Go to main content | Go to main menu | Go to search

Project information
Proteogenomics classification of triple negative breast cancer for prognosis and targeted therapy

Project Identification
NU22-08-00230
Project Period
5/2022 - 12/2025
Investor / Pogramme / Project type
Ministry of Health of the CR
  • Ministry of Health Research Programme 2020 - 2026
  • Subprogram 1 - standard
MU Faculty or unit
Faculty of Science
Other MU Faculty/Unit
Central European Institute of Technology
Cooperating Organization
Masaryk Memorial Cancer Institute Brno
  • Responsible person Doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D.

Trojitě negativní nádory prsu (TNBC) představují z pohledu stávající klasifikace nádorů prsu (BC) na základě statusu hormonálních a Her2 receptorů homogenní skupinu primárně léčenou pomocí chemoterapie. Z hlediska klasifikace na základě profilů genové exprese se však jedná o molekulárně heterogenní subtyp, který lze dle různých studií rozdělit na více podtypů - nejčastěji jsou popisovány podtypy jako “basal-like“, “luminal androgen receptor“, “mesenchymal-like“ a “immunomodulatory“. Nejvyšší heterogenitu TNBC v rámci BC subtypů potvrzují i naše publikovaná pilotní proteomická data z 16 TNBC vzorků, detailní klasifikace na základě proteomových profilů (proteotypů) však nebyla dosud popsána. V rámci projektu máme připraven detailně charakterizovaný soubor 108 TNBC nádorů ve formě zmražené tkáně, dalších 146 tumorů je k dispozici ve formě parafinových bloků pro validaci. Pilotní proteomická data získaná metodou DIA-MS ukazují kvantifikovatelnost více než 7000 proteinů v každém vzorku, což představuje celosvětově nejvyšší pokrytí proteomu u BC studií. V rámci projektu bude soubor TNBC nádorů (i) klasifikován do podtypů na základě proteotypů, (ii) budou charakterizovány rozdíly v klasifikaci na základě transkriptomických (RNA-Seq) a proteomických profilů, přičemž budou identifikovány genové produkty specifické pro proteinovou úroveň, a (iii) bude analyzován vliv somatických mutací na hladiny klíčových proteinů identifikovaných v proteotypech. Cílem bude nalézt proteiny, molekulární dráhy a mutace, které jsou rozhodující pro zařazení TNBC nádorů do molekulárních podtypů na základě proteotypů, které souvisí s terapeutickou odpovědí, přežitím pacientů a které by mohly sloužit jako cíle stratifikované biologické léčby TNBC. Úloha klíčových proteinů bude funkčně studována na buněčných modelech. Na základě proteogenomické analýzy budou identifikovány pacientky vhodné pro specifické typy dostupné cílené léčby, u nichž lze v blízké
budoucnosti očekávat vstup do klinické praxe.

Sustainable Development Goals

Masaryk University is committed to the UN Sustainable Development Goals, which aim to improve the conditions and quality of life on our planet by 2030.

Sustainable Development Goal No. 3 – Good health and well-being

Publications

Total number of publications: 7

2024

2023

2022

You are running an old browser version. We recommend updating your browser to its latest version.