Doctoral Studies

Genomics and Proteomics - Field

Topic name: Characterization of DNA binding properties of proteins depending on spatial arrangements and modifications of nucleic acids

Supervisor: doc. Mgr. Václav Brázda, Ph.D.

Oficiální zadání:
Lokální struktury DNA, které byly popsány u všech živých organismů, mají důležitou úlohu v základních biologických procesech. V závislosti na superhelicitě, sekvenci DNA a interakci proteinů s DNA mohou vznikat v molekulách DNA například křížové struktury, levotočivá DNA, triplexy a kvadruplexy. V rámci tohoto tématu budou studovány interakce DNA vazebných proteinů (například nádorové supresory p53, IFI16, protein SP1 a další) s různými lokálními strukturami DNA pomocí biochemických a molekulárně biologických metod. Komplexy proteinů s DNA budou analyzovány pomocí mikroskopie atomárních sil (AFM), gelové retardační analýzy, hmotnostní spektrometrie aj. Vazebné vlastnosti budou také zkoumány pomocí kvasinkového reportérového systému a chromatinové imunoprecipitace přímo v jádře buněk, lokalizace proteinů bude analyzována pomocí konfokální mikroskopie. Předpokládá se spolupráce se zahraničními pracovišti (University of East Anglia, UK, University of Trento, Italy, National Cancer Center Research Institute, Japan).


login
© 2011 Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity. tel: +420 549 49 1111, e-mail:
Všechna práva vyhrazena.
Webmaster: Alan Kuběna,
Grafický design: © 2011 Mgr. Pavel Brabec,
Obsahová struktura: © 2011 Mgr. Zuzana Kobíková
Počet přístupů: 781521 od 2.8.2011