Doktorské studium

Studijní obor Biomolekulární chemie

Název práce: Klastrování proteinových fragmentů

Školitel: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.

Oficiální zadání:
V současné době máme k dispozici velmi rozsáhlé datové sady, obsahující struktry proteinů z jedné proteinové rodiny případně z jednoho foldu. Na základě těchto dat jsme schopni zkoumat biologicky významné části (fragmenty) uvedených proteinů - např. jejich vazebná či aktivní místa, elementy sekundární struktury, tunely apod.. V prvním kroku analýzy těchto dat vyextrahujeme ze strukturních informací ohledně jedné proteinové rodiny všechny reprezentanty studovaného fragmentu (např. všechna vazebná místa cukrů z lectinu LecB). V rámci dalšího výzkumu těchto dat je velmi užitečným krokem jejich klastrování na základě strukturní podobnosti. Tento úkol je netriviální a metodika, která by byla schopna úspěšně zpracovat velmi početné sadové sady relativně strukturně složitých proteinových fragmentů, není v současné době k dispozici. Cílem práce je proto návrh a vývoj efektivních metodik pro klastrování rozsáhlých datových sad proteinových fragmentů a jejich aplikace na popis vybraných typů fragmentů. Poznámka: Téma je vypsáno pro studenta Mgr. Martina Nováčka.


login
© 2011 Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity. tel: +420 549 49 1111, e-mail:
Všechna práva vyhrazena.
Webmaster: Alan Kuběna,
Grafický design: © 2011 Mgr. Pavel Brabec,
Obsahová struktura: © 2011 Mgr. Zuzana Kobíková
Počet přístupů: 779767 od 2.8.2011