Supervisor

doc. Ivan Kushkevych, Ph.D.

Supervisor

doc. Ivan Kushkevych, Ph.D.

Virová onemocnění přenášená komáry (především viry West Nile, Zika, Usutu a Chikungunya) dnes v Evropě představují významnou zdravotní hrozbu pro lidi i zvířata. Cílem doktorské dizertační práce je provést monitoring komářích vektorů a nemocí přenášených komáry v kontextu globálních změn. Práce zahrnuje entomologickou surveillance medicínsky významných komárů včetně introdukce nebezpečných invazních druhů (především tzv. 'tygřího komára' Aedes albopictus) a epidemiologickou surveillance komáry přenášených nákaz (zejména západonilské horečky). Získaná data budou sloužit jako podklady pro management komáry přenášených onemocnění v České republice.

Notes

téma rezervováno pro Bc. Jakuba Vojtíška

Supervisor

doc. RNDr. Ivo Rudolf, Ph.D.

Pseudomonas putida KT2440 je bezplasmidový derivát aerobní půdní saprofytické bakterie P. putida mt2. Díky řadě výhodných vlastností (např. bezpečnost, robustnost, nízké nároky na růstové medium, rychlý růst, dostupnost řady nástrojů genetického inženýrství) si kmen KT2440 získal velkou oblibu jako modelový organismus v základním výzkumu i v biotechnologiích. V posledních letech přitahuje velkou pozornost možnost využití tohoto organismu pro paralelní zužitkování různorodých substrátů z odpadní rostlinné biomasy (lignocelulózy) pro produkci komoditních chemikálií a farmaceuticky zajímavých látek. Kmen KT2440 má přirozenou schopnost degradovat a využívat pro růst jednu ze tří základních polymerních složek lignocelulózy – lignin. P. putida roste velmi dobře i na monomerní glukóze – základní stavební složce celulózy. Kmen KT2440 a jeho derivát EM42 s redukovaným genomem byly v posledních několika letech upraveny technikami genetického a metabolického inženýrství i pro růst na pentózových cukrech z hemicelulózy (xylóza, arabinóza) a na oligosacharidech. Navzdory přítomnosti řady genů pro celulázy v genomu P. putida ale tato bakterie není typickým celulolytickým organismem a nedokáže efektivně růst na (hemi)celulózových polymerech. Vystavení rekombinantních depolymerizujících enzymů na povrch buňky technikami genetického inženýrství a syntetické biologie může zvýšit efektivitu degradace polymerních substrátů a znásobit využitelnost P. putida v lignocelulózových i dalších biotechnologiích. Cílem této disertační práce je studium a vývoj systémů pro efektivní vynášení depolymerizačních enzymů na povrch Gram negativních bakteriálních buněk P. putida. Doktorand/doktorandka se dále zaměří i na studium a výběr celuláz, hemiceluláz a lignin modifikujících enzymů vhodných k řízené produkci a sekreci v P. putida. Disertační práce přispěje k základnímu poznání hostitelského organismu i v něm studovaných mechanismů a její výstupy budou mít i značný aplikační potenciál.

Notes

Téma je rezervováno.

Supervisor

Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.

Corynebacterium pseudotuberculosis je původcem ekonomicky významného onemocnění ve stádech ovcí a koz označovaného jako kaseózní lymfadenitida nebo pseudotuberkulóza. Náplní dizertační práce bude zjistit schopnost baktérie Corynebacterium pseudotuberculosis přežívat vliv vybraných abiotických faktorů vnějšího prostředí. Těmito abiotickými faktory budou například teplota, UV, vyschnutí nebo vliv dezinfekčních přípravků. Viabilita izolátů bude hodnocena na základě relativního srovnání přeživších buněk po jejich ošetření daným faktorem s buňkami kontrolními (neošetřenými) v čase. Schopnost přežívání bude zjišťována jak kultivačními metodami, tak molekulárně biologickými přístupy.
Školitel: Mgr. Radka Dziedzinská, Ph.D., Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v.v.i. dziedzinska@vri.cz

Corynebacterium pseudotuberculosis is the causative agent of an economically significant disease in sheep and goat's herds known as caseous lymphadenitis or pseudotuberculosis. The study will focus on ability of Corynebacterium pseudotuberculosis to survive the influence of selected abiotic environmental factors. These factors will be, for example, temperature, UV, drying out or the effect of disinfectants. The viability will be assessed by relative comparing of the surviving cells after certain treatment with the control (untreated) cells. Survival capacity will be determined by both culture and molecular methods.
Supervisor: Mgr. Radka Dziedzinská, Ph.D., Veterinary Research Institute, Brno, dziedzinska@vri.cz

