Na rozdíl od arbuskulárně mykorhizních (AM) hostitelských rostlin je počet druhů tvořících ektomykorhizu (EM) poměrně malý - vytváří ji pouze asi 3 % druhů světové flóry, ve všech případech se jedná o dřeviny. Přesto jde o nesmírně důležitou symbiózu, neboť mezi tyto druhy patří zástupci čeledí Pinaceae (např. rody Pinus nebo Picea) a Fagaceae (např. rody Fagus nebo Quercus). Stromy těchto čeledí jsou nejdůležitější složkou lesů mírného pásma. Významný je rovněž výskyt EM u dřevin čeledi Myrtaceae, dřevin subtropů a temperátních oblastí jižní polokoule. Obdobnou roli hrají dřeviny čeledi Dipterocarpaceae v monzunových lesech jihovýchodní Asie. Rovněž další rostliny jiných čeledí vytvářející EM jsou vytrvalé dřeviny (např. Betulaceae). Některé druhy mohou vytvářet buď AM, nebo EM, v závislosti na pedologických podmínkách stanoviště. Patří mezi ně zejména rody Eucalyptus, Salix nebo Populus. Přitom EM se u těchto druhů vytváří, pokud rostou na vysoce humózních půdách.
Rovněž u taxonů ektomykorhizních hub je situace opačná než u AM symbiózy. Ektomykorhizu vytváří odhadem 5 až 6 tisíc druhů (Molina et al. 1992) převážně z oddělení Basidiomycota, menší část pak z oddělení Ascomycota. Z oddělení Zygomycota tvoří EM pouze zástupci rodů Endogone a Densospora. Přehled taxonů schopných tvořit ektomykorhizy lze nalézt v monografii Mykorhizní symbióza: o soužití hub s kořeny rostlin (Gryndler et al. 2004, str. 160). Většina ze všech těchto druhů (přibližně 4 500) vytváří nadzemní (epigeické) plodnice (viz obrázek), z nichž některé jsou často lidmi sbírané ke konzumaci (viz obrázek). Velké množství druhů (odhadem až jedna čtvrtina) vytváří podzemní (hypogeické) plodnice - z těchto zástupců je zřejmě nejznámější lanýž černovýtrusý (Tuber melanosporum). Determinace ektomykorhizních hub se provádí buď podle vytvořené plodnice, nebo pomocí morfologických charakteristik houbového pláště na povrchu EM kořenů za pomoci mikroskopické techniky Nomarského interferenčního kontrastu. K ověření mykorhizního statutu dané houby se v poslední době využívá i skutečnost, že plodnice saprotrofních a ektomykorhizních hub se liší svými izotopovými podpisy δ13C a δ15N. Houby vytvářející EM mají větší či mneší schopnosti saprotrofního růstu, což v některých případech umožňuje jejich axenickou (= bez přítomnosti jiného organismu) kultivaci v in vitro systémech.