Doktorské studium

Studijní obor Biofyzika

Název práce: Studium strukturních a elastických vlastností DNA mutačních motivů pomocí výpočetních metod

Školitel: Mgr. Kamila Réblová, Ph.D.

Oficiální zadání:
Mutační motivy jsou krátké specifické DNA sekvence, které se vyznačují buď vysokou mutabilitou (tzv. hot spoty) nebo nízkou mutabilitou (tzv. cold spoty). Znalost těchto motivů a jejich vlastností je důležitá pro pochopení opravných mechanismů DNA v buňce. Cílem práce bude studium strukturních a elastických vlastností vybraných DNA mutačních motivů identifikovaných v genech asociovaných s dědičnými chorobami. Pro vybrané motivy budou postaveny in silico 3D modely (dvoušroubovice DNA). Pomocí různých mechanistických přístupů bude prošetřena jejich deformabilita (flexibilita), která je pravděpodobně hlavním faktorem uplatňujícím se při opravných mechanismech. Literatura: Cooper et al., Human Genomics, 2010, 4, 406–410. Methylation-mediated deamination of 5-methylcytosine appears to give rise to mutations causing human inherited disease in CpNpG trinucleotides, as well as in CpG dinucleotides. Cooper et al., Human Mutation, 2011, 32, 1075–1099. On the Sequence-Directed Nature of Human Gene Mutation: The Role of Genomic Architecture and the Local DNA Sequence Environment in Mediating Gene Mutations Underlying Human Inherited Disease Warren et al., Molecular Cell, 2007, 26, 579-592. Structure of the Human MutSa DNA Lesion Recognition Complex Arnheim and Calabrese, Nature Reviews, 2009, 10, 478-488, Understanding what determines the frequency and pattern of human germline mutations Molecular Modelling: Principles and Applications (2nd Edition), Andrew Leach.


login
© 2011 Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity. tel: +420 549 49 1111, e-mail:
Všechna práva vyhrazena.
Webmaster: Alan Kuběna,
Grafický design: © 2011 Mgr. Pavel Brabec,
Obsahová struktura: © 2011 Mgr. Zuzana Kobíková
Počet přístupů: 513055 od 2.9.2011