Barvení houbových struktur je nerozšířenější a nejdéle použínavou technikou výzkumu mykorhizních asociací.V rámci různých barvicích postupů se stala nejpoužívanější metoda barvení trypanovou modří v laktofenolu (Phillips a Hayman 1970). Při ní jsou v FAA fixované kořeny projasněny roztokem KOH, ev. v případě silně pigmentovaných kořenů vyběleny alkalickým peroxidem vodíku, okyseleny HCl a obarveny 0,05 % trypanovou modří v laktofenolu. Nadbytečné barvivo je odstraněno promytím vzorků v čistém laktofenolu. Houbové struktury jsou po této proceduře zbarveny sytě modře.
Alternativní, procedurálně velmi blízkou metodu vyvinuli Kormanik a McGraw (1982). Oproti předchozí využívá jako barvící médium pro houbové struktury 0,01 %-ní roztok kyselého fuchsinu v laktoglycerolu (= laktoglycerinu). Vypuštění fenolu z barvícího média bylo záměrné kvůli jeho toxickým účinkům a autoři jej doporučují vzhledem ke skutečnosti, že pro většinu rostlinného materiálu bylo barvící médium bez fenolu stejně účinné jako za jeho působení. Jako další klad uvádějí skutečnost, že toto barvící médium lze používat opakovaně (až 7×), zatímco při použití laktofenolu je barvení již při druhém použití jen zřídka efektivní. Roztokem kyselého fuchsinu v laktoglycerolu se barví houbové struktury světle červeně až lehce růžově, nevýhodou zůstává nedostatečná intenzita zbarvení potřebná pro morfologické studie (Rajapakse a Miller 1992).
Hledáním vhodného barviva pro detailní morfologická pozorování interních VAM struktur se zabývali Brundrett a kol. (1984). Porovnáním čtyř druhů barviv, použitých vždy v koncentraci 0,1 % (w/v) v laktoglycerolu zjistili jejich rozdílnou účinnost v barvení mykorhizních struktur Glomus mosseae kolonizujících kořeny Allium porum. Ta se zvyšovala v pořadí kyselý fuchsin < anilinová modř < trypanová modř < chlorazolová čerň E. Barvení posledně jmenovaným barvivem umožňovalo detailní studie morfologie interních VAM struktur, zejména v kombinaci s Nomarského interferenčním kontrastem, kdy bylo možné pozorovat i jemně se větvící hyfy arbuskulů.
Další používanou modifikací původní procedury Phillipse a Haymana (1970) je barvící technika, kterou autoři Koske a Gemma (1989) vyvinuli z důvodu minimalizace rizik vyplývajících z kontaktu s toxickými látkami. V této modifikaci není používán fenol ani kyselina mléčná.
Všechny používané barvící techniky mají jedno základní schéma, liší se až v konkrétních postupech zde uvedených jako body 4 až 10.
V následujícím přehledu jsou uvedeny jednotlivé kroky čtyř nejčastěji používaných barvících procedur pro sledování mykorhizní kolonizace kořenů.
Jednotlivé kroky jsou uvedeny vždy v následujícím pořadí pod těmito čísly:
Barvení 0,05% trypanovou modří v laktofenolu (Phillips a Hayman 1970)
0,1% roztoky barviv v laktoglycerolu (Brundrett a kol. 1984)
0,01% kyselý fuchsin v laktoglycerolu (Kormanik a McGraw 1982)
0,05% trypanová modř v acidifikovaném glycerolu (Koske a Gemma 1989)