Ústav biochemie

Proteomika

Hlavní řešitelé

  • Doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D., e-mail: , tel. +420-549493251, fax: +420-549492690, kampus Bohunice, budova A5, pracovna 208
  • Doktorandi: Mgr. Petr Lapčík, Mgr. Lucia Janáčová, Mgr. Josef Maryáš, Mgr. Jakub Faktor
  • Odborní pracovníci: Mgr. Pavla Bouchalová, Ph.D., Mgr. Karolína Zoufalová
  • Studenti magisterského studia:  Bc. Petra Martinková, Bc. Petr Šulc, Bc. Jindřich Beránek, Bc. Juraj Polaček
  • Studenti bakalářského studia: Jan Novák 
  • Doktorandi-absolventi: Mgr. Monika Dvořáková, Ph.D.
  • Diplomanti-absolventi: Mgr. Lucia Janáčová, Mgr. Iveta Bačová, Mgr. Petr Lapčík, Mgr. Karolína Zoufalová, Mgr. Petra Kovaříková, Mgr. Josef Maryáš, Mgr. Vendula Pernikářová, Mgr. Jakub Faktor, Mgr. Pavlína Holešínská, Mgr. Dominika Váňová, Mgr. Monika Mudrochová, Mgr. Iva Struhárová, Mgr. Jarmila Sobotková, Mgr. Karin Pěluchová, Mgr. Tereza Vyhlídalová, Mgr. Petra Přecechtělová

Popis projektu

Cílem proteomiky je sledování hladin velkého množství proteinů v rámci jedné analýzy, jejich identifikace a kvantifikace, srovnávání exprese proteinů za různých podmínek, identifikace, verifikace a validace biomarkerů fyziologických i patologických procesů a vyvozování závěrů o molekulárních mechanismech dějů z "high-throughput" dat. Laboratoř proteomiky funguje na půdě Ústavu biochemie od roku 2001. Od roku 2004 spolupracuje na projektech nádorového výzkumu, přičemž svůj výzkumný program postupně rozšířila do oblasti molekulární a buněčné nádorové biologie. 

K hlavním výzkumným tématům v současné době patří:

  • Studium molekulárních mechanismů metastazování solidních nádorů (nádory prsu, ledvin, endometria a další) s cílem identifikovat nové terapeutické a diagnostické cíle
  • Funkční charakterizace vybraných prometastatických proteinů a jejich zapojení do signálních drah
  • Proteotypování nádorových tkání pomocí proteomiky nové generace - hmotnostní spektrometrie pracující v režimu datově nezávislého sběru dat ("data independent acquisition")
  • Integrace proteomických a dalších "high-throughput" přístupů (RNA-Seq, metabolomika) 
  • Analýzu interaktomu v souvislosti s vývojem nádorů a metastazování
  • Vývoj a aplikace cílených proteomických metod pro rutinní kvantifikaci vybraných proteinů na bázi monitorování vybraných reakcí

V rámci spolupráce realizujeme proteomickou část dalších projektů, například z oblasti biotechnologe při studiu molekulárních mechanismů adaptace denitrifikačních a síru oxidujících bakterií na změny prostředí, včetně analýzy interaktomu.

Pracoviště využívá laboratoří tkáňových kultur, proteomiky, biochemie a molekulární biologie. Proteomické analýzy jsou postaveny převážně na 1D, 2D a 3D technikách na bázi kapalinové chromatografie a vysokorozlišovací hmotnostní spektrometrie. K dispozici je výpočetní infrastruktura pro analýzu hmotnostně-spektrometrických dat, software pro počítačové vyhodnocování proteinových map a rovněž starší technika dvourozměrné gelové elektroforézy. Vybavení laboratoře fluorescenčním skenerem Pharos FX Pro umožňuje provádět fluorescenční barvení na přítomnost fosfoproteinů a glykoproteinů.

Pět nejvýznamnějších publikací

  • BOUCHAL, Pavel, Monika DVOŘÁKOVÁ, Theodoros ROUMELIOTIS, Zbyněk BORTLÍČEKIvana IHNATOVÁIva PROCHÁZKOVÁ, JTC HO, Josef MARYÁŠHana IMRICHOVÁEva BUDINSKÁRostislav VYZULA, SD GARBIS, Bořivoj VOJTĚŠEK and Rudolf NENUTIL. Combined Proteomics and Transcriptomics Identifies Carboxypeptidase B1 and Nuclear Factor kappa B (NF-kappa B) Associated Proteins as Putative Biomarkers of Metastasis in Low Grade Breast Cancer. MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, BETHESDA: AMER SOC BIOCHEMISTRY MOLECULAR BIOLOGY INC, 2015, vol. 14, No 7, p. 1814-1830. ISSN 1535-9476. doi:10.1074/mcp.M114.041335.
  • BOUCHAL, Pavel, Theodoros ROUMELIOTIS, Roman HRSTKARudolf NENUTILBořivoj VOJTĚŠEK and Spiros D. GARBIS. Biomarker discovery in low-grade breast cancer using isobaric stable isotope tags and two-dimensional liquid chromatography-tandem mass spectrometry (iTRAQ-2DLC-MS/MS) based quantitative proteomic analysis. Journal of Proteome Research, Washington, USA: ACS, 2009, vol. 8, No 1, p. 362-373. ISSN 1535-3893. doi:10.1021/pr800622b.
  • DVOŘÁKOVÁ, Monika, Rudolf NENUTIL and Pavel BOUCHAL. Transgelins, cytoskeletal proteins implicated in different aspects of cancer development. Expert Review of Proteomics, 2014, vol. 11, No 2, p. 149-165. ISSN 1478-9450. doi:10.1586/14789450.2014.860358.
  • PROCHÁZKOVÁ, Iva, Juraj LENČO, Alena FUČÍKOVÁ, Jiří DRESLER, Lenka ČÁPKOVÁRoman HRSTKARudolf NENUTIL and Pavel BOUCHAL. Targeted proteomics driven verification of biomarker candidates associated with breast cancer aggressiveness. Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics, AMSTERDAM: Elsevier Science, 2017, vol. 1865, No 5, p. 488-498. ISSN 1570-9639. doi:10.1016/j.bbapap.2017.02.012.
  • FAKTOR, Jakub, Rita SUCHÁ, Vendula PÁRALOVÁ, Yansheng LIU and Pavel BOUCHAL. Comparison of targeted proteomics approaches for detecting and quantifying proteins derived from human cancer tissues. Proteomics, HOBOKEN, USA: Wiley, 2017, vol. 17, No 5, p. nestránkováno. ISSN 1615-9853. doi:10.1002/pmic.201600323.

Spolupráce

  • Masarykův onkologický ústav Brno
  • ETH Zurich, Švýcarsko
  • University of British Columbia, Vancouver, Kanada
  • University of Southampton, Velká Británie

Financování

  • Projekty Grantové agentury ČR
  • Projekty Grantové agentury MU
  • Projekty Agentury pro zdravotnický výzkum ČR
  • Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR

login
© 2011 Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity. tel: +420 549 49 1111, e-mail:
Všechna práva vyhrazena.
Webmaster: Alan Kuběna,
Grafický design: © 2011 Mgr. Pavel Brabec,
Obsahová struktura: © 2011 Mgr. Zuzana Kobíková
Počet přístupů: 8756 od 7.12.2011