Doktorské studium

Studijní obor Biomolekulární chemie

Název práce: Metody NMR spektroskopie pro studium struktury nukleových kyselin

Školitel: doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc.

Předběžné zadání:
Při určování struktury biomakromolekul pomocí NMR spektroskopie se tradičně vychází z hodnot nukleárního Overhauserova efektu (NOE) mezi jádry vodíku, které nesou informaci o meziatomových vzdálenostech, a hodnot skalárních interakčních konstant, charakterizujících dihedrální úhly. Vzhledem k nízké hustotě jader vodíku na bazích nukleových kyselin je však struktura těmito parametry často nedostatečně určena. Proto se neustále hledají další parametry, které mohou poskytnout dodatečné údaje o struktuře molekul. Mezi tyto parametry patří chemické posuny H-1 a C-13 a zbytkové dipolární interakční konstanty a změny chemického posunu naměřené při přechodu z izotropního prostředí do orientované fáze. Cílem práce je vývoj a rafinace metod pro měření a využití uvedených parametrů a jejich aplikace na řešení struktury vybraného biologicky zajímavého oligonukleotidu.
Poznámka:
K tematu zatím neexistuje relevantní knižní publikace. Jako startovní bod je možno použít následující články:
Wijmenga S. S., Kruithof M., Hilbers C. W. J. Biomol. NMR. 1997, 10, 337-350.
Prestegard J. H., Bougault C. M., Kishore A. I. Chem. Rev. 2004, 104, 3519-3540.
Ying J. et al., J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 11443-11454.
Hansen A. L. and Al-Hashimi H. M. J. Magn. Reson. 2006, 179, 323-331.
Fares C., Amata I., Carlomagno T. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 15814-15823.
Nováček J. et al., J. Biomol. NMR 2011, 50, 1-11.


login
© 2011 Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity. tel: +420 549 49 1111, e-mail:
Všechna práva vyhrazena.
Webmaster: Alan Kuběna,
Grafický design: © 2011 Mgr. Pavel Brabec,
Obsahová struktura: © 2011 Mgr. Zuzana Kobíková
Počet přístupů: 780624 od 2.8.2011