Doctoral Studies

Molecular and Cell Biology - Field

Brief description of field

The field Molecular and Cell Biology is focused on structure, interactions and functions of nucleic acids and proteins in bacterial, plant and animal cells as well as viruses. The aim of this field is to understand processes taking place in individual cells, tissues and organisms using approaches of molecular biology. The field is interdisciplinary and takes advantage of progress in biochemistry, genetics, molecular physiology and molecular pathology. Therefore, the students with intention to study Molecular and Cellular Biology are required to be familiar with molecular biology, cell biology, biochemistry and genetics on master level.

Profile of a typical graduate

The graduate from this field is highly qualified for performing independent research in molecular and cell biology. Experimental skills, methodical and technical experience, capabilities to present outcomes of research both in oral and written forms and  broad theoretical background allow graduates to perform creative research work in various research institutes, universities, hospitals and laboratories dealing with virology, microbiology, genetics, biochemistry, immunology, physiology, pharmacology, pathology and so on.

Requirements for applicants

The applicant who chose the specific theme for PhD thesis is required to pass the entrance exam in the term determined by Faculty of Science. The entrance examination is organized as oral discussion when committee evaluates and assigns points for the applicants expertise in molecular and cellular biology, biochemistry and genetics, as well as abilities for scientific work (0-200 points) and capabilities to communicate and discuss research topics in English language (0-100 points). Minimum requirements for successful examination are 120 points for scientific part and 60 points for language part.

Study requirements and completion of studies

Doctoral study is organized as the Individual Study Plan (ISP), which is updated and specified before each semester by a student together with his/her supervisor. ISP indicates the schedule of the study to allow student successfully graduate within standard study duration of three to four years. In addition, during the first four semesters, it should optimally allow to student receive all necessary credits for (i) exams from advanced courses, (ii) active participation at specialized seminars, (iii) demonstration of good English skills (e.g. lecture at scientific forum), and (iv) for teaching and eventual other duties. Progress and performance according to ISP is evaluated by supervisor after each semester and the result of the evaluation is indicated in IS MU. In case the student does not fulfil the obligations of his/her ISP, the supervisor, doctoral committee and/or doctoral board can disagree with continuation of student’s studies. Optimally, student submits the application for theoretical state doctoral exam during the 5th semester of his/her studies (in the 7th at the latest).

Individual study plan

The main aim of the the study plan is to guarantee systematic and creative research on PhD theses. In addition, students are required to attend the courses that extend and improve theoretical knowledge within this field:

a. the courses extending the knowledge in Molecular and Cellular Biology above the Master level

b. the courses extending the knowledge in special parts of Molecular and Cellualr Biology related to the topic of PhD thesis

c. seminars

d. participation in teaching of practical courses for undegraduate students

e. submit detailed progress report upon finishing 4th semester of the study

f. presentation of results on international scientific event in English language  

Together with his/her supervisor, student is supposed to set up the individual study plan for the whole duration of the study. In addition, at the beginning of each semester the student specifies the proposal of work for this semester that has to be approved by his/her supervisor. The individual study plan has to reflect the specific needs of student to get ready for doctoral state exam and according to requirements of the PhD. thesis theme.

            The study is organized in the presence and combined forms. Student in presence form of study has to get credits for passing the Doctoral seminar UEB (Bi0100 a Bi0101) in each semester of the study. This course is not obligatory for students in combined form of study. The seminar course entitled MU Life Sciences Series (XD010 a XD011) is the other obligatory course in at least four semesters of the study. to get credits, students have to attend at least 4 events of this seminar in each semester. During the first 4 semesters of the study, the participation in teaching of practical courses for pregradual students is required (XD102). At the end of first half of study, student has to present the progress report to members of doctoral board. At the same time, he/she submits it in written form in about 15 pages of text (XD104). The board judges the progress in accomplishing the aims of Ph.D. thesis and makes recommendation for the second half of study. This control step can be repeated the next year, if the board finds it necessary.

            In the course of study student has to present his/her results regularly on seminars and scientific meetings and at least once give a talk in international conference in English language (XD106). The stay in foreign laboratory is strongly recommended (XD110).

            Supervisor is the person mainly responsible for advance of PhD. thesis, guiding the student and taking care for adequate scientific quality of work. The supervisor is obliged to give a written evaluation of student and progress report at least once a year. The concordance with individual study plan has to be evaluated by supervisor each semester and this statement is recorder to specific application of IS MU. The effort of student has to be reviewed by th doctoral board at least once a year.

