Doktorské studium

Studijní obor Genomika a proteomika

Název práce: Epigenetika telomer u rostlin z rodu Allium

Školitel: Mgr. Vratislav Peška, Ph.D.

Oficiální zadání:
Neobvykle komplexní, ale zároveň pravidelný a konzervativní motiv (CTCGGTTATGGG) telomerové repetice a nepřítomnost větších bloků intersticiálních telomerových sekvencí (ITS) u zástupců z rodu Allium otevírá efektivní možnosti studia epigenetických změn v telomerách cestou masivního paralelního sekvenování s nízkou chybou možné záměny cílové sekvence s podobnými repeticemi nebo ITS. V první části této práce bude připravena NGS knihovna pro tzv. náhodné celogenomové bisulfitové sekvenování s nízkým pokrytím genomu a bude odhadnuta míra metylace v telomerových motivech. V dalším kroce budou vytipovány strukturní geny jejichž produkty interagují s modifikovanými a nemodifikovanými telomerovými sekvencemi. Budou připravovány transientní a stabilní linie transgenních rostlin za účelem lokalizace a funkčních testů vytipovaných kandidátů. Cílem této práce bude 1) zmapovat podíl metylované telomerové DNA, 2) optimalizovat transformaci Allium, 3) využít optimalizovaný postup transformace pro lokalizaci a funkční testy vybraných cílových genů. Fajkus, P., Peška, V., Sitová, Z., Fulnečková, J., Dvořáčková, M., Gogela, R., Sýkorová, E., Hapala, J. and Fajkus, J. (2016), Allium telomeres unmasked: the unusual telomeric sequence (CTCGGTTATGGG)n is synthesized by telomerase. The Plant Journal, 85: 337–347. doi: 10.1111/tpj.13115 Lin P, Forêt S, Wilson SR, Burden CJ. Estimation of the methylation pattern distribution from deep sequencing data. BMC Bioinformatics. 2015;16:145. doi:10.1186/s12859-015-0600-6. Schwinn KE, Ngo H, Kenel F, et al. The Onion (Allium cepa L.) R2R3-MYB Gene MYB1 Regulates Anthocyanin Biosynthesis. Frontiers in Plant Science. 2016;7:1865. doi:10.3389/fpls.2016.01865.


login
© 2011 Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity. tel: +420 549 49 1111, e-mail:
Všechna práva vyhrazena.
Webmaster: Alan Kuběna,
Grafický design: © 2011 Mgr. Pavel Brabec,
Obsahová struktura: © 2011 Mgr. Zuzana Kobíková
Počet přístupů: 883998 od 2.8.2011