biochemie, analytická chemie nebo genetika, a znát základy ostatních uvedených disciplín včetně matematických metod v biologii.

Profil absolventa oboru

Absolvent oboru Genomika a proteomika získává především rozsáhlé a hluboké vědomosti o struktuře a funkci genomu na všech základních úrovních živých soustav (tj. virový genom, genom bakterií, protozoí, hub a kvasinek, řas, vyšších rostlin, živočichů a podrobněji genom člověka). Student si prohlubuje znalosti a dovednosti v základních biologických disciplínách (především genetika, molekulární biologie, strukturní biologie, mikrobiologie, imunologie, biostatistika, fyziologie organismů), biochemii a chemii (obecná biochemie, enzymologie, biochemické metody) a biofyzice (biofyzikální metody).

Kromě teoretických principů daného oboru jsou studenti rovněž podrobně seznámeni s praktickým prováděním základních a pokročilých metod využívaných v jednotlivých disciplínách. Absolventi tohoto směru se uplatní především v základním a aplikovaném výzkumu zaměřeném na analýzu genomů, v bioinformatice (včetně aspektů evolučních), v oblasti molekulární medicíny (nádorová onemocnění, familiální a dědičné choroby, genové terapie), v oblasti genového inženýrství mikroorganismů, rostlin a živočichů, ve vývoji nových biotechnologií, ve farmakogenomice a při analýze proteomů jednotlivých skupin organismů, včetně člověka.

Vstupní požadavky na uchazeče o přijetí ke studiu

Základním požadavkem je absolutorium magisterského studia biologického, biochemického, biofyzikálního nebo analyticko-chemického zaměření. Optimální je přitom volba tématu odpovídajícího odbornému profilu uchazeče. Při přijímací zkoušce se prověřuje všeobecný odborný rozhled uchazeče a dále motivace a znalosti v oblasti tématu, k jehož řešení se uchazeč hlásí. Schopnost komunikovat v anglickém jazyce se ověřuje zpravidla tak, že uchazeč stručně prezentuje svou dosavadní odbornou praxi (např. v rámci řešení diplomové práce). Pro přijetí musí uchazeč získat min. 180 z celkových 300 bodů:

  1. odborné znalosti             60 bodů/100     
  2. jazykové znalosti            60 bodů/100     
  3. formální kritéria              60 bodů/100

Mezi formálními kritérii jsou posuzovány především výsledky předchozího studia nebo praxe (posuzovány na základě diplomu a doporučujícího dopisu). Součástí povinné elektronické přihlášky (https://is.muni.cz/prihlaska) pro první kolo jsou:

  • životopis (specifický formulář)
  • kopie diplomů (BSc., MSc.) a dodatky k diplomům / přepisy (do angličtiny či češtiny)
  • doporučující dopis (zpravidla od vedoucího diplomové práce)
  • poplatek za přihlášku 400 CZK

 

Studijní povinnosti a podmínky ukončení studia

V průběhu studia je student povinen plnit schválené individuální plány studia a v pravidelných semestrálních hodnoceních dostatečně doložit postup na výzkumném projektu. Ke zdárnému absolvování studia je student povinen dosáhnout 240 kreditů. Studium se řádně ukončuje státní doktorskou zkouškou a obhajobou disertační práce. Předmětem státní závěrečné zkoušky je prověření odborných znalostí v oboru genomika a proteomika a v souvisejících disciplínách, zejména v molekulární a buněčné biologii, strukturní biologii, bioinformatice a v oblasti experimentálních přístupů používaných v oboru. Student by měl prokázat především dostatečný všeobecný rozhled v oboru a dále hlubší znalosti v oblastech souvisejících s řešeným tématem, včetně přehledu o recentních významných publikacích v rámci své specializace. Nutnou podmínkou podání přihlášky ke státní doktorské zkoušce je splnění všech povinností stanovených oborovou radou (viz výše).

