Ústav biochemie

Proteomika

Hlavní řešitelé

• Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D., e-mail: bouchal@chemimunicz, tel. +420-549493251, +420-549493252, fax: +420-549492690, kampus Bohunice, budova A5, pracovna 208, laboratoř 212
• Doktorandky: Mgr. Iva Struhárová, Mgr. Monika Dvořáková
• Studenti magisterského studia: Bc. Jakub Faktor, Bc. Pavlína Holešínská, Bc. Vendula Pernikářová
• Studenti bakalářského studia: Josef Maryáš
• Spolupracující doktorand: Mgr. Jiří Kučera (částečně, školitel doc. Mandl)
• Bývalí diplomanti: Mgr. Dominika Váňová, Mgr. Jarmila Sobotková, Mgr. Karin Pěluchová, Mgr. Tereza Vyhlídalová, Mgr. Petra Přecechtělová; Mgr. Hana Odstrčilíková (částečně)

Popis projektu

Laboratoř proteomiky funguje na půdě Ústavu biochemie od roku 2001. Podstatou proteomiky je sledování hladin velkého množství různých proteinů v jediné analýze, jejich identifikace, srovnávání exprese proteinů za různých podmínek, identifikace biomarkerů fyziologických i patologických procesů a vyvozování závěrů o molekulárních mechanismech biologických dějů.

Řešené projekty jsou zaměřeny na:

-Studium molekulárních mechanismů metastazování u nádorových onemocnění (spolupráce: Masarykův onkologický ústav Brno, Regionální centrum aplikované molekulární onkologie; Univerzita obrany, Fakulta vojenského zdravotnictví, Ústav molekulární patologie Hradec Králové)

-Studium molekulárních mechanismů adaptace bakterií na změny prostředí se zaměřením na úlohu transkripčních regulátorů fnr typu u bakterie Paracoccus denitrificans (spolupráce: prof. Igor Kučera, Mgr. Vojtěch Sedláček; dr. Rob van Spanning-Vrije Universiteit Amsterdam)

-Studium adaptačních mechanismů u bakterie Acidithiobacillus ferrooxidans na proteomové úrovni (spolupráce s Laboratoří environmentální biotechnologie doc. Mandla)

Laboratoř využívá především vysokorozlišovací dvourozměrné elektroforézy jako vůbec nejúčinnější metody k separaci proteinů a počítačového vyhodnocování proteinových map. Vybavení laboratoře fluorescenčním skenerem Pharos FX Pro umožňuje provádět elektroforetické analýzy technikou 2D-DIGE a fluorescenční barvení na přítomnost fosfoproteinů a glykoproteinů. Ve spolupráci s dalšími pracovišti využíváme k proteinovému profilování rovněž techniky SELDI-TOF MS a iTRAQ-2DLC-MS/MS. Laboratoř úzce kooperuje s pracovišti hmotnostní spektrometrie v ČR i zahraničí při charakterizaci a identifikaci proteinů. Při validaci získaných dat se uplatňuje kvantitativní real-time PCR, western bloting a další biochemické metody.

Financování

Projekt Grantové agentury ČR 304/10/0868 (2010-2012)

Výzkumný záměr MSM0021622413 "Proteiny v metabolismu a v interakci organismů s prostředím" (2005-2011)

Projekt Grantové agentury ČR 525/08/0697 (2008-2011)

Projekt Grantové agentury Akademie věd ČR A600040701 (2007-2010)