Životopis

Identifikace osoby

• Mgr. Martin Prokop, Ph.D.
  

Pracoviště

• CEITEC - Středoevropský technologický institut
  Masarykova Univerzita
  Kamenice 5, 625 00, Brno, Czech Republic
  a
  Národní centrum pro výzkum biomolekul
  Přírodovědecká fakulta, Masarykova Univerzita
  Kotlářská 2, 611 37, Brno, Czech Republic
  Tel.: +420-549 49-6662
  E-mail: martinp@chemi.muni.cz
  

Funkce na pracovišti

• Odborný pracovník (plný úvazek)
  

Vzdělání a akademická kvalifikace

• 2004: Ph.D., obor biomolekulární chemie; Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita v Brně
  Téma disertační práce: TRITON - software pro racionální design proteinů.
• 1997: Mgr., obor organická chemie; Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita v Brně.
  Diplomová práce: Triton - vizualizační software pro studium enzymatických reakcí.
  

Přehled zaměstnání

• 2011-nyní: CEITEC - Středoevropský technologický institut, Masarykova Univerzita, Brno, odborný pracovník
• 2004-nyní: Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta MU, Brno, odborný pracovník
• 2000-2004: Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta MU, Brno, odborný pracovník (částečný úvazek)
• 1997-2000: Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul, Přírodovědecká fakulta MU, Brno, odborný pracovník (částečný úvazek)

Vědeckovýzkumná činnost

• Vývoj softwaru pro molekulové modelování, modelování enzymatických reakcí.

Ocenění vědeckou komunitou

• 2004: Cena rektora Masarykovy univerzity

Vybrané publikace

• PROKOP, Martin, Jan ADAM, Zdeněk KŘÍŽ, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. TRITON: a graphical tool for ligand-binding protein engineering. Bioinformatics, Oxford University Press, 2008, roč. 24, č. 17, s. 1955-1956. ISSN 1367-4803. Abstract and full text (open access artcle) Web page of the program TRITON info
• ADAM, Jan, Zdeněk KŘÍŽ, Martin PROKOP, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. In silico mutagenesis and docking studies of Pseudomonas aeruginosa lectin PA-IIL - predicting binding modes and energies. Journal of Chemical Information and Modeling, 2008, roč. 48, č. 11, s. 2234-2242. ISSN 1549-9596. info
• PROKOP, Martin, Jan ADAM, Zdeněk KŘÍŽ, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. TRITON: Graphic software for docking ligands to protein mutants. In Modeling Interactions in Biomolecules III, book of abstracts. Prague: Neuveden, 2007. s. 44. URL info
• PROKOP, Martin, Jiří DAMBORSKÝ a Jaroslav KOČA. TRITON: graphic software for modelling protein mutants and calculation reaction pathways. In Materials Structure in Chemistry, Biology, Physics and Technology. vol.12, no. 1. Praha: Czech and Slovak Crystallographic Association, 2005. s. 17. ISSN 1211-5894. info
• BOHÁČ, Michal, Yuji NAGATA, Zbyněk PROKOP, Martin PROKOP, Marta MONINCOVÁ, Masataka TSUDA, Jaroslav KOČA a Jiri DAMBORSKÝ. Halide-stabilizing residues of haloalkane dehalogenases studied by quantum mechanic calculations and site-directed mutagenesis. Biochemistry, 2002, roč. 41, č. 48, s. 14272-14280. ISSN 0006-2960. URL info
• DAMBORSKÝ, Jiří, Martin PROKOP a Jaroslav KOČA. TRITON: graphic software for rational engineering of enzymes. Trends in Biochemical Sciences, 2001, roč. 28, č. 1, s. 71-73. URL info
• PROKOP, Martin, Jiří DAMBORSKÝ a Jaroslav KOČA. TRITON: in silico construction of protein mutants and prediction of their activities. Bioinformatics, 2000, roč. 16, č. 9, s. 845-846. ISSN 1367-4803. URL info
• DAMBORSKÝ, Jiří, Michal BOHÁČ, Martin PROKOP a Jaroslav KOČA. Computational site-directed mutagenesis of haloalkane dehalogenase in position 172. Protein Engineering, 1998, roč. 11, č. 10, s. 901-907. URL info
• KUTÝ, Michal, Jiří DAMBORSKÝ, Martin PROKOP a Jaroslav KOČA. A molecular modelling study of the catalytic mechanism of haloalkane dehalogenase: 2. Quantum chemical study of complete reaction mechanism. Journal of Chemical Information and Computer Sciences, 1998, roč. 38, č. 4, s. 736-741. ISSN 0095-2338. URL info

5. 9. 2011