Nutnou podmínkou obhajoby disertační práce je, aby alespoň část výsledků již byla uveřejněná nebo přijatá ke zveřejnění v časopise z databáze Web of Science (WoS) s impaktním faktorem nad mediánem oboru a aby byl student prvním autorem publikace. V případě spoluautorských publikací musí student specifikovat svůj podíl. Pokud je student spoluautorem alespoň 3 publikací je preferovaným formátem disertační práce soubor již uveřejněných nebo do tisku (nebo k jinému typu zveřejnění) přijatých prací k danému tématu, který student opatří uceleným úvodem do problematiky a komentářem (čl. 30, odst. 2 Studijního a zkušebního řádu MU). Při nižším počtu publikací musí mít disertační práce formát monografie obsahující originální výsledky. Vzhledem k náročnosti oboru je žádoucí prezenční forma studia.

Funkci školitele doktorské disertační práce může vykonávat pouze pracovník, který vykonává vědeckou a výzkumnou práci v oboru Genomika a proteomika nebo oborech souvisejících a publikuje původní vědecké články v kvalitních mezinárodních časopisech. V jednom roce může daný školitel přijmout maximálně tolik studentů DSP, kolik má v tříletém průměru ročně publikací v časopisech s IF přesahujícím medián dané kategorie dle WoS. Stejné téma nelze vypsat ve více oborech DSP. Školitel je povinen na žádost oborové komise doložit, že disponuje infrastrukturou a finančními zdroji potřebnými k řešení vypsaného tématu. Nejpozději od 3. ročníku studia musí školitel předložit studentovi jasnou publikační strategii, která bude nastavena na splnění minimálních publikačních podmínek k ukončení studia nejpozději do konce 4. ročníku. Školitelům, jejichž studenti nebudou publikační podmínky opakovaně splňovat, bude pozastavena možnost přijímání nových studentů DSP.

Výroční hodnocení doktorských studentů

Hodnocení doktorských studentů (dle čl. 27 odst. 6 písm. h Studijního a zkušebního řádu MU) bude probíhat přes Informační systém MU. Student je povinen vytvořit rámcový individuální studijní plán (ISP) na začátku studia (nejpozději během prvního roku studia) a následně jej rozpracovávat v každém semestru (vždy do 20.9. a 20.2. v daném roce). ISP je schvalován školitelem každý semestr do 30.9. a 28.2. Hodnocení plnění ISP za daný semestr provádí student na konci semestru (nejpozději k 31.1. a 31.8.). Student je povinen uvést popis výzkumných aktivit, shrnutí dosažených výsledků, úplné citace publikací a konferenčních příspěvků v daném období, zprávy o stážích, pokud se uskutečnily a dalších aktivitách – např. práce s mládeží, popularizace vědy atd. Školitel následně hodnotí plnění ISP do 15.2. a 15.9. Souhlasí-li školitel s podklady studenta, přijme texty k trvalému uložení do IS (případně připojí komentář). V případě neplnění studentových povinností (volba NE v hodnocení studenta na IS) se spouští mechanismus, který ve finále může vést k odebrání stipendia (neuspokojivé plnění ISP a čl. 30 odst. 7 SZŘ) nebo k ukončení studia (neplnění ISP a čl. 30 odst. 8 SZŘ). Školitel informuje oborovou radu a fakultní oddělení administrující PhD studium. U studentů, končících 3. ročník prezenčního studia, kteří dosud nepublikovali prvoautorskou publikaci, musí školitel studentovi stanovit plán, který mu umožní splnění publikačního požadavku do konce 4. ročníku.
K hodnocení se minimálně jednou ročně vyjadřuje oborová rada programu (do IS zadává předseda rady). Na jeho základě může podle potřeby iniciovat další jednání se studentem a školitelem.

Informace o individuálním studijním plánu

Doporučený studijní plán vychází ze Studijního a zkušebního řádu MU, zejména Čl. 30, Průběh studia a řádné plnění podmínek studia:

(1) Průběh studia se řídí individuálním studijním plánem schváleným oborovou radou, který vychází z návrhu studenta a je předložen prostřednictvím školitele. Individuální studijní plán má přednost před harmonogramem akademického roku.

(2) Kreditová hodnota přípravy disertační práce podle čl. 8 odst. 3 je stanovena od jedné poloviny zpravidla do dvou třetin minimální kreditové hodnoty studia. Konkrétní hodnotu stanoví s ohledem na obsah programu oborová rada. Plnění požadavků tohoto předmětu hodnotí školitel kolokviem v každém semestru, v němž student předmět zapsal.

