- Mizerovská Daniela (2023) — Evoluce na příkrém gradientu nadmořské výšky: stanovení role genetických a ekologických faktorů v procesu vzniku druhů / Evolution at steep elevational gradients: assessing the role of genetic and ecological factors in speciation process — supervisor: Josef Bryja
- Turbaková Barbora (2023) — Ochranářská genetika rysa ostrovida ve střední Evropě / Conservation genetics of Eurasian lynx in Central Europe — supervisor: Josef Bryja
- Anandan Sampath Kumar (2022) — Molekulární mechanizmy evoluce životních strategií / Molecular mechanisms of life-history evolution — supervisor: Oldřich Tomášek
- Baškiera Senka (2022) — Individuální fenotypová proměnlivost v termální ekologii obojživelníků / Individual phenotypic variation in thermal ecology of amphibians — supervisor: Lumír Gvoždík
- Bobek Lukáš (2022) — Životní strategie a ptačí ekofyziologie: latitudinální a altitudinální procesy u pěvců / Life-histories and avian ecophysiology: latitudinal and altitudinal patterns in songbirds — supervisor: Tomáš Albrecht
- Dolinay Matej (2022) — Druhová diverzifikace afrických obojživelníků v prostorovém a ekologickém kontextu / Species diversification of African amphibians in spatial and ecological context — supervisor: Václav Gvoždík
- Těšíková Jana (2022) — Rekombinační schopnost virů k prolomení druhové bariéry a obranných mechanismů hostitele: myší cytomegalovirus v hybridní zóně myší domácích / Quantifying viral gene capture, and the host's response, during passage across a species barrier: Murine cytomegalovirus in a house mouse hybrid zone — supervisor: Joëlle Goüy de Bellocq
- Bachorec Erik (2021) — Vrozené a naučené chování u letounů / Innated and learned behaviour in the bats — supervisor: Tomáš Bartonička
- Hánová Alexandra (2021) — Evoluční historie vybraných afrických hlodavců otevřených habitatů z pohledu různých prostorových a evolučních úrovní / Evolutionary history of selected African rodents living in open habitats assessed at multiple spatial and evolutionary scales — supervisor: Adam Konečný
- Harazim Markéta (2021) — Fyziologie a patologie infekce u netopýrů / Physiology and pathology of infection in bats — supervisor: Natália Martínková
- Kotasová Adámková Marie (2021) — Individuální kondice, exprese ornamentů a pohlavní výběr vlaštovky obecné, Hirundo rustica / Individual condition, ornament expression and sexual selection in the barn swallow Hirundo rustica — supervisor: Tomáš Albrecht
- Křemenová Jana (2021) — Význam ekologické speciace v reprodukční izolaci štěnic / The role of ecological speciation in the reproduction isolation of bugs — supervisor: Tomáš Bartonička
- Černý Martin (2020) — Výběr hnízdního biotopu u koroptve polní (Perdix perdix) a hnízdní úspěšnost: role individuálních vlastností / Nesting strategy of Grey Partridge (Perdix perdix): nest site choice and nesting success — supervisor: Miroslav Šálek
- Martincová Iva (2019) — Poruchy spermatogeneze hybridních samců myší / Spermatogenetic defects in mouse hybrids — supervisor: Jaroslav Piálek
- Šlapanský Luděk (2019) — Pohybová aktivita nepůvodních hlaváčovitých ryb / Movement activity of non-native Gobiid fishes — supervisor: Pavel Jurajda
- Aghová Tatiana (2018) — Srovnávací fylogeografie východoafrické oblasti Somali-Maasai na příkladu modelové skupiny hlodavců / Comparative phylogeography of the Somali-Maasai region in eastern Africa using selected rodent species as a model — supervisor: Josef Bryja
- Bartáková Veronika (2018) — Populační a populačně-genetické aspekty biologických invazí a jejich vliv na koevoluční vztah mezi hořavkami a mlži / Population and population-genetic aspects of biological invasions and their impact on the co-evolutionary relationship between bitterling and their mussel hosts — supervisor: Josef Bryja
- Mikl Libor (2018) — Nepůvodní hlaváčovité ryby (Gobiidae) v potravních řetězcích dolního toku Dyje / Non-native gobies (Gobiidae) of the food chain in lower River Dyje — supervisor: Zdeněk Adámek
- Opatová Pavlína (2017) — Genetické a environmentální faktory ovlivňující fenotyp spermie u zebřičky pestré (Taeniopygia guttata) / Genetic and environmental factors affecting sperm phenotype in the zebra finch (Taeniopygia guttata) — supervisor: Tomáš Albrecht
