prof. RNDr. Karel Berka, Ph.D.

2025

• GROMACS MetaDump

  ROŠINEC Adrián SLANINÁKOVÁ Terézia PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Software

  Rok: 2025

• Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata

  ROŠINEC Adrián SLANINÁKOVÁ Terézia PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2025, ročník: 17, vydání: 1, DOI

2023

• ChannelsDB 2.0: A Comprehensive Database of Protein Tunnels and Pores in AlphaFold Era

  ŠPAČKOVÁ Anna VÁVRA Ondřej RAČEK Tomáš BAZGIER Václav SEHNAL David DAMBORSKÝ Jiří SVOBODOVÁ Radka BERKA Karel

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty

• Mol* Volumes and Segmentations: visualization and interpretation of cell imaging data alongside macromolecular structure data and biological annotations

  CHARESHNEU Aliaksei MIDLIK Adam IONESCU Crina-Maria ROSE Alexander HORSKÝ Vladimír CANTARA Alessio SVOBODOVÁ Radka BERKA Karel SEHNAL David

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2023, ročník: 51, vydání: W1, DOI

• New ways of protein family visualization in AlphaFold era

  SVOBODOVÁ Radka BERKA Karel HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ Ivana RAČEK Tomáš SCHINDLER Ondřej

  Další prezentace na konferencích

  Rok: 2023, druh: Další prezentace na konferencích

• αCharges: partial atomic charges for AlphaFold structures in high quality

  SCHINDLER Ondřej BERKA Karel CANTARA Alessio KŘENEK Aleš TICHÝ Dominik RAČEK Tomáš SVOBODOVÁ Radka

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2023, ročník: 51, vydání: W1, DOI

2022

• OverProt: secondary structure consensus for protein families

  MIDLIK Adam HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ Ivana HUTAŘ Jan CHARESHNEU Aliaksei BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2022, ročník: 38, vydání: 14, DOI

2021

• 2DProts: database of family-wide protein secondary structure diagrams

  HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ Ivana HUTAŘ Jan MIDLIK Adam HORSKÝ Vladimír HLADKÁ Eva SVOBODOVÁ Radka BERKA Karel

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2021, ročník: 37, vydání: 23, DOI

• Optimized SQE atomic charges for peptides accessible via a web application

  SCHINDLER Ondřej RAČEK Tomáš MARŠAVELSKI Aleksandra KOČA Jaroslav BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2021, ročník: 13, vydání: 1, DOI

• QM-like partial atomic charges for proteins available online

  SCHINDLER Ondřej RAČEK Tomáš SVOBODOVÁ Radka BERKA Karel

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2021, druh: Konferenční abstrakty