(3) V průběhu studia je student povinen prokázat kompetenci v akademické a odborné angličtině nebo jiném světovém jazyce obvyklém pro program nebo obor. Tato kompetence se ověřuje jedním z následujících způsobů:

a) ukončením dvou příslušných semestrálních předmětů,

b) získáním zápočtu za napsání cizojazyčné publikace pro časopis nebo sborník a zápočtu za přednesení cizojazyčné přednášky včetně řízení následné diskuse na kvalifikovaném odborném fóru; zápočty uděluje školitel nebo hodnotitel předem stanovený oborovou radou.

(4) Součástí studia v doktorském programu jsou kromě přípravy disertační práce (čl. 8 odst. 3) zejména:

a) předměty rozšiřující a prohlubující znalosti širšího vědního oboru nad rámec studia v magisterském programu (níže uvedené doporučené a ostatní předměty),

b) předměty prohlubující specializované znalosti (profilové povinně volitelné předměty),

c) specializovaný odborný seminář funkční genomiky a proteomiky (FGP, C9950),

d) příprava a pomoc ve výuce v bakalářských a magisterských programech.

Je-li tak stanoveno rozhodnutím oborové rady, je součástí studia příprava tezí disertační práce.

Doporučený individuální studijní plán pro obor Genomika a proteomika

1.rok

kód název předmětu kredit rozsah ukončení vyučující
Podzimní semestr
Povinné předměty
XD100 Příprava dizertační práce 10 0/0 Z školitel
C9950 Seminář FGP 2 0/2 Z Fajkus, Hejátko, Zdráhal …
Povinně volitelné předměty
CG020 Genomika 2+2 2/0 Zk Hejátko
C7301 Genomika - cvičení 3 0/3 Z Hejátko …
Bi5000 Bioinformatika I – nukleové kyseliny 1+2 1/0 Zk Pantůček
Bi9061 Bioinformatika - cvičení 2 0/2 Z Damborský
Doporučené předměty
Bi7090 Molekulární biologie eukaryot 2+2 2/0 Zk Šmarda
Bi7312 Praktikum z molekulární biologie eukaryot 2 0/2 Z Šmarda, Beneš
C7073 Bioanalytika I - Biomakromolekuly 2+2 2/0 Zk Havliš
Ostatní předměty
BVMV041p Metodologie vědeckého výzkumu - přednáška 1+0 1/0 Z Derflerová Brázdová, Jarkovský
Studenti si dále dle zaměření dizertační práce mohou zvolit z celkové nabídky předměty optimálně v hodnotě 10 kreditů.
Jarní semestr
Povinné předměty
XD100 Příprava dizertační práce 10 0/0 Z školitel
C9950 Seminář FGP 2 0/2 Z Fajkus, Hejátko, Zdráhal …
Povinně volitelné předměty          
C8202 Základy proteomiky 1+2 1/0 Zk Zdráhal, Konečná
C8302 Základy proteomiky – cvičení 3 0/3 Z Hejátko, Zdráhal, Konečná
C9041 Struktura a funkce eukaryotických chromozomů 2+2 2/0 Zk Fajkus, Fojtová, Fajkusová
C9042 Analýza struktury chromatinu - praktikum 2 0/2 Z Fajkus, Schrumpfová
Doporučené předměty
Bi6400 Metody molekulární biologie 3+2 3/0 Zk Šmarda, Beneš, Pantůček
Bi6405 Metody molekulární biologie - cvičení 3 0/3 Z Šmarda, Beneš
Bi8090 Genové inženýrství 2+2 2/0 Zk Doškař
Ostatní předměty
Bi6120 Rostlinné explantáty 2+2 2/0 Zk Cempírková
Bi6120c Rostlinné explantáty – cvičení 2 2/0 Z Cempírková
S2011 Hormones in plant development 2 0/2 Zk Boisivon Robert
Studenti si dále dle zaměření dizertační práce mohou zvolit z celkové nabídky předměty optimálně v hodnotě 10 kreditů.

