Jak napovídá již název, typickými strukturami pro tento typ mykorhizy jsou arbuskuly. Dříve byl tento typ mykorhizy označován jako vezikulo-arbuskulární mykorhiza, tedy i podle přítomnosti jiné charakteristické struktury, veziklů. V 90. letech 20. století, po zjištění, že zástupci čeledi Gigasporacae nikdy vezikly nevytvářejí, byl zaveden termín arbuskulární mykorhiza (AM), který postupem doby původní označení zcela vytlačil.
| Vnitrokořenové struktury: | |
| Arbuskuly | tvoří se uvnitř buněk primární kůry kořene hostitelské rostliny (viz obrázek). Jsou charakteristické několikanásobným dichotomickým větvením a ukončeným růstem. Buněčná stěna arbuskulů je zeslabená nebo může zcela chybět. Plazmatická membrána houby není nikdy v přímém kontaktu s cytoplazmou kortikální buňky hostitelské rostliny, vždy ji od ní odděluje plazmatická membrána rostlinné buňky, tzv. periarbuskulární membrána. Arbuskuly jsou efemerní struktury, dokončují svůj vývoj během několika dní, posléze kolabují v amorfní houbovou tkáň a stávají se funkčně neaktivními. Arbuskuly jsou považovány za hlavní místo symbiotického přenosu fosfátů a uhlíkatých látek mezi houbou a rostlinou. |
| Vezikly | se vyskytují buď uvnitř buněk primární kůry kořene, nebo v mezibuněčných prostorech kořenového kortexu. Vezikly mohou být jak interkalární (vegetativní hyfa, na níž je vezikl vytvořen, pokračuje v růstu), tak terminální (vytvořením veziklu je růst hyfy ukončen, viz obrázek). Mají zásobní funkci, obsahují zejména látky lipidické povahy. |
| Hyfy | intercelulární: nepřehrádkované hyfy proměnlivého průměru, jejich povrch není "hladký" |
| intracelulární: vyskytují se zejména ve formě klubíček, rovněž nepřehrádkované | |
| Mimokořenové struktury: | |
| Spory | mají průměr od desítek do stovek mikrometrů (viz obrázek), na jejich morfologických charakteristikách je založena klasická taxonomie AM hub. Spory mohou mohou být sdruženy do agregátů spror, sporokarpů, obalených hyfami mycelia. |
| Hyfy | variabilní průměr 1 až přibližně 20 µm, nepřehrádkované, mají hladký povrch (viz obrázek) |
| Pomocné buňky | Tyto buňky (angl. auxiliary cells) považujeme za mimokořenové struktury analogické k vnitrokořenovým veziklům. Nacházíme je u zástupců čeledi Gigasporaceae. |
| Větvené absorpční struktury | (BAS, branched abrorbing structures), dříve nazývané "arbuskulům podobné struktury" (ALS, arbuscule-like structures), pravděpodobně slouží ke zvýšené sorpci minerálních živin mimokořenovým myceliem (viz obrázek). |
Morfologie kořenů se po vytvoření VAM symbiózy nemění, anatomická i morfologická stavba kořene včetně kořenového vlášení je zachována.