Mgr. Eva Maršálková

2025

• miRBench: novel benchmark datasets for microRNA binding site prediction that mitigate against prevalent microRNA frequency class bias

  SAMMUT Stephanie GREŠOVÁ Katarína TZIMOTOUDIS Dimosthenis MARŠÁLKOVÁ Eva ČECHÁK David ALEXIOU Panagiotis

  Článek v odborném periodiku

  Computational systems bioinformatics / Life Sciences Society. Computational Systems Bioinformatics Conference, rok: 2025, ročník: 41, vydání: 1, DOI

• Refining Structure-Based Search in AlphaFold DB: Including confidence metrics into AlphaFind

  SLANINÁKOVÁ Terézia MARŠÁLKOVÁ Eva GREŠOVÁ Katarína KŘENEK Aleš OĽHA Jaroslav PAVLÍK Tomáš ŠPRINGEROVÁ Pavlína SEHNAL David ANTOL Matej

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2025, druh: Konferenční abstrakty

2024

• Knot or not? Identifying unknotted proteins in knotted families with sequence-based Machine Learning model

  SIKORA Maciej KLIMENTOVÁ Eva UCHAL Dawid ŠRÁMKOVÁ Denisa PERLINSKA Agata P NGUYEN Mai Lan KORPACZ Marta MALINOWSKA Roksana NOWAKOWSKI Szymon RUBACH Pawel ŠIMEČEK Petr SULKOWSKA Joanna I

  Článek v odborném periodiku

  Protein Science, rok: 2024, ročník: 33, vydání: 7, DOI

2023

• Analysis of chimeric reads characterises the diverse targetome of AGO2-mediated regulation

  HEJRET Václav VARADARAJAN Nandan Mysore KLIMENTOVÁ Eva GREŠOVÁ Katarína GIASSA Ilektra-Chara VAŇÁČOVÁ Štěpánka ALEXIOU Panagiotis

  Článek v odborném periodiku

  Scientific Reports, rok: 2023, ročník: 13, vydání: 1, DOI

• The SAP domain of Ku facilitates its efficient loading onto DNA ends

  FULNEČEK Jaroslav KLIMENTOVÁ Eva CAIRO CALZADA Albert BUKOVČÁKOVÁ Soňa ALEXIOU Panagiotis PROKOP Zbyněk ŘÍHA Karel

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2023, ročník: 51, vydání: 21, DOI

2022

• miRBind: a Deep Learning method for miRNA binding classification

  KLIMENTOVÁ Eva HEJRET Václav GREŠOVÁ Katarína GIASSA Ilektra-Chara ALEXIOU Panagiotis

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2022, druh: Konferenční abstrakty

• miRBind: A Deep Learning Method for miRNA Binding Classification

  KLIMENTOVÁ Eva HEJRET Václav KRČMÁŘ Ján GREŠOVÁ Katarína GIASSA Ilektra-Chara ALEXIOU Panagiotis

  Článek v odborném periodiku

  GENES, rok: 2022, ročník: 13, vydání: 12, DOI

• Noncanonical small RNA chimeras identified by AGO2-CLASH

  HEJRET Václav VARADARAJAN Nandan Mysore KLIMENTOVÁ Eva GIASSA Ilektra-Chara VAŇÁČOVÁ Štěpánka ALEXIOU Panagiotis

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2022, druh: Konferenční abstrakty

2020

• PENGUINN: Precise Exploration of Nuclear G-Quadruplexes Using Interpretable Neural Networks

  KLIMENTOVÁ Eva POLÁČEK Jakub ŠIMEČEK Petr ALEXIOU Panagiotis

  Článek v odborném periodiku

  Frontiers in Genetics, rok: 2020, ročník: 11, vydání: OCT, DOI