2.rok

kód

název předmětu

Kredit

rozsah

ukončení

vyučující

Podzimní semestr

Povinné předměty

XD100

Příprava dizertační práce

15

0/0

Z

školitel

XD102

Pomoc při výuce

2

2/0

Z

školitel

C9950

Seminář FGP

2

0/2

 

Fajkus, Hejátko, Zdráhal …

Povinně volitelné předměty

C7350

Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

1+2

1/0

Zk

Zdráhal, Konečná, Pospíšilová

C7230

Fluorescenční metody ve vědách o životě - cesta od molekuly k buňce

2+2

2/0

Zk

Hofr

C7235

Fluorescenční metody ve vědách o životě - cvičení

2

0/2

Z

Hofr

Doporučené předměty

C9045

Biologie kvasinek

2+2

2/0

Zk

Paleček, Svoboda,

C9140

Biologie kvasinek - cvičení

2

0/2

Z

Paleček,  Svoboda

C8857

Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

1+2

1/0

Zk

Krejčí

Ostatní předměty

IV105

Seminář z bioinformatiky

1

0/1/0

K

Lexa

IV108

Bioinformatika II

2

1/1/0

Zk

Lexa

Studenti si dále dle zaměření dizertační práce mohou zvolit z celkové nabídky předměty optimálně v hodnotě 4 kredity.

Jarní semestr

Povinné předměty

XD100

Příprava dizertační práce

15

0/0

Z

školitel

XD102

Pomoc při výuce

2

2/0

Z

školitel

C9950

Seminář FGP

2

0/2

 

Fajkus, Hejátko, Zdráhal …

Povinně volitelné předměty

S2008

Developmental and cellular biology of plants

2+2

2/0

K

Nodzynski, Zwiewka

CG030

Struktura a funkce proteinových komplexů

2+2

2/0

Zk

Paleček

Doporučené předměty

Bi8350

Evoluční genomika

2+2

2/0

Zk

Kejnovský, Hobza

C7072

Bioanalytika II - Analytické metody v klinické praxi

2+2

2/0

Zk

Havliš

F8310

Molekulové interakce a jejich úloha v biologii a chemii

3+1

2/0

K

Šponer

CG031

Cvičení z modelování proteinových komplexů

2

0/1

Z

Paleček

Ostatní předměty

Bi9910

Molekulární biologie nádorů

2+2

2/0

Zk

Šmardová

IV106

Seminář z bioinformatiky

1

0/1

K

Lexa

C3900

Molekulární mechanismy buněčného stárnutí

1

1/0

Zk

Procházková Schrumpfová

Studenti si dále dle zaměření dizertační práce mohou zvolit z celkové nabídky předměty optimálně v hodnotě 4 kredity.

3.rok

kód

název předmětu

Kredit

rozsah

ukončení

vyučující

Podzimní semestr

Povinné předměty

XD100

Příprava dizertační práce

20

0/0

Z

školitel

XD102

Pomoc při výuce

1

1/0

Z

školitel

C9950

Seminář FGP

2

0/2

 

Fajkus, Hejátko, Zdráhal …

Povinně volitelné předměty

C9530

Strukturní biochemie

2+2

2/0

Zk

Žídek, Damborský

C9531

Strukturní biochemie - cvičení

1

0/1

Z

Žídek

Doporučené předměty

C9025

Evoluční a srovnávací genomika rostlin

2+2

2/0

Zk

Lysák

C9035

Evoluční a srovnávací cytogenetika rostlin - cvičení

2+1

0/2

Kz

Lysák, Mandáková

Ostatní předměty

S1001

Chemical properties, structure and interactions of nucleic acids

3+2

3

Zk

Fojta, Vorlíčková

C8858

Biocatalysis

1+2

2

zk

Prokop

CB070

Proteinová krystalografie

1+2

1/0

Zk

Marek

CB080

Proteinová krystalografie – seminář

1

0/1

Z

Marek

Studenti si dále dle zaměření dizertační práce mohou zvolit z celkové nabídky předměty optimálně v hodnotě 2 kredity.

Jarní semestr

Povinné předměty

XD100

Příprava dizertační práce

20

0/0

Z

školitel

XD102

Pomoc při výuce

1

1/0

Z

školitel

C9950

Seminář FGP

2

0/2

 

Fajkus, Hejátko, Zdráhal …

Povinně volitelné předměty

           

Doporučené předměty

Bi7921

Pokročilé zpracování biologických dat

2+2

0/2

Zk

Brabec, Pekár

Ostatní předměty

C9085

Protein-RNA interactions

1+2

1/0

Zk

Štefl

Bi3060

Obecná genetika

3+2

3/0

Zk

Kuglík, Lízal

Studenti si dále dle zaměření dizertační práce mohou zvolit z celkové nabídky předměty optimálně v hodnotě 2 kredity.

