Mikrobiologie

Doktorské studium v  prezenční nebo kombinované formě.

Program je možné studovat pouze jednooborově.

Termín podání přihlášky v závislosti na zvoleném přijímacím řízení (půlnoc 30. 11. 2022 nebo 15. 12. 2022)

Co se naučíte

Program má za cíl připravovat špičkové odborníky v oboru mikrobiologie prokaryotních i eukaryotních mikroorganizmů rozvíjeného v rámci Ústavu experimentální biologie PřF MU. Absolventi by měli být připraveni především na další vědecké kariéry v akademických institucích, ale také na možné uplatnění v laboratořích ve zdravotnictví a ve veterinární medicíně, dále v potravinářském, chemickém i farmaceutickém průmyslu i v biotechnologických firmách s vlastním výzkumným zázemím nebo jako odborní lektoři.

V případě pokračujících vědeckých kariér je u absolventů aktivně podporována dlouhodobá zahraniční zkušenost na pozicích postdoktorandů. Jednotlivé pracoviště programu Mikrobiologie pokrývají následující výzkumná témata, ve kterých jsou také školeni doktorandi:

  • Taxonomie a diverzita mikroorganizmů
  • Antibiotická rezistence prokaryot
  • Bezpečnost potravin a rychlá detekce patogenů
  • Emergentní virové nákazy
  • Polyfázová klasifikace prokaryot
  • Syntetická biologie
  • Metanogenní archaea

Spojovacím prvkem mezi tématy jsou sdílené technologie, společné pracovní semináře, odborné semináře a konference. Studenti jsou motivováni vysokou odbornou kvalitou výzkumu v kompetitivním, ale spolupráci otevřeném prostředí. Výkon jednotlivých studentů je oceňován jak finančně, tak také např. formou účasti na prestižních konferencích.

„Bez mikroorganizmů není života na Zemi.“

Praxe

Jedenkrát v průběhu studia má student povinnost realizovat zahraniční stáž nebo zahraniční pracovní pobyt v minimálním rozsahu jeden měsíc.

Chcete vědět víc?

https://www.sci.muni.cz/do/sci/web/vzd/studijni_plany/Mikrobiologie.pdf

Uplatnění absolventů

Absolventi doktorského studijního programu Mikrobiologie mohou získanou kvalifikaci uplatnit zejména ve výzkumných ústavech a resortních pracovištích, jako vysokoškolští učitelé apod. Míra získaných znalostí a zkušeností dává dostatečnou záruku pro značnou adaptabilitu absolventa v různých oblastech mikrobiologie. Jsou oprávněni realizovat samostatnou vědeckou a výzkumnou činnost v oblasti základního i aplikovaného výzkumu. V širším smyslu jsou připraveni provádět všechny činnosti spojené s mikrobiologickou vědeckou prací, tzn. zabývat se koncepčními otázkami, vědecko-organizační činností a také výukou.

Podmínky přijetí

Průběh přijímacího řízení
Uchazeč musí prokázat velmi dobré znalosti obecné mikrobiologie, molekulární biologie a biochemie vztahující se k tématu navržené disertační práce. Uchazeč předkládá stručný návrh projektu své disertační práce, ve kterém stanoví téma, pojmenuje možné problémy a navrhne metodické přístupy k řešení. Klíčovým předpokladem k doktorskému studiu je dobrá znalost anglického jazyka, které mu umožní nejen sledovat odbornou literaturu, ale i pohovořit o své odborné práci.
Přijímací řízení probíhá formou pohovoru, ve kterém komise ověřuje a boduje úroveň odborných znalostí a předpokladů uchazeče k samostatné vědecké práci (0-100 bodů) a znalostí anglického jazyka (0-90 bodů).

Termín přijímací zkoušky
Pozvánka k přijímací zkoušce je uchazeči zpřístupněna nejméně 10 dní před termínem konání zkoušky skrze e-přihlášku.

