Ústav biochemie

Proteomika

Hlavní řešitelé

  • Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D., e-mail: , tel. +420-549493251, +420-549493252, fax: +420-549492690, kampus Bohunice, budova A5, pracovna 208, laboratoř 212
  • Doktorandi: Mgr. Iva Procházková, Mgr. Josef Maryáš, Mgr. Jakub Faktor, Mgr. Vendula Páralová
  • Odborní pracovníci: Mgr. Lenka Čápková, Mgr. Karolína Zoufalová
  • Studenti magisterského studia:  Bc. Petr Lapčík, Bc. Lucia Janáčová, Bc. Iveta Bačová
  • Studenti bakalářského studia: Juraj Polaček, Petra Martinková, Petr Šulc
  • Doktorandi-absolventi: Mgr. Monika Dvořáková, Ph.D. 
  • Diplomanti-absolventi: Mgr. Karolína Zoufalová, Mgr. Petra Kovaříková, Mgr. Josef Maryáš, Mgr. Vendula Pernikářová, Mgr. Jakub Faktor, Mgr. Pavlína Holešínská, Mgr. Dominika Váňová, Mgr. Monika Mudrochová, Mgr. Iva Struhárová, Mgr. Jarmila Sobotková, Mgr. Karin Pěluchová, Mgr. Tereza Vyhlídalová, Mgr. Petra Přecechtělová

Popis projektu

Podstatou proteomiky je sledování hladin velkého množství různých proteinů v jediné analýze, jejich identifikace, srovnávání exprese proteinů za různých podmínek, identifikace biomarkerů fyziologických i patologických procesů a vyvozování závěrů o molekulárních mechanismech biologických dějů. Laboratoř proteomiky funguje na půdě Ústavu biochemie od roku 2001, od roku 2004 spolupracuje na projektech v oblasti nádorového výzkumu, které v současnosti představují převážnou část vlastního výzkumného programu naší skupiny:

-Studium molekulárních mechanismů metastazování nádorových onemocnění pro identifikaci nových terapeutických cílů

-Vývoj a aplikace cílených proteomických metod pro kvantifikaci proteinů s diagnostickým potenciálem ("selected reaction monitoring", SRM; "data independent acquisition", DIA)

-Analýzu interaktomu v odpovědi na vývoj nádorů a metastazování

Ve spolupráci s dalšími skupinami realizujeme proteomickou část dalších projektů, například:

-Studium molekulárních mechanismů adaptace denitrifikačních a síru oxidujících bakterií na změny prostředí

Pracoviště využívá laboratoře tkáňových kultur, biochemie, proteomiky a molekulární biologie. Proteomické analýzy jsou postaveny na 1D, 2D a 3D technikách na bázi kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie. K dispozici je rovněž technika vysokorozlišovací dvourozměrné elektroforézy jako vůbec nejúčinnější metody k separaci neštěpených proteinů,  software pro počítačové vyhodnocování proteinových map a infrastruktura pro analýzu dat. Při validaci získaných dat se uplatňuje kvantitativní real-time PCR, western bloting a další biochemické metody. Vybavení laboratoře fluorescenčním skenerem Pharos FX Pro umožňuje provádět fluorescenční barvení na přítomnost fosfoproteinů a glykoproteinů.

Spolupráce

Masarykův onkologický ústav Brno

ETH Zurich, Švýcarsko

University of British Columbia, Vancouver, Kanada

University of Southampton, UK

Financování

Projekty Grantové agentury ČR 

Projekty Grantové agentury MU

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR

Ministerstvo zdravotnictví ČR


login
© 2011 Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity. tel: +420 549 49 1111, e-mail:
Všechna práva vyhrazena.
Webmaster: Alan Kuběna,
Grafický design: © 2011 Mgr. Pavel Brabec,
Obsahová struktura: © 2011 Mgr. Zuzana Kobíková
Počet přístupů: 7271 od 7.12.2011