Microbiology
This doctoral study programme is organized by the Faculty of Science in English and the studies are subject to tuition. There is an alternative option for the international applicants to be accepted in the free programme administered in Czech with the possibility of receiving a scholarship. The study language of the programme is still English (Czech is the administrative language). Before officially applying, please contact us at admission@sci.muni.cz to find all the necessary information related to the scholarship and see our FAQ’s.
What will you learn?
This doctoral study programme is organized by the Faculty of Science in English and the studies are subject to tuition. There is an alternative option for the international applicants to be accepted in the free programme administered in Czech with the possibility of receiving a scholarship. The study language of the programme is still English (Czech is the administrative language). Before officially applying, please contact us at admission@sci.muni.cz to find all the necessary information related to the scholarship and see our FAQ’s (more here: https://www.sci.muni.cz/en/studies/doctoral-degree-study-programme/admission-process). The programme’s goal is to develop students into top specialists in microbiology of prokaryotic and eukaryotic cells developed within the Department of Experimental Biology at the Faculty of Science, MU. Graduates should be ready to take on further scientific careers in academic institutions, but also for possible employment in health care or veterinary facilities, in food, chemical or pharmaceutical industry and in biotechnology companies with their own research facilities, and as specialist lecturers. The program actively supports its graduates in pursuing their scientific careers even further by encouraging long-term stays in post-graduate positions abroad. The individual laboratories of the Microbiology programme cover the following research areas in which doctoral students are also trained: Taxonomy and diversity of microorganisms
- Antibiotic rezistance of prokaryotes
- Food-safety and fast proof of pathogens
- Emerging viral infections
- Polyphasic classification of prokaryotes
- Synthetic biology
- Methanogenic archaea
“Life on the Earth is not possible without microbes.”
Practical training
The student is responsible for at least one stay abroad in microbiology laboratory in minimal duration of one month during the study programme.
Further information
http://www.sci.muni.cz/cz/DoktorskeStudium/Prehled-programu-a-oboru/obor/Mikrobiologie
Career opportunities
Graduates of a doctoral degree program Microbiology are qualified to work especially in research institutes and departmental workplaces or as university lecturers. The level of obtained knowledges and experiences gives adequate guaranty for high adaptability of graduates in various fields of microbiology. They are authorized to conduct independent scientific and research activities in basic and applied research. In the most general sense, they are considered qualified for any kind of scientific work in microbiology, that is dealing with conceptual issues, participating in and managing scientific research activities, and teaching.
Admission requirements
Data from the previous admission procedure (1 Jan – 30 Apr 2022)
Student must show very good knowledge of general microbiology, molecular biology, and biochemistry related to the theme of the PhD thesis. Student submits a brief project proposal of PhD thesis in which specifies the topic, designates possible problems and proposes the experimental procedure. Good knowledge of the English language is essential, which will allow the student to not only read scientific literature, but also to talk and write about their scientific research.
The entrance examination is organized as an oral discussion when the committee evaluates and assigns points for the applicant’s expertise and abilities for scientific work (0-100 points) and skills in the English language (0-90 points).
More information about admission process for international applicants in general can be found here.
Date of the entrance exam
The applicants will receive information about the entrance exam by e-mail usually at least 10 days before the exam.
Please, always check your e-mails, including spam folders.
Conditions of admission
Minimum requirements for successful examination are 85 points for scientific part and 60 points for language part of the entrance examination.
Successful applicants are informed of their acceptance by e-mail and subsequently receive an invitation to the enrolment.
Programme capacity
The capacity of a given programme is not fixed; students are admitted based on a decision by the Doctoral Board after assessing their aptitude for study and motivation.
Study options
Single-subject studies
-
Full-time studies in English
What will you learn? -
Combined studies in English
What will you learn?
Dissertation topics
Single-subject studies
Emerging mosquito-borne viral pathogens
Supervisor: doc. RNDr. Ivo Rudolf, Ph.D.
Virová onemocnění přenášená komáry (především viry West Nile, Zika, Usutu a Chikungunya) dnes v Evropě představují významnou zdravotní hrozbu pro lidi i zvířata. Cílem doktorské dizertační práce je provést monitoring komářích vektorů a nemocí přenášených komáry v kontextu globálních změn. Práce zahrnuje entomologickou surveillance medicínsky významných komárů včetně introdukce nebezpečných invazních druhů (především tzv. 'tygřího komára' Aedes albopictus) a epidemiologickou surveillance komáry přenášených nákaz (zejména západonilské horečky). Získaná data budou sloužit jako podklady pro management komáry přenášených onemocnění v České republice.
Notes
téma rezervováno pro Bc. Jakuba Vojtíška
Supervisor
Engineering of biocatalytic structures on the cell surface of the bacterium Pseudomonas putida for degradation and utilization of lignocellulosic polymers
Supervisor: Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.
