Semináře a výuka
INFORMACE O KURZU B7201 Praktikum zakladu genomiky Vyuka probehne blokovou formou v prubehu tydne 15. - 19. 1. 2001 v LMFR v budove B na PrF MU. Blizsi podrobnosti zde Bretislav Brzobohaty. E-mail: brzoboha@ibp.cz
Pracovníci Centrální laboratoře se podílejí na publikační činnosti LMFR, aktivně se zúčastňují konferencí a seminářů a podílejí se na výuce v praktických cvičeních Základy genomiky (proběhlo 15.1. – 19.1. 2001) a Základy proteomiky (plánováno v letním semestru 2001).
Základy genomiky
SYNTÉZA A PURIFIKACE OLIGONUKLEOTIDŮ
RNDr. Hana Konečná
Druhá polovina prvního dne kursu je věnována teoretickému úvodu k syntetickým oligonukleotidům a praktickému navržení sekvence PCR primeru pomocí software OLIGO 6.44 a posléze vlastní syntéze, purifikaci a kontrole kvality PCR primeru.Časový harmonogram
13:00 Přednáška (učebna B1)
14:00 Navržení sekvence PCR primeru pro vybraný úsek genomu Arabidopsis thaliana
s využitím software OLIGO (Kancelář PGS).Syntéza na syntetizátoru oligonukleotidů Expedite 8909, purifikace a kontrola kvality PCR primeru na perfúzním chromatografu BioCAD 700E (Centrální laboratoř).
FRAGMENTAČNÍ ANALÝZA DNA
RNDr. Jana Klánová
Cílem práce je určit velikost jednotlivých fragmentů DNA ze tří různých rostlin Arabidopsis thaliana získaných PCR reakcemi se dvěma páry primerů a na základě této kvantifikace rozhodnout, zda se jedná o divoký typ, homozygotní či heterozygotní rostlinu. Studenti provedou PCR reakce s fluorescenčně značenými primery připravenými předem na syntetizátoru Expedite 8909, z jejich produktů připraví vzorky pro fragmentační analýzu na automatickém genetickém analyzátoru ABI PRISM 310, kvantifikují fragmenty a interpretují výsledky analýzy (Laboratoř PGS, Centrální laboratoř).
V další části práce se studenti seznámí s možnostmi vícebarevného značení fragmentů při studiu mikrosatelitů. Z poskytnutého směsného PCR produktu z živočišné DNA se dvanácti páry primerů připraví vzorky pro analyzátor a následně kvantifikují dvanáct mikrosatelitních lokusů z DNA každého jedince z jediného běhu fragmentační analýzy (Centrální laboratoř).
Poslední část úlohy názorně předvede využití fragmentační analýzy v paternitních studiích. Studenti kvantifikují dvanáct mikrosatelitních lokusů z několika různých jedinců a na jejich základě určí příbuzenské vztahy (Centrální laboratoř).