Doktorské studium

Studijní obor Molekulární a buněčná biologie

Název práce: Regulace genové exprese během proteotoxického stresu

Školitel:

Předběžné zadání:
Regulace genové exprese během proteotoxického stresu Jednou ze základních životních funkcí buňky je schopnost čelit nepříznivým vlivům vnějšího okolí způsobující její poškození, tzv. buněčnému stresu. Eukaryotické buňky proto dokážou stresové podmínky zavčas rozpoznat a adekvátně na ně reagovat. Jedním z nejdůležitějších senzorů buněčného stresu jsou transkripční faktory HSF (Heat Shock Factor), které se v přítomnosti stresu aktivují a spouští expresi genů nutných k opětovnému navození proteinové homeostázy. Nejnovější práce ukazují, že aktivace HSF a stresové odpovědi je důležitým katalyzátorem maligní transformace. Aktivace HSF tak umožňuje nádorové buňce tlumit stres způsobený nestabilitou genomu, změnami v metabolismu nebo terapeutickým zásahem. Cílem disertační práce je analyzovat stresovou odpověď v nádorových buňkách a určit klíčové signální dráhy vedoucí k aktivaci transkripčních faktorů HSF. S využitím chromatinové imunoprecipitace a sekvenování nové generace (ChIP-seq) bude zkoumána úloha jednotlivých zástupců rodiny HSF (HSF1, HSF2 a HSF4) v regulaci promotorů cílových genů. Genová exprese vyvolaná různými formami proteotoxického stresu (inhibitory Hsp90, translace, proteosomu) pak bude analyzována na úrovni exprese RNA pomocí PCR v reálném čase nebo sekvenováním transkriptomu (RNA seq). Tato práce by měla přinést nové informace týkající mechanismů aktivace HSF v nádorech a úlohy jednotlivých isoforem HSF v regulaci genové exprese. Regulation of gene expression in response to proteotoxic stress. One of the basic properties of living cells is their ability to cope with adverse environmental conditions known as cellular stress. Therefore, eukaryotic cells can rapidly recognize the stress conditions and adequately respond. One of the most important sensors of cellular stress is transcription factor HSF (Heat Shock Factor), which binds DNA under stress conditions and triggers the expression of genes required for recovery of protein homeostasis. Recent works have shown that activation of HSF and the stress response is an important accelerator of malignant transformation. Activation of HSF allows tumor cells cope with stress caused by the instability of the genome, changes in metabolism or therapeutic intervention. The aim of PhD thesis is to analyze the stress response in tumor cells and identify the key signaling pathways leading to activation of the transcription factor HSF. Chromatin immunoprecipitation and next generation sequencing (ChIP-seq) will be used to investigate the role of individual representatives of HSF family (HSF1, HSF2 and HSF4) in the regulation of promoters of target genes. Gene expression induced by various forms of proteotoxic stress (inhibitors of Hsp90, translation or proteosome) will be analyzed using real time PCR or transcriptome sequencing (RNA-seq). This work should provide new information on the mechanisms of activation of HSF in tumors and the role of individual isoforms HSF in regulation of gene expression.
Poznámka:
Oficiálním školitelem práce bude Petr Muller (Regionální centrum aplikované molekulární onkologie,Masarykův onkologický ústav, Žlutý kopec 7, Brno 65653) po schválení Vědeckou radou PřF MU.


login
© 2011 Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity. tel: +420 549 49 1111, e-mail:
Všechna práva vyhrazena.
Webmaster: Alan Kuběna,
Grafický design: © 2011 Mgr. Pavel Brabec,
Obsahová struktura: © 2011 Mgr. Zuzana Kobíková
Počet přístupů: 513882 od 2.9.2011