RNDr. Lukáš Pravda, Ph.D.

2020

• Visualization and Analysis of Protein Structures with LiteMol Suite

  SEHNAL David SVOBODOVÁ Radka BERKA K. PRAVDA Lukáš MIDLIK Adam KOČA Jaroslav

  Kapitola v knize

  STRUCTURAL BIOINFORMATICS: METHODS AND PROTOCOLS, rok: 2020, počet stran: 13 s.

2019

• Protein Data Bank: the single global archive for 3D macromolecular structure data

  BURLEY S.K. BERMAN H.M. BHIKADIYA C. BI C.X. CHEN L. DI COSTANZO L. CHRISTIE C. DUARTE J.M. DUTTA S. FENG Z.K. GHOSH S. GOODSELL D.S. GREEN R.K. GURANOVIC V. GUZENKO D. HUDSON B.P. LIANG Y.H. LOWE R. PEISACH E. PERISKOVA I. RANDLE C. ROSE A. SEKHARAN M. SHAO CH. TAO Y.P. VALASATAVA Y. VOIGT M. WESTBROOK J. YOUNG J. ZARDECKI C. ZHURAVLEVA M. KURISU G. NAKAMURA H. KENGAKU Y. CHO H. SATO J. KIM J.Y. IKEGAWA Y. NAKAGAWA A. YAMASHITA R. KUDOU T. BEKKER G.J. SUZUKI H. IWATA T. YOKOCHI M. KOBAYASHI N. FUJIWARA T. VELANKAR S. KLEYWEGT G.J. ANYANGO S. ARMSTRONG D.R. BERRISFORD J.M. CONROY M.J. DANA J.M. DESHPANDE M. GANE P. GÁBOROVÁ Romana GUPTA D. GUTMANAS A. KOČA Jaroslav MAK L. MIR S. MUKHOPADHYAY A. NADZIRIN N. NAIR S. PATWARDHAN A. PAYSAN-LAFOSSE T. PRAVDA Lukáš SALIH O. SEHNAL David VARADI M. SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka MARKLEY J.L. HOCH J.C. ROMERO P.R. BASKARAN K. MAZIUK D. ULRICH E.L. WEDELL J.R. YAO H.Y. LIVNY M. IOANNIDIS Y.E.

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2019, ročník: 47, vydání: D1, DOI

2018

• ChannelsDB: database of biomacromolecular tunnels and pores

  PRAVDA Lukáš SEHNAL David SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka NAVRÁTILOVÁ Veronika TOUŠEK Dominik BERKA Karel OTYEPKA Michal KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2018, ročník: 46, vydání: D1, DOI

• Interactive 3D Macromolecular Structure Data Mining with MolQL and Litemol Suite

  SEHNAL David DESHPANDE M ROSE A PRAVDA Lukáš MIDLIK Adam SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka MIR S BERKA K VELANKAR S KOČA Jaroslav

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2018, druh: Konferenční abstrakty

• MOLEonline: a web-based tool for analyzing channels, tunnels and pores (2018 update)

  PRAVDA Lukáš SEHNAL David TOUŠEK Dominik NAVRÁTILOVÁ Veronika BAZGIER Václav BERKA Karel SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka KOČA Jaroslav OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2018, ročník: 46, vydání: W1, DOI

• PDBsum: Structural summaries of PDB entries

  LASKOWSKI R.A. JABŁOŃSKA Jagoda PRAVDA Lukáš SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka THORNTON Janet M

  Článek v odborném periodiku

  Protein Science, rok: 2018, ročník: 27, vydání: 1, DOI

2017

• LiteMol suite: interactive web-based visualization of large-scale macromolecular structure data

  SEHNAL David DESHPANDE Mandar SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka MIR Saqib BERKA Karel MIDLIK Adam PRAVDA Lukáš VELANKAR Sameer KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Nature Methods, rok: 2017, ročník: 14, vydání: 12, DOI

• Quo Vadis, Biomacromolecular Structure Quality

  SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka HORSKÝ Vladimír SEHNAL David BENDOVÁ Veronika PRAVDA Lukáš KOČA Jaroslav

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2017, druh: Konferenční abstrakty

2016

• Detekce biomolekulárních substruktur pomocí PatternQuery

  PRAVDA Lukáš SEHNAL David SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka KOČA Jaroslav

  Další prezentace na konferencích

  Rok: 2016, druh: Další prezentace na konferencích

• Structural Bioinformatics Tools for Drug Design: Extraction of Biologically Relevant Information from Structural Databases

  KOČA Jaroslav SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka PRAVDA Lukáš BERKA Karel GEIDL Stanislav SEHNAL David OTYEPKA Michal

  Odborná kniha

  Rok: 2016, vydání: Vyd. 1., počet stran: 144 s.