- Kristín Peter (2015) — Zdroje proměnlivosti standardního metabolismu u čolků / Sources of variation in standard metabolic rate in newts — supervisor: Lumír Gvoždík
- Hiadlovská Zuzana (2014) — Behaviorální strategie dvou poddruhů domácích myší (Mus musculus musculus, M.m. Domesticus) / Behavioural strategies of two house mouse subspecies (Mus musculus musculus, M.m. Domesticus) — supervisor: Miloš Macholán
- Řežucha Radomil (2014) — Personality, reprodukční strategie a pohlavní výběr u vybraných taxonů ryb / Personalities, reproductive tactics and sexual selection in fishes — supervisor: Martin Reichard
- Vrtílek Milan (2014) — Evoluční ekologie anuálních ryb z rodu Nothobranchius / Evolutionary ecology of annual fishes from genus Nothobranchius — supervisor: Martin Reichard
- Wasim Uddin (2014) — Genetická variabilita vybraných patogenů v myší hybridní zóně / Genetic variation of selected pathogens in the house mouse hybrid zone — supervisor: Josef Bryja
- Zemanová Barbora (2014) — Genetická struktura populací kamzíků ve střední Evropě / Genetic structure of chamois populations in Central Europe — supervisor: Josef Bryja
- Fornůsková Alena (2013) — Geny vrozené imunity a jejich význam v evoluční ekologii volně žijících hlodavců / Genes of innate immunity and their significance in evolutionary ecology of free living rodents — supervisor: Josef Bryja
- Konvičková Hana (2013) — Rypošovití mezických tropických oblastí: fylogeografie, příbuzenská struktura a párovací systémy / Bathyergid rodents of mesic tropical regions: phylogeography, kinship structure and mating systems — supervisor: Josef Bryja
- Rymešová Dana (2013) — Přežívání a výběr partnera u koroptve polní (Perdix perdix) / Survival and mate choice in the grey partridge — supervisor: Zdeněk Řehák
- Ďureje Ľudovít (2012) — Vliv agresivního chování na dynamiku hybridní zóny myší domácích / The effect of aggressive behaviour on the dynamics of the house mouse hybrid zone — supervisor: Jaroslav Piálek
- Smolinský Radovan (2012) — Úloha interakcí mezi predátorem a kořistí pro koadaptaci termální biologie u čolků / The role of predator-prey interactions in the coadaptation of thermal biology in newts — supervisor: Lumír Gvoždík
- Burri Marta (2011) — Major histocompatibility complex genes: their variation and impact on fitness in a socially monogamous passerine / Hlavní geny histokompatibilního komplexu: jejich variace a vliv na fitness u společensky monogamních pěvců — supervisor: Josef Bryja
- Poláková Radka (2011) — Vliv genetických faktorů na reprodukční úspěch u sociálně monogamního pěvce / The effect of genetic factors on reproductive success in a socially monogamous songbird — supervisor: Josef Bryja
- Požgayová Milica (2010) — Obranné strategie hostitelů kukačky obecné Cuculus canorus vůči hnízdnímu parazitismu / Defence strategies of common cuckoo Cuculus canorus hosts against brood parasitism — supervisor: Marcel Honza
- Ryšavá Michaela (2010) — Ekologie tchoře tmavého (Mustela putorius L.) / Ecology of European polecat (Mustela putorius L.) — supervisor: Petr Koubek
- Konečný Adam (2009) — Důsledky antropogenních změn na společenstva a populace hlodavců: příkladové studie původních a introdukovaných druhů ve východním Senegalu / Consequences of anthropogenic changes on rodent communities and populations: study cases on native and introduced species in Eastern Senegal — supervisor: Josef Bryja
- Mikula Ondřej (2009) — Změny vývojové stability u domácích myší v důsledku hybridizace / Changes of developmental stability in house mice as a consequence of hybridization — supervisor: Miloš Macholán
- Berková Hana (2008) — Letová aktivita netopýrů ve vchodu Kateřinské jeskyně - automatický monitorovací systé / Flight activity of bats at the entrance of Kateřinská cave - automatic monitoring system — supervisor: Jan Zukal
- Hájková Petra (2008) — Ochranářská genetika vydry říční / Conservation genetika of the Eurasian otter — supervisor: Pavel Jurajda
- Polačik Matej (2008) — Vybrané aspekty ekologie původních a nepůvodních populací zástupců rodu Neogobius v podélném profilu Dunaje / Selected aspects of the ecology of the native and nonnative populations of the genus Neogobius in the longitudinal profile of the Danube — supervisor: Pavel Jurajda