State doctoral exam

State doctoral exam can be accomplished at 5th, 6th or 7th semester at the latest, supposing that all duties determined by individual study plan in previous semesters were fulfilled. The exam topics include:

  •  molecular biology of bacteria and archea
  • molecular biology of eukarya
  • molecular biology of bacterial, plant and animal viruses
  • prions
  • molecular mechanisms of mutagenesis, recombination, transposition and DNA repair
  • molecular base of carcinogenesis
  • molecular base of hereditary diseases
  • principles of cell signaling
  • molecular principles controlling cell cycle
  • basis of molecular evolution
  • beginning of life
  • genomics and proteomics
  • gene engineering

Requirements for PhD. thesis

Student can choose one of two forms PhD. thesis indicated below. He/She has to indiciate his/her choice in application for PhD. thesis defense:

A) Full-text PhD. thesis

  • contains comprehensive description of the PhD. thesis theme
  • obligatorily contains chapters entitled Introduction, State of Art, Aims, Material and Methods , Results, Discussion, Conclusion, Literature (Results and Discussion chapters cannot be joined together)
  • papers of student related to the PhD thesis are not part of PhD. thesis and cannot be included in the thesis book; all presented experimental data have to be described in the Results chapter
  • summary of publication activity has to be documented by the list of own papers and conferention presentations
  • papers of student related to the PhD. thesis have to submitted as independent documents together with the PhD. thesis itself to the Department for Doctoral studies at Faculty of Science
  • the PhD. thesis book is required to contain at least 80 pages of text (not including the list of literature) with standard formatting: Times New Roman 12b. or equivalent, 1.5 spacing

B) Commented publications

  • comprehensive collection of at least three original research articles with declared autorship of student and with content overlapping the theme of PhD. thesis; the review articles can also be part of the collection, but these articles cannot be included in the limit of three 3 papers
  • obligatorily contains chapters entitled Introduction, State of art, Aims, Results and discussion, Conclusion, Literature (results and discussion parts are obligatorily joined to one chapter aiming to present the results obtained in context of published results – references to specific paper have to be added also to the results themselves)
  • the chapter Material and Methods is not required, since it should be described sufficiently in the commented papers
  • only published articles or manuscripts accepted to publication with letter of acceptance can be included
  • student has to indicate the extent of his/her authorship (in percent) effort for each commented publication and submit on independent confirmation of percentual authorship efforts for all authors signed by his/her supervisor and corresponding author
  • the list of his/her papers and presentations at conferences
  • the PhD. thesis book of this type is required to contain about 30-40 pages of text (not including the list of literature and the supplement of papers ) with standard formatting: Times New Roman 12b. or equivalent,1.5 spacing.

Requirements for papers included in the PhD. thesis

To submit the PhD. thesis to defense, the student has to show that at least part of the results obtained was published (or accepted for publication) in international renowned scientific journal with impact factor 1 or higher (according to ISI Journal Citation Reports), where the student is the first author. If multiple authors participated in the articles submitted as a part of Ph.D thesis, proportion of the student effort has to be declared in each of them. The paper in international renowned journal cannot be substituted by any other forms of presentation, such as abstracts, presentation in conferences, congresses, etc.

Individual study plan

Doporučený plán studia:

1. rok - Podzimní semestr

kód

název předmětu

typ

kredity

rozsah

ukončení

Bi0100

Doktorský seminář ÚEB

P

2

0/2

z

XD011*

MU Life Sciences Seminar

P

2

0/2

z

XD100

Příprava disertační práce

PV

11

0/0

z

XD101

Studium literatury

PV

5

0/0

z

XD102

Pomoc při výuce

P

2

0/0

z

* podmínkou získání zápočtu je účast alespoň na 4 akcích tohoto semináře za semestr. Studenti si dále dle vztahu k tématu své disertační práce povinně zvolí další předměty zaměřené na rozšíření a prohloubení znalostí vědního oboru jako celku a na prohlubující specializované znalosti studenta optimálně za celkem 8 kreditů.

1. rok - Jarní semestr

kód

název předmětu

typ

kredity

rozsah

ukončení

Bi0101

Doktorský seminář ÚEB

P

2

0/2

z

XD010*

MU Life Sciences Seminar

P

2

0/2

z

XD100

Příprava disertační práce

PV

15

0/0

z

XD101

Studium literatury

PV

3

0/0

z

XD102

Pomoc při výuce

P

2

0/0

z

* podmínkou získání zápočtu je účast alespoň na 4 akcích tohoto semináře za semestr.

Studenti si dále dle vztahu k tématu své disertační práce povinně zvolí další předměty zaměřené na rozšíření a prohloubení znalostí vědního oboru jako celku a na prohlubující specializované znalosti studenta optimálně za celkem 6 kreditů.

2. rok - Podzimní semestr

kód

název předmětu

typ

kredity

rozsah

ukončení

Bi0100

Doktorský seminář ÚEB

P

2

0/2

z

XD011*

MU Life Sciences Seminar

P

2

0/2

z

XD100

Příprava disertační práce

PV

19

0/0

z

XD101

Studium literatury

PV

3

0/0

z

XD102

Pomoc při výuce

P

2

0/0

z

* podmínkou získání zápočtu je účast alespoň na 4 akcích tohoto semináře za semestr
Studenti si dále dle vztahu k tématu své disertační práce povinně zvolí další předměty zaměřené na rozšíření a prohloubení znalostí vědního oboru jako celku a na prohlubující specializované znalosti studenta minimálně za 2 kredity.

