Doktorské studium

Studijní obor Biomolekulární chemie

Název práce: Výpočetní metody pro analýzu volných prostorů v proteinech

Školitel: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.

Oficiální zadání:
Informace o volných prostorách v rámci proteinů (tunely, kapsy, póry a dutiny) je velmi důležitá pro studium funkce a reaktivity proteinů. Důvodem je, že aktivní místa proteinů jsou často uložena v rámci těchto volných prostor. V současné době máme k dispozici velké množství 3D struktur proteinů, a proto jsme schopni systematicky analyzovat výskyt tunelů v proteinech a proteinových rodinách. Díky nejnovějším algoritmům pro popis fyzikálně-chemických vlastností tunelů můžeme uvedené tunely rovněž charakterizovat. Práce je zaměřena například na následující oblasti:
  • Porovnávání experimentálních výsledků vyhledávání tunelů s výsledky získanými algoritmicky.
  • Analýza výskytu tunelů v jednotlivých skupinách proteinů a také v jejich enzymatických třídách.
  • Analýza evoluční konzervace tunelů.
  • Vyhledávání podobných tunelů v rámci nehomologních proteinech.
  • Charakterizace tunelů v proteinech.

Poznámka:
Téma vypsáno pro Lukáše Pravdu.


login
© 2011 Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity. tel: +420 549 49 1111, e-mail:
Všechna práva vyhrazena.
Webmaster: Alan Kuběna,
Grafický design: © 2011 Mgr. Pavel Brabec,
Obsahová struktura: © 2011 Mgr. Zuzana Kobíková
Počet přístupů: 782083 od 2.8.2011