Podmínky přijetí
Pro přijetí musí uchazeč získat minimálně 85 bodů v odborné a minimálně 60 bodů v jazykové části zkoušky.
Úspěšný uchazeč je informován o přijetí v e-přihlášce a následně obdrží pozvánku k zápisu.

Kapacita programu
Kapacita daného programu není pevně stanovena, studenti jsou přijímáni na základě rozhodnutí oborové rady po posouzení jejich předpokladů ke studiu a motivace.

Termíny

2. 5. – 15. 12. 2022

Termín pro podání přihlášek

International applicants for doctoral study (Czech and Slovak Republics applicants not included)

1. 8. – 30. 11. 2022

Termín pro podání přihlášek

Přijímací řízení do doktorských programů - akad.rok 2022/2023 (zahájení: jaro 2023)

Výzkumná zaměření dizertačních prací

Jednooborové studium

Emergentní virové patogeny přenášené komáry
Školitel: doc. RNDr. Ivo Rudolf, Ph.D.

Virová onemocnění přenášená komáry (především viry West Nile, Zika, Usutu a Chikungunya) dnes v Evropě představují významnou zdravotní hrozbu pro lidi i zvířata. Cílem doktorské dizertační práce je provést monitoring komářích vektorů a nemocí přenášených komáry v kontextu globálních změn. Práce zahrnuje entomologickou surveillance medicínsky významných komárů včetně introdukce nebezpečných invazních druhů (především tzv. 'tygřího komára' Aedes albopictus) a epidemiologickou surveillance komáry přenášených nákaz (zejména západonilské horečky). Získaná data budou sloužit jako podklady pro management komáry přenášených onemocnění v České republice.

Poznámky

téma rezervováno pro Bc. Jakuba Vojtíška

Školitel

doc. RNDr. Ivo Rudolf, Ph.D.

Inženýrství biokatalytických struktur na buněčném povrchu bakterie Pseudomonas putida pro degradaci a zužitkování lignocelulózových polymerů
Školitel: Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.

Pseudomonas putida KT2440 je bezplasmidový derivát aerobní půdní saprofytické bakterie P. putida mt2. Díky řadě výhodných vlastností (např. bezpečnost, robustnost, nízké nároky na růstové medium, rychlý růst, dostupnost řady nástrojů genetického inženýrství) si kmen KT2440 získal velkou oblibu jako modelový organismus v základním výzkumu i v biotechnologiích. V posledních letech přitahuje velkou pozornost možnost využití tohoto organismu pro paralelní zužitkování různorodých substrátů z odpadní rostlinné biomasy (lignocelulózy) pro produkci komoditních chemikálií a farmaceuticky zajímavých látek. Kmen KT2440 má přirozenou schopnost degradovat a využívat pro růst jednu ze tří základních polymerních složek lignocelulózy – lignin. P. putida roste velmi dobře i na monomerní glukóze – základní stavební složce celulózy. Kmen KT2440 a jeho derivát EM42 s redukovaným genomem byly v posledních několika letech upraveny technikami genetického a metabolického inženýrství i pro růst na pentózových cukrech z hemicelulózy (xylóza, arabinóza) a na oligosacharidech. Navzdory přítomnosti řady genů pro celulázy v genomu P. putida ale tato bakterie není typickým celulolytickým organismem a nedokáže efektivně růst na (hemi)celulózových polymerech. Vystavení rekombinantních depolymerizujících enzymů na povrch buňky technikami genetického inženýrství a syntetické biologie může zvýšit efektivitu degradace polymerních substrátů a znásobit využitelnost P. putida v lignocelulózových i dalších biotechnologiích. Cílem této disertační práce je studium a vývoj systémů pro efektivní vynášení depolymerizačních enzymů na povrch Gram negativních bakteriálních buněk P. putida. Doktorand/doktorandka se dále zaměří i na studium a výběr celuláz, hemiceluláz a lignin modifikujících enzymů vhodných k řízené produkci a sekreci v P. putida. Disertační práce přispěje k základnímu poznání hostitelského organismu i v něm studovaných mechanismů a její výstupy budou mít i značný aplikační potenciál.