4. Rok

Kód

název předmětu

kredit

rozsah

ukončení

vyučující

Podzimní semestr

Povinné předměty

XD100

Příprava disertační práce

30

0/0

Z

školitel

C9950

Seminář FGP

2

0/2

 

Fajkus, Hejátko, Zdráhal …

Jarní semestr

Povinné předměty

XD100

Příprava disertační práce

30

0/0

Z

školitel

C9950

Seminář FGP

2

0/2

 

Fajkus, Hejátko, Zdráhal …

Nabídka předmětů v průběhu celého studia

kód

název předmětu

kredit

Rozsah

Ukončení

Vyučující

Podzimní semestr

Povinné předměty

XD105

Příprava publikace

10

   

Školitel

XD106

Odborná přednáška v cizím jazyce

10

 

Z

Školitel

Doporučené předměty

JA003

Výběrová angličtina pro přírodovědce

3

0/2/0

Z

Burianová

S5005

Field seminar – The Bio-omics

4

0/2

Z

Havliš

S2009

Mendel Centre Seminars in the Bio-omics

2

0/2

Z

Říha

Ostatní předměty

C9285

Praxe vědy a výzkumu – publikace a projekty

2+2

2/0

K

Fajkus, Havliš, Fojtová

Bi9060

Bioinformatika II – proteiny

1+2

1/0

Zk

Damborský

Bi7120

Molekulární biologie prokaryot

2+2

2/0

Zk

Doškař

Bi7430

Molekulární biotechnologie

2+2

2/0

Zk

Prokop, Dvořák  

C7490

Molekulární diagnostika vrozených poruch

1+2

1/0

Zk

Fajkusová

C5920

Správná laboratorní praxe

1+2

1/0

Zk

Bláha

Jarní semestr

Povinné předměty

XD105

Příprava publikace

5

 

Z

školitel

XD106

Odborná přednáška v cizím jazyce

5

 

Z

školitel

Doporučené předměty

S5005

Field seminar – The Bio-omics

4

0/2

Z

Havliš

S2009

Mendel Centre Seminars in the Bio-omics

2

0/2

Z

Říha

Ostatní předměty

C9141

Journal Club

1

1/0

K

Peška

Bi8110

Genotoxicita a karcinogeneze

2+2

2/0

Zk

Hofmanová, Kozubík

Bi8240

Genetika rostlin

2+2

2/0

Zk

Řepková

Bi8313

Praktikum z genového inženýrství

2

0/2

Z

Pantůček

Bi8600

Vícerozměrné statistické metody

2+2

2/0

Zk

Dušek, Jarkovský, Némethová

C6210

Biotechnologie

2+2

2/0

Zk

Mandl

Možná alternativa v kterémkoli semestru: Zahraniční stáž k dizertační práci - 1 týden = 5 kreditů, 1 měsíc = 10 kreditů, 1 semestr = 30 kreditů.
Semináře si studenti zapisují podle příslušnosti k svému ústavu (oddělení, pracovišti).
Zde uvedené předměty jsou pouze ukázkou z nabídky předmětů Přírodovědecké fakulty vhodných pro studenty doktorského studia.
Kromě uvedených předmětů si mohou studenti vybrat další kurzy, speciální přednášky, semináře apod. dle aktuální nabídky, a to i na jiných fakultách/univerzitách.
Konkrétní individuální studijní plán sestavuje školitel spolu se studentem tak, aby odpovídal nárokům na obsah státní doktorské zkoušky i potřebám zadaného tématu disertační práce. Z tohoto důvodu je tabulka C, co se týče podílu skupin přednášejících, pouze orientační.

 

Seznam členů oborové komise

Seznam školitelů

Komise pro státní doktorské zkoušky a obhajoby

Seznam aktuálních témat doktorských prací


login
© 2011 Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity. tel: +420 549 49 1111, e-mail:
Všechna práva vyhrazena.
Webmaster: Alan Kuběna,
Grafický design: © 2011 Mgr. Pavel Brabec,
Obsahová struktura: © 2011 Mgr. Zuzana Kobíková
Počet přístupů: 874937 od 2.8.2011