Identifikace a optimalizace nových úseků jaderné DNA pro fylogenetickou analýzu plicnatých plžů na druhové úrovni

Investor logo
Project Identification
GA22-23005S
Project Period
1/2022 - 12/2024
Investor / Pogramme / Project type
Czech Science Foundation
MU Faculty or unit
Faculty of Science

Cílem tohoto projektu je zavedení nové strategie vyhledávání úseků jaderné DNA pro taxonomickou revizi suchozemských plžů, druhé nejpočetnější skupiny terestrických bezobratlých, na druhové úrovni. Markery budou identifikovány pomocí vyhledávání Ultra Conserved Elements (UCEs), které ohraničují některé introny nebo jiné nekódující sekvence. Tento postup jsme použili pro nalezení, návrh univerzálních primerů, amplifikaci produktu, získání a přiložení sekvence intronu 8 genu ELAV. Tento region poskytl stejné množství fylogenetické informace jako dva dříve používané jaderné markery, avšak bez problémů spojených s nežádoucími vícečetnými kopiemi, navíc při poloviční délce fragmentu. Tento postup budeme opakovat nejméně 24-36krát. Vývoj sady jaderných markerů pro druhové rozlišení umožní taxonomům suchozemských plžů po celém světě finančně dostupným způsobem empiricky konfrontovat taxonomické hypotézy. Publikace tohoto obecného schématu jej umožní aplikovat při detekci druhově specifického signálu také u ostatních skupin organizmů.

You are running an old browser version. We recommend updating your browser to its latest version.