Poznámky

Téma je rezervováno.

Školitel

Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.

Mikrofluidika - laboratoř na čipu v mikrobiologickém výzkumu
Školitel: prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D.
Miniaturizace a automatizace jsou klíčové trendy moderních experimentálních metod v přírodních vědách a biomedicíně. Mikrofluidika je v této oblasti dominantní technologií, umožňuje manipulaci velmi malých objemů roztoků (nano-, pico- někdy i femto-litry) v mikroprostředí kanálků o rozměrech desítek mikrometrů, srovnatelnými se šířkou lidského vlasu. Tyto miniaturizované laboratorní systémy – laboratoře na čipu – umožňují provádět obrovské množství experimentů v krátkém čase, s minimálním nárokem na objem vzorku. Laboratoře na čipu jsou základem nejmodernějších technologií jako je „Next Generation“ sekvencování nebo „Single Molecule“ diagnostika. Podobně jako v elektronickém průmyslu přinesla miniaturizace a integrace elektroobvodů na křemíkový čip revoluci ve výpočetní technice, povede mikrofluidika a miniaturizace v oblasti laboratorních pokusů k průlomovým objevům v biologii, chemii a medicíně. Práce bude orientována na vývoj a optimalizaci mikrofluidních systémů pro rychlou a systematickou charakterizaci izolovaných biomolekul a mikroorganismů. Nové mikrofluidní technologie budou uplatněny při výzkumu nových postupů v proteinovém a metabolickém inženýrství, při hodnocení a řízení in vivo evoluce nebo v platformách pro vysoce výkonnou charakterizaci nových proteinů identifikovaných v genových databázích. Práce bude probíhat v Loschmidtových laboratořích (http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/), které mají v oblasti mikrofluidiky několikaleté zkušenosti a aktivní spolupráce s předními pracovišti orientovanými na mikrofluidní technologie na Universitě v Cambridge a polytechnice ETH v Curychu.
Předběžné zadání:
Cíl 1. Práce s literaturou - student bude vyhledávat a zpracovávat odbornou literaturu a připraví literární rešerši na vybrané téma z oblasti: (i) mikrofluidika a (ii) miniaturizace a automatizace bio-analytických metod.
Cíl 2. Praktický tréning - student projde školením praktických dovedností v oblasti mikrofluidiky: (i) počítačové návrhy mikrofluidních systémů, (ii) přímá fabrikace, měkká litografie a odlévání mikrofluidních čipů, (iii) spektrofotometrické a mikroskopické metody a (iv) základy mikro-manipulace s kapalinami.
Cíl 2. Výzkumná práce - student bude pracovat na vlastním projektu zahrnujícím: (i) design a konstrukci mikrofluidních čipů, (ii) miniaturizaci a optimalizaci vybraných bio-analytických metod a (iii) využití mikrofluidního systému ve výzkumných projektech Loschmidtových laboratoří.
Školitel

prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D.

Odhalování nových zoonotických patogenů z divočiny
Školitel: doc. RNDr. Ivo Rudolf, Ph.D.

Volně žijící živočichové zaujímají klíčovou roli v cirkulaci a šíření emergentích zoonóz. Objevování nových patogenů z volné přírody zůstává v globálním měřítku stále velkou vědeckou výzvou přinášející nové zásadní poznatky. Doktorská práce si klade za cíl odhalování diverzity širokého spektra bakteriálních a virových agens se zoonotickým potenciálem (v obratlovčích rezervoárech a v hematofágních členovcích jako přenašečích) v rámci místních ekosystémů. Hlavní devízou práce je kombinace nejmodernějších molekulárních přístupů i tradičních kultivačních metod, umožňující masivní skríning a podrobnou genetickou charakterizaci nových agens. Dalším cílem je získání živých izolátů, které nám umožní studovat jejich biologické vlastnosti, patogenitu a přenos na obratlovce. Práce směřuje k vyhledávání emergentních a re-emergentních infekčních hrozeb z volné přírody, které jsou často určovány globalizací (environmentálními a socio-ekonomickými faktory).

