Doktorské studium

Studijní obor Fyzikální chemie

Název práce: Elektrochemický a spektrální design krátkých DNA fragmentů bohatých na guanin

Školitel: doc. RNDr. Libuše Trnková, CSc.

Oficiální zadání:
Repetitivní sekvence (tandemové či rozptýlené) představují významnou strukturní a funkční součást genomu všech živých organismů. Zejména, pokud se úseků DNA tvořených opakováním, tedy repeticí sekvenčního motivu, zúčastňuje guanin. Velmi často vznikají struktury, tzv. kvadruplexy (G-tetrady či G4-DNA). Práce se bude zabývat spektrální a elektrochemickou studií vybraných krátkých DNA fragmentů typu G3(NNAG3) a jeho analogů nebo d(NNAGGG)n, kde N je označení nukleové báze, nejčastěji se jedná o thymin. Z našich elektrochemických studií vyplývá, že redoxním reakcím podléhají ty struktury DNA fragmentů, u kterých jsou báze přístupné elektrodovému povrchu. Jinými slovy, i elektrochemie je schopna analyzovat dané struktury, potvrdit či doplnit informace získané z cirkulárně dichroické spektroskopie, UV absorpční spektroskopie, polyakrylamidové gelové elektroforéze. Práce se bude snažit odpovědět, která modifikace povrchu uhlíkových elektrod bude k detekci strukturních změn guaninových ODN nejcitlivější. [1] Mergny, J. L., et al. (2005): Kinetics of tetramolecular quadruplexes. Nucleic Acids Research 33, 81-94. [2] Vorlickova, M., et al. (2012): Circular dichroism and guanine quadruplexes. Methods 57, 64-75. [3] Vorlickova, M., et al. (2012): Circular dichroism spectroscopy of DNA: From duplexes to quadruplexes. Chirality 24, 691-698. [4] Pilarova, I.,, Kejnovska, I., Vorlickova, M., Trnkova, L.: Dynamic Structures of DNA Heptamers with Different Central Trinucleotide Sequences Studied by Electrochemical and Spectral Methods. Electroanalysis, WEINHEIM: WILEY-VCH Verlag GmbH, 2014, roč. 26, č. 10, s. 2118-2128. ISSN 1040-0397. doi:10.1002/elan.201400288. [5] http://en.wikipedia.org/wiki/G-quadruplex
Literatura:
BARD, Allen J. a Larry R. FAULKNER. Electrochemical methods :fundamentals and applications. 2nd ed. New York: John Wiley & Sons, 2001. xxi, 833 s. ISBN 0-471-04372-9., MAREK, Radek, Marcela LUKÁŠKOVÁ, Jiří BRUS, Zdeněk TRÁVNÍČEK a Erkki KOLEHMAINEN. NMR Spectroscopy of 6-Benzylaminopurine Analogues. Part I. 15N NMR and Protonation Study. Chemické listy, Praha: ČSCH, 2001, roč. 95, č. 11, s. 760-761. ISSN 0009-2770., TRNKOVÁ, Libuše, František JELEN a Irena POSTBIEGLOVÁ. Application of elimination voltammetry to the resolution of adenine and cytosine signals in oligonucleotides .II. Hetero-oligodeoxynucleotides with different sequences of adenine and cytosine nucleotides. Electroanalysis, Weinheim: Wiley.VCH Verlag, 2006, roč. 18, č. 7, s. 662-669. ISSN 1040-0397., TRNKOVÁ, Libuše. Application of elimination voltammetry with linear scan in bioelectrochemistry. In Utilizing of bio-electrochemical and mathematical methods in biological research. 1. vyd. Kerala, India: Research Signpost, 2007. s. 51-74, 23 s. Utilizing of bio-electrochemical and mathematical. ISBN 81-308-0163-9., TRNKOVÁ, Libuše, René KIZEK a Oldřich DRAČKA. Application of Elimination Voltammetry to the Electroanalysis of an Adsorbed Substance. In Electroanalysis ESEAC 2000 SEAC. Band/Volume22. Bonn: Rheinische-Friedrich-Wilhelms-Universitaet Bonn, 2000. s. D 27, 1 s. Reihe Umwelt/Environment. ISBN 3-89336-261-4., TRNKOVÁ, Libuše, František JELEN a Irena POSTBIEGLOVÁ. Application of Elimination Voltammetry to the Resolution of Adenine and Cytosine Signals in Oligonucleotides. I. Homo-oligodeoxynucleotides dA9 and dC9. Electroanalysis, Weinheim, Germany: WILEY-VCH Verlag GmbH, 2003, roč. 19, č. 15, s. 1529-1535. ISSN 1040-0397., VOJTYLOVÁ, Terézia, Dana DOSPIVOVÁ, Olga TŘÍSKOVÁ, Iveta PILAŘOVÁ, Přemysl LUBAL, Marta FARKOVÁ, Libuše TRNKOVÁ a Petr TÁBORSKÝ. Spectroscopic study of protonation of oligonucleotides containing adenine and cytosine. Chem. Papers, 2009, roč. 63, č. 6, s. 731-737. ISSN 0366-6352.


login
© 2011 Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity. tel: +420 549 49 1111, e-mail:
Všechna práva vyhrazena.
Webmaster: Alan Kuběna,
Grafický design: © 2011 Mgr. Pavel Brabec,
Obsahová struktura: © 2011 Mgr. Zuzana Kobíková
Počet přístupů: 514142 od 2.9.2011