Supervisor

Mgr. Radka Dziedzinská

Miniaturizace a automatizace jsou klíčové trendy moderních experimentálních metod v přírodních vědách a biomedicíně. Mikrofluidika je v této oblasti dominantní technologií, umožňuje manipulaci velmi malých objemů roztoků (nano-, pico- někdy i femto-litry) v mikroprostředí kanálků o rozměrech desítek mikrometrů, srovnatelnými se šířkou lidského vlasu. Tyto miniaturizované laboratorní systémy – laboratoře na čipu – umožňují provádět obrovské množství experimentů v krátkém čase, s minimálním nárokem na objem vzorku. Laboratoře na čipu jsou základem nejmodernějších technologií jako je „Next Generation“ sekvencování nebo „Single Molecule“ diagnostika. Podobně jako v elektronickém průmyslu přinesla miniaturizace a integrace elektroobvodů na křemíkový čip revoluci ve výpočetní technice, povede mikrofluidika a miniaturizace v oblasti laboratorních pokusů k průlomovým objevům v biologii, chemii a medicíně. Práce bude orientována na vývoj a optimalizaci mikrofluidních systémů pro rychlou a systematickou charakterizaci izolovaných biomolekul a mikroorganismů. Nové mikrofluidní technologie budou uplatněny při výzkumu nových postupů v proteinovém a metabolickém inženýrství, při hodnocení a řízení in vivo evoluce nebo v platformách pro vysoce výkonnou charakterizaci nových proteinů identifikovaných v genových databázích. Práce bude probíhat v Loschmidtových laboratořích (http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/), které mají v oblasti mikrofluidiky několikaleté zkušenosti a aktivní spolupráce s předními pracovišti orientovanými na mikrofluidní technologie na Universitě v Cambridge a polytechnice ETH v Curychu.
Předběžné zadání:
Cíl 1. Práce s literaturou - student bude vyhledávat a zpracovávat odbornou literaturu a připraví literární rešerši na vybrané téma z oblasti: (i) mikrofluidika a (ii) miniaturizace a automatizace bio-analytických metod.
Cíl 2. Praktický tréning - student projde školením praktických dovedností v oblasti mikrofluidiky: (i) počítačové návrhy mikrofluidních systémů, (ii) přímá fabrikace, měkká litografie a odlévání mikrofluidních čipů, (iii) spektrofotometrické a mikroskopické metody a (iv) základy mikro-manipulace s kapalinami.
Cíl 2. Výzkumná práce - student bude pracovat na vlastním projektu zahrnujícím: (i) design a konstrukci mikrofluidních čipů, (ii) miniaturizaci a optimalizaci vybraných bio-analytických metod a (iii) využití mikrofluidního systému ve výzkumných projektech Loschmidtových laboratoří.

Supervisor

prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D.

Supervisor

doc. Ivan Kushkevych, Ph.D.

Supervisor

doc. Ivan Kushkevych, Ph.D.

Volně žijící živočichové zaujímají klíčovou roli v cirkulaci a šíření emergentích zoonóz. Objevování nových patogenů z volné přírody zůstává v globálním měřítku stále velkou vědeckou výzvou přinášející nové zásadní poznatky. Doktorská práce si klade za cíl odhalování diverzity širokého spektra bakteriálních a virových agens se zoonotickým potenciálem (v obratlovčích rezervoárech a v hematofágních členovcích jako přenašečích) v rámci místních ekosystémů. Hlavní devízou práce je kombinace nejmodernějších molekulárních přístupů i tradičních kultivačních metod, umožňující masivní skríning a podrobnou genetickou charakterizaci nových agens. Dalším cílem je získání živých izolátů, které nám umožní studovat jejich biologické vlastnosti, patogenitu a přenos na obratlovce. Práce směřuje k vyhledávání emergentních a re-emergentních infekčních hrozeb z volné přírody, které jsou často určovány globalizací (environmentálními a socio-ekonomickými faktory).

Notes

téma rezervováno pro Bc. Romanu Kejíkovou

Supervisor

doc. RNDr. Ivo Rudolf, Ph.D.

Novým trendem v diagnostice patogenů v humánní i veterinární diagnostice je využití jednoho vzorku na souběžnou analýzu několika patogenů. Toto umožňuje tzv. xMAP technologie, mezi jejíž hlavní výhody je rychlá identifikace, možnost typizace a multiplikace. Toto vede k zefektivnění a zlevnění analýz vyšetřovaných vzorků. Cílem disertační práce bude vývoj a optimalizace systémů pro detekci, příp. typizaci patogenních agens bakteriálního nebo parazitárního původu pomocí xMAP technologie v biologických vzorcích, případně ve vzorcích potravin.
Školitel: Mgr. Iva Slaná, Ph.D., Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v.v.i., slana@vri.cz

Supervisor

Mgr. Iva Slaná, Ph.D.