Doktorské studium

Studijní obor Biomolekulární chemie

Název práce: Validace 3D struktur molekul

Školitel: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.

Oficiální zadání:
V současné době máme k dispozici obrovské množství dat ohledně 3D struktur molekul - od malých organických molekul přes ligandy až po biomakromolekuly. Tato data jsou objektem výzkumu moderních přírodovědných oborů, jako je např. strukturní bioinformatika, výpočetní chemie, a chemoinformatika. Analýzou uvedených dat lze získat vědecky velmi zajímavé výsledky - např. porozumět vztahům mezi strukturou a funkcí proteinů, predikovat fyzikálně-chemické vlastnosti molekul, apod. Klíčovým předpokladem pro analýzu uvedených dat je, aby daná data neobsahovala chyby - např. nekorektně určenou chiralitu, chybějící atomy, nechemické délky vazeb, chybné vazebné a torzní úhly, apod. Prvním krokem zpracování daných dat je proto jejich validace. Nyní máme k dispozici validační nástroje a algoritmy, které pokrývají pouze některé oblasti široké validační domény. Navíc jsou uvedené nástroje velmi různorodé, a i jejich kvalita je kolísavá. Cílem práce je proto vývoj metodik pro oblasti validace, které ještě nejsou dostatečně vyřešeny (např. validace ligandů v rámci biomakromolekul). Dalším cílem práce je pak integrace dostupných validačních přístupů do komplexního workflow, pokrývajícího co nejvíce aspektů validace 3D struktur.
Poznámka:
Téma vypsáno pro Mgr. Vladimíra Horského.


login
© 2011 Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity. tel: +420 549 49 1111, e-mail:
Všechna práva vyhrazena.
Webmaster: Alan Kuběna,
Grafický design: © 2011 Mgr. Pavel Brabec,
Obsahová struktura: © 2011 Mgr. Zuzana Kobíková
Počet přístupů: 513543 od 2.9.2011