Na rozdíl od AM, kdy vytvoření mykorhizní asociace neovlivňuje morfologii kolonizovaného kořene, vede vznik EM symbiózy k výrazným změnám ve stavbě jemných terminálních laterálních kořenů (tyto jediné jsou schopny EM vytvářet). Jejich apikální meristém ukončuje růst, takže kořen je kratší a ztloustlý. Míra tohoto zkrácení a ztloustnutí je závislá na vývojové fázi terminálního laterálního kořene v době kontaktu s mykorhizní houbou. Časté je rovněž vidličnaté rozvětvení EM kořene, které může být i vícenásobné a dávat tak vzniknout EM kořenovým shlukům. Ve srovnání s nemykorhizním terminálním laterálním kořenem má ektomykorhizní kořen několikanásobně delší životnost (přibližně 3-4 měsíce).
Pro ektomykorhizu jsou charakteristické tři strukturní komponenty:
| Houbový plášť | Obaluje na povrchu EM kořen. Morfologie houbového pláště je determinovány druhem endofytické houby. Houbový plášť může být vyvinut slabě nebo může i chybět. V typickém případě tvoří biomasa houbového pláště 20 až 40 % celkové biomasy krátkého EM kořene. |
| Hartigova síť | Labyrint hyf prorůstajících k houbového pláště do rhizodermis a mezibuněčných prostor kořenového kortexu. Hyfy vytvářející Hartigovu síť jsou charakteristické vysokým větvením. Rozrůstání hyf může být omezeno pouze na kořenovou epidermis (= rhizodermis), (paraepidermální Hartigova síť, typická pro krytosemenné hostitelské rostliny, viz obrázek), nebo mohou být hyfami vyplněny interceluláry několika až všech vrstev primární kůry (typické pro nahosemenné hostitelské rostliny). Hartigova síť je místem, kde dochází k nejintenzivnější látkové výměně mezi asociovanými symbiotickými organismy, čemuž napomáhá vysoce členitá struktura buněčných stěn hyf Harigovy sítě (labyrintová struktura). |
| Mimokořenové mycelium | Slouží k sorpci živin. Mimokořenové mycelium může být agregováno do rhizomorf, tedy silných provazců spleteného mycelia, viditelných pouhým okem. Rhizomorfy slouží k transportu látek na delší vzdálenosti. |
Dle dřívějších názorů byl houbový plášť považován za hlavní místo příjmu minerálních živin z půdy. V současnosti je za hlavní strukturu, zodpovědnou za sorpci minerálních látek, považováno mimokořenové mycelium, obdobně jako je tomu u jiných typů mykorhiz. Hartigova síť je pak místem, kde jsou tyto z půdy přijaté minerální živiny symbioticky vyměňovány za uhlíkaté látky asimilované rostlinou v procesu fotosyntézy.
Na konci životnosti ektomykorhizního kořene je možné v souvislosti se senescencí kortikálních buněk kořene pozorovat jejich vnitrobuněčnou kolonizaci toutéž houbou, se kterou kořen vytvářel ektomykorhizu. Tento jev nepovažujeme za znak řadící tyto mykorhizní kořeny do kategorie ektendomykorhizy, nýbrž za poslední možné vývojové stadium ektomykorhizy, bez závažnějších důsledků pro fungování EM symbiózy.