Poznámky

téma rezervováno pro Bc. Romanu Kejíkovou

Školitel

doc. RNDr. Ivo Rudolf, Ph.D.

Sledování vlivu abiotických faktorů na životaschopnost Corynebacterium pseudotuberculosis
Školitel: Mgr. Radka Dziedzinská
Corynebacterium pseudotuberculosis je původcem ekonomicky významného onemocnění ve stádech ovcí a koz označovaného jako kaseózní lymfadenitida nebo pseudotuberkulóza. Náplní dizertační práce bude zjistit schopnost baktérie Corynebacterium pseudotuberculosis přežívat vliv vybraných abiotických faktorů vnějšího prostředí. Těmito abiotickými faktory budou například teplota, UV, vyschnutí nebo vliv dezinfekčních přípravků. Viabilita izolátů bude hodnocena na základě relativního srovnání přeživších buněk po jejich ošetření daným faktorem s buňkami kontrolními (neošetřenými) v čase. Schopnost přežívání bude zjišťována jak kultivačními metodami, tak molekulárně biologickými přístupy.
Školitel: Mgr. Radka Dziedzinská, Ph.D., Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v.v.i. dziedzinska@vri.cz

Corynebacterium pseudotuberculosis is the causative agent of an economically significant disease in sheep and goat's herds known as caseous lymphadenitis or pseudotuberculosis. The study will focus on ability of Corynebacterium pseudotuberculosis to survive the influence of selected abiotic environmental factors. These factors will be, for example, temperature, UV, drying out or the effect of disinfectants. The viability will be assessed by relative comparing of the surviving cells after certain treatment with the control (untreated) cells. Survival capacity will be determined by both culture and molecular methods.
Supervisor: Mgr. Radka Dziedzinská, Ph.D., Veterinary Research Institute, Brno, dziedzinska@vri.cz
Školitel

Mgr. Radka Dziedzinská

Využití multiplexní technologie xMAP pro detekci patogenních agens.
Školitel: Mgr. Iva Slaná, Ph.D.
Novým trendem v diagnostice patogenů v humánní i veterinární diagnostice je využití jednoho vzorku na souběžnou analýzu několika patogenů. Toto umožňuje tzv. xMAP technologie, mezi jejíž hlavní výhody je rychlá identifikace, možnost typizace a multiplikace. Toto vede k zefektivnění a zlevnění analýz vyšetřovaných vzorků. Cílem disertační práce bude vývoj a optimalizace systémů pro detekci, příp. typizaci patogenních agens bakteriálního nebo parazitárního původu pomocí xMAP technologie v biologických vzorcích, případně ve vzorcích potravin.
Školitel: Mgr. Iva Slaná, Ph.D., Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v.v.i., slana@vri.cz
Školitel

Mgr. Iva Slaná, Ph.D.

Informace o studiu

Zajišťuje Přírodovědecká fakulta
Typ studia doktorský
Forma prezenční ano
kombinovaná ano
distanční ne
Možnosti studia jednooborově ano
jednooborově se specializací ne
v kombinaci s jiným programem ne
Doba studia 4 roky
Vyučovací jazyk čeština
Spolupracující instituce
  • Akademie věd ČR
  • Ústav biologie obratlovců AV ČR
Oborová rada a oborové komise

Váháte? Máte otázku? Pošlete nám e-mail na

Zajímá vás obsah a podmínky studia programu Mikrobiologie? Zeptejte se přímo konzultanta programu:

prof. RNDr. Ivo Sedláček, CSc.

Konzultant programu

e‑mail:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.