prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

2016

• Molecular Dynamics Simulation Study of Parallel Telomeric DNA Quadruplexes at Different Ionic Strengths: Evaluation of Water and Ion Models

  REBIČ