RNDr. Ondřej Schindler, Ph.D.

2025

• PDBCharges: Quantum-mechanical partial atomic charges for PDB structures

  BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej SVOBODA Tomáš ROŠINEC Adrián RAČEK Tomáš TICHÝ Dominik SVOBODOVÁ Radka

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2025, druh: Konferenční abstrakty

2023

• New ways of protein family visualization in AlphaFold era

  SVOBODOVÁ Radka BERKA Karel HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ Ivana RAČEK Tomáš SCHINDLER Ondřej

  Další prezentace na konferencích

  Rok: 2023, druh: Další prezentace na konferencích

• αCharges: partial atomic charges for AlphaFold structures in high quality

  SCHINDLER Ondřej BERKA Karel CANTARA Alessio KŘENEK Aleš TICHÝ Dominik RAČEK Tomáš SVOBODOVÁ Radka

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2023, ročník: 51, vydání: W1, DOI

2022

• Alphacharges - a web service for calculating QM-like partial atomic charges for AlphaFold proteins

  SCHINDLER Ondřej RAČEK Tomáš SVOBODOVÁ Radka

  Další prezentace na konferencích

  Rok: 2022, druh: Další prezentace na konferencích

• Atomic Charge Calculator II – a web service for calculating partial atomic charges

  RAČEK Tomáš SCHINDLER Ondřej PTÁČNÍKOVÁ Lenka SVOBODOVÁ Radka

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2022, druh: Konferenční abstrakty

• Prediction of QM-like partial atomic charges for alphafold

  SCHINDLER Ondřej RAČEK Tomáš SVOBODOVÁ Radka

  Další prezentace na konferencích

  Rok: 2022, druh: Další prezentace na konferencích

• QM-like partial atomic charges for AlphaFold available online

  SCHINDLER Ondřej RAČEK Tomáš JELÍNEK Kamil SVOBODOVÁ Radka

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2022, druh: Konferenční abstrakty

2021

• COMPUTER-AIDED MODEL DESIGN OF EMPIRICAL METHODS FOR CALCULATING PARTIAL ATOMIC CHARGES

  RAČEK Tomáš SCHINDLER Ondřej

  Článek ve sborníku

  MODELLING AND SIMULATION 2021: 35TH ANNUAL EUROPEAN SIMULATION AND MODELLING CONFERENCE 2021 (ESM 2021), rok: 2021

• Optimized SQE atomic charges for peptides accessible via a web application

  SCHINDLER Ondřej RAČEK Tomáš MARŠAVELSKI Aleksandra KOČA Jaroslav BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2021, ročník: 13, vydání: 1, DOI

• Partial atomic charges for proteins

  SCHINDLER Ondřej RAČEK Tomáš MARŠAVELSKI Aleksandra SVOBODOVÁ Radka KOČA Jaroslav

  Další prezentace na konferencích

  Rok: 2021, druh: Další prezentace na konferencích