Na rozdíl od hostitelských rostlin, které nejsou na vytvoření AM symbiózy pro úspěšné proběhnutí jejich životního cyklu závislé, je situace u mykorhizních hub zcela opačná. Tyto houby jsou ekologicky i fyziologicky obligátními symbionty, jejichž životní cyklus je totožný s jejich infekčním cyklem.
Za počátek životního cyklu houby (viz obr. životního cyklu) lze považovat vyklíčení spory, které probíhá za příznivých ekologických podmínek (teplota, vlhkost, kořenová exudace a pod.) v půdě. Z ní vyrůstají tenkostěnné, 2-3 µm silné hyfy, které mohou dosáhnout až několika centimetrů délky a které jsou chemotropicky atrahovány ke kořenům hostitelské rostliny, kde dochází k jejich intenzivnímu větvení. Na povrchu kořene se vytvoří apresorium (terček, ztloustnutí hyfy v místě průniku do kořene) a hyfy začnou posléze prorůstat do kořene, přičemž mechanismem zodpovědným za penetraci kořene je spíše mechanický tlak penetrační hyfy než produkce lytických enzymů. V primární kůře kořene se mohou hyfy rozrůstat jak v mezibuněčných prostorách, tak uvnitř buněk. Ve vnitřních vrstvách primární kůry, blíže k endodermis, se pak tvoří arbuskuly. V pozdějších fázích vnitrokořenového vývoje se mohou začít vytvářet vezikly. Infekční jednotka složená z těchto struktur se postupně zvětšuje a následně dochází k průniku hyf ven z kořene do půdního prostředí, kde se rozrůstají a vytvářejí síť mimokořenového mycelia. V této fázi lze kolonizaci považovat z funkčního hlediska za plně rozvinutou. Posledním stadiem v životním cyklu houby je tvorba nových spor, ev. sporokarpů, které přetrvávají do začátku nového infekčního cyklu.