- Polačiková Lenka (2008) — Evoluce antiparazitických reakcí hnízdních hostitelů kukačky obecné Cuculus canorus / Evolution of antiparasitic strategies of hosts of common cuckoo Cuculus canorus — supervisor: Marcel Honza
- Šicha Václav (2008) — Vybrané aspekty koevoluce mezi kukačkou obecnou (Cuculus canorus) a jejími hostiteli / Selected aspects of the coevolution between the Common cuckoo (Cuculus canorus) and its hosts — supervisor: Marcel Honza
- Vallo Peter (2008) — Molekulárně genetické studie afrických pavrápencovitých (Hipposideridae) / Molecular genetic studies in African leaf-nosed bats (Hipposideridae) — supervisor: Petr Koubek
- Valová Zdenka (2008) — Společenstva O+ juvenilních ryb v různě upravených nížinných tocích / The 0+ juvenile fish communities in differently modified lowland rivers — supervisor: Pavel Jurajda
- Chytil Josef (2006) — Dynamika průtahu rákosinových druhů ptáků na rybníce Nesyt (NPR Lednické rybníky) / Dynamics of migration of reed birds on Nesyt Fishpond (National Nature Reserve Lednice Fishponds) — supervisor: Jiří Gaisler
- Jánová Eva (2006) — Proměnlivost demografické struktury populací hraboše polního v zemědělské krajině / Variation in demographic structure of common vole populations in an agricultural landscape — supervisor: Emil Tkadlec
- Němečková Iva (2006) — Hnízdní strategie motáka pochopa (Circus aeruginosus) v extenzivně obhospodařované krajině CHKO Poodří / Breeding strategy of Marsh harriers (Circus aeruginosus) inside extensive cultivated Protected landscape area Poodří — supervisor: Vojtěch Mrlík
- Prášek Václav (2006) — Biologie hlavačky mramorované (Proterorhinus marmoratus), nového druhu ichthyofauny České republiky / Biology of the tubenose goby (Proterorhinus marmoratus), a new species of the ichthyofauna of the Czech Republic — supervisor: Zdeněk Adámek
- Barančeková Miroslava (2005) — Potravní ekologie srnce obecného v oblasti lužního lesa ve vztahu k obnově porostů dřevin / Feeding Ecology of Roe Deer in Floodplain Forest in Relation to Restoration of Woody-Plant Stands — supervisor: Petr Koubek
- Horák Václav (2005) — Vliv revitalizací na rybí společenstva v aluviálním území "Soutok" / The effect of revitalisation on ichtyofauna of the "Soutok" floodplain — supervisor: Stanislav Lusk
- Krojerová-Prokešová Jarmila (2005) — Trofické podmínky jelena lesního v lužním lese a jeho kompetice o potravní zdroje / Trophic Conditions of Red Deer in the Floodplain Forest and their Competition for Food Resources — supervisor: Miloslav Homolka
- Bartonička Tomáš (2004) — Letová aktivita a echolokační chování druhu Pipistrellus pygmaeus (Leach, 1825) s přihlédnutím k P. pipistrellus (Schreber, 1774) / Flight activity and echlocation bahaviour of Pipistrellus pygmaeus (Leach, 1825) with respect to P. pipistrellus (Schreber, 1774) — supervisor: Zdeněk Řehák
- Gajdošík Martin (2003) — Srovnání potravy dvou druhů netopýrů rodu Eptesicus / Comparison of the diet of two Eptesicus bat species — supervisor: Jiří Gaisler
- Petrželková Klára (2003) — Vliv predace na netopýry / Impact of Predation on Bats — supervisor: Jan Zukal
- Kotlánová Eva (2002) — Vliv znečištění a narušení prostředí na populace myšice lesní (Apodemus flavicollis) v Krušných horách / Effect of Pollution and Environmental Disturbance on Populations of Yellow-necked Mice (Apodemus flavicollis) from the Krušné hory Mts. — supervisor: Jan Zima
- Reichard Martin (2002) — Drift raných vývojových stádií kaprovitých ryb v nížinných tocích / Downstream drift of young-of-the-year cyprinid fishes in lowland rivers — supervisor: Pavel Jurajda
- Ševčík Mojmír (2002) — Morfometrická variabilita vybraných středoevropských populací rodu Plecotus (Chiroptera, Vespertilionidae) / Morphometric variation of selected populations of the genus Plecotus (Chiroptera, Vespertilionidae) in Central Europe — supervisor: Jiří Gaisler
- Bryja Josef (2000) — Demografická charakteristika populace hraboše polního (Microtus arvalis) na jižní Moravě / Demographic characteristics of the common vole (Microtus arvalis) in southern Moravia — supervisor: Jiří Gaisler