Pseudomonas putida KT2440 je bezplasmidový derivát aerobní půdní saprofytické bakterie P. putida mt2. Díky řadě výhodných vlastností (např. bezpečnost, robustnost, nízké nároky na růstové medium, rychlý růst, dostupnost řady nástrojů genetického inženýrství) si kmen KT2440 získal velkou oblibu jako modelový organismus v základním výzkumu i v biotechnologiích. V posledních letech přitahuje velkou pozornost možnost využití tohoto organismu pro paralelní zužitkování různorodých substrátů z odpadní rostlinné biomasy (lignocelulózy) pro produkci komoditních chemikálií a farmaceuticky zajímavých látek. Kmen KT2440 má přirozenou schopnost degradovat a využívat pro růst jednu ze tří základních polymerních složek lignocelulózy – lignin. P. putida roste velmi dobře i na monomerní glukóze – základní stavební složce celulózy. Kmen KT2440 a jeho derivát EM42 s redukovaným genomem byly v posledních několika letech upraveny technikami genetického a metabolického inženýrství i pro růst na pentózových cukrech z hemicelulózy (xylóza, arabinóza) a na oligosacharidech. Navzdory přítomnosti řady genů pro celulázy v genomu P. putida ale tato bakterie není typickým celulolytickým organismem a nedokáže efektivně růst na (hemi)celulózových polymerech. Vystavení rekombinantních depolymerizujících enzymů na povrch buňky technikami genetického inženýrství a syntetické biologie může zvýšit efektivitu degradace polymerních substrátů a znásobit využitelnost P. putida v lignocelulózových i dalších biotechnologiích. Cílem této disertační práce je studium a vývoj systémů pro efektivní vynášení depolymerizačních enzymů na povrch Gram negativních bakteriálních buněk P. putida. Doktorand/doktorandka se dále zaměří i na studium a výběr celuláz, hemiceluláz a lignin modifikujících enzymů vhodných k řízené produkci a sekreci v P. putida. Disertační práce přispěje k základnímu poznání hostitelského organismu i v něm studovaných mechanismů a její výstupy budou mít i značný aplikační potenciál.
Notes
Téma je rezervováno.
Supervisor
Impact of abiotic factors on the viability of Corynebacterium pseudotuberculosis
Supervisor: Mgr. Radka Dziedzinská
Školitel: Mgr. Radka Dziedzinská, Ph.D., Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v.v.i. dziedzinska@vri.cz
Corynebacterium pseudotuberculosis is the causative agent of an economically significant disease in sheep and goat's herds known as caseous lymphadenitis or pseudotuberculosis. The study will focus on ability of Corynebacterium pseudotuberculosis to survive the influence of selected abiotic environmental factors. These factors will be, for example, temperature, UV, drying out or the effect of disinfectants. The viability will be assessed by relative comparing of the surviving cells after certain treatment with the control (untreated) cells. Survival capacity will be determined by both culture and molecular methods.
Supervisor: Mgr. Radka Dziedzinská, Ph.D., Veterinary Research Institute, Brno, dziedzinska@vri.cz
Supervisor
Microfluidics - Lab on a chip in microbiology research
Supervisor: prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D.
Předběžné zadání:
Cíl 1. Práce s literaturou - student bude vyhledávat a zpracovávat odbornou literaturu a připraví literární rešerši na vybrané téma z oblasti: (i) mikrofluidika a (ii) miniaturizace a automatizace bio-analytických metod.
Cíl 2. Praktický tréning - student projde školením praktických dovedností v oblasti mikrofluidiky: (i) počítačové návrhy mikrofluidních systémů, (ii) přímá fabrikace, měkká litografie a odlévání mikrofluidních čipů, (iii) spektrofotometrické a mikroskopické metody a (iv) základy mikro-manipulace s kapalinami.
Cíl 2. Výzkumná práce - student bude pracovat na vlastním projektu zahrnujícím: (i) design a konstrukci mikrofluidních čipů, (ii) miniaturizaci a optimalizaci vybraných bio-analytických metod a (iii) využití mikrofluidního systému ve výzkumných projektech Loschmidtových laboratoří.
Supervisor
Uncovering new zoonotic pathogens from wildlife
Supervisor: doc. RNDr. Ivo Rudolf, Ph.D.
Volně žijící živočichové zaujímají klíčovou roli v cirkulaci a šíření emergentích zoonóz. Objevování nových patogenů z volné přírody zůstává v globálním měřítku stále velkou vědeckou výzvou přinášející nové zásadní poznatky. Doktorská práce si klade za cíl odhalování diverzity širokého spektra bakteriálních a virových agens se zoonotickým potenciálem (v obratlovčích rezervoárech a v hematofágních členovcích jako přenašečích) v rámci místních ekosystémů. Hlavní devízou práce je kombinace nejmodernějších molekulárních přístupů i tradičních kultivačních metod, umožňující masivní skríning a podrobnou genetickou charakterizaci nových agens. Dalším cílem je získání živých izolátů, které nám umožní studovat jejich biologické vlastnosti, patogenitu a přenos na obratlovce. Práce směřuje k vyhledávání emergentních a re-emergentních infekčních hrozeb z volné přírody, které jsou často určovány globalizací (environmentálními a socio-ekonomickými faktory).
Notes
téma rezervováno pro Bc. Romanu Kejíkovou
Supervisor
Using multiplex xMAP technology for detection of pathogenic agents.
Supervisor: Mgr. Iva Slaná, Ph.D.
Školitel: Mgr. Iva Slaná, Ph.D., Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v.v.i., slana@vri.cz
Supervisor
Study information
Provided by | Faculty of Science | |
---|---|---|
Type of studies | Doctoral | |
Mode | full-time | Yes |
combined | Yes | |
Study options | single-subject studies | Yes |
single-subject studies with specialization | No | |
major/minor studies | No | |
Standard length of studies | 4 years | |
Language of instruction | English | |
Collaborating institutions |
|
|
Doctoral board and doctoral committees | ||
Tuition fees
The studies are subject to tuition, fees are paid per academic year |
€3,000 Find out more |