2. rok -  Jarní semestr

kód

název předmětu

typ

kredity

rozsah

ukončení

Bi0101

Doktorský seminář ÚEB

P

2

0/2

z

XD010*

MU Life Sciences Seminar

P

2

0/2

z

XD100

Příprava disertační práce

PV

20

0/0

z

XD101

Studium literatury

PV

2

0/0

z

XD102

Pomoc při výuce

P

2

0/0

z

* podmínkou získání zápočtu je účast alespoň na 4 akcích tohoto semináře za semestr
Studenti si dále dle vztahu k tématu své disertační práce povinně zvolí další předměty zaměřené na rozšíření a prohloubení znalostí vědního oboru jako celku a na prohlubující specializované znalosti studenta minimálně za 2 kredity.

3. rok - Podzimní semestr

kód

název předmětu

typ

kredity

rozsah

ukončení

Bi0100

Doktorský seminář ÚEB

P

2

0/2

z

XD100

Příprava disertační práce

PV

21

0/0

z

XD101

Studium literatury

PV

5

0/0

z

Studenti si dále dle vztahu k tématu své disertační práce povinně zvolí další předměty zaměřené na rozšíření a prohloubení znalostí vědního oboru jako celku a na prohlubující specializované znalosti studenta minimálně za 2 kredity.

3. rok - Jarní semestr

kód

název předmětu

typ

kredity

rozsah

ukončení

Bi0101

Doktorský seminář ÚEB

P

2

0/2

z

XD100

Příprava disertační práce

PV

21

0/0

z

XD106

Odborná přednáška v cizím jazyce

PV

5

0/0

z

Studenti si dále dle vztahu k tématu své disertační práce povinně zvolí další předměty zaměřené na rozšíření a prohloubení znalostí vědního oboru jako celku a na prohlubující specializované znalosti studenta minimálně za 2 kredity.

4. rok - Podzimní semestr

kód

název předmětu

typ

kredity

rozsah

ukončení

Bi0100

Doktorský seminář ÚEB

P

2

0/2

z

XD100

Příprava disertační práce

PV

23

0/0

z

XD105

Příprava publikace

PV

5

0/0

z

4. rok - Jarní semestr

kód

název předmětu

typ

kredity

rozsah

ukončení

Bi0101

Doktorský seminář ÚEB

P

2

0/2

z

XD100

Příprava disertační práce

PV

23

0/0

z

XD105

Příprava publikace

PV

5

0/0

z

Předměty doporučené v dalších letech studia, pokud se jej nezdaří dokončit ve standardní době:

Bi0100, Bi101 Doktorský seminář ÚEB
XD101 Studium literatury
XD100 Příprava disertační práce
XD105 Příprava publikace

Možná alternativa v kterémkoliv semestru:

XD 103 Zahraniční stáž: 1 týden = 5kr, 1 měsíc =10 kr., 1 semestr=30 kr.
Předměty XD 105 Příprava publikace a XD106 Odborná přednáška v cizím jazyce mohu být alternativně zařazeny v kterémkoliv semestru dle průběhu disertační práce.

Studenti si vybírají předměty v rámci individuálního studijního plánu z nabídky předmětů Přírodovědecké fakulty vhodných pro studenty doktorského studia. Kromě toho si studenti mohou vybrat další kurzy, speciální přednášky, semináře apod. dle aktuální nabídky, a to i na jiných fakultách/universitách.

Za předměty prohlubující znalosti specializace studované v rámci DSP jsou považovány předměty z tematických okruhů oblasti vzdělávání Biologie vztahující se k tématu disertační práce. Jako předměty rozšiřující a prohlubující širší znalosti vědního oboru si studenti volí předměty vztahující se k tématu disertační práce okrajově, popř. některé předměty vedoucí k prohloubení jejich vědecko-manažerských kompetencí, tzv. soft skills předměty, mezi které patří např. S4001 Prezentování na mezinárodním fóru, S4003 Vedení vědecké kariery, S4004 Financování výzkumu – trénink v grantových přihláškách, D01 Publish or perish: The art of research and scienfitic writing – přednáška, S5040 Publish or perish: The art of research and scienfitic writing – praktický kurz.

List of members of doctoral committee

List of supervisors

Commission for state doctoral exams and defenses

List of current doctoral topics

Department pages


login
© 2011 Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity. tel: +420 549 49 1111, e-mail:
Všechna práva vyhrazena.
Webmaster: Alan Kuběna,
Grafický design: © 2011 Mgr. Pavel Brabec,
Obsahová struktura: © 2011 Mgr. Zuzana Kobíková
Počet přístupů: 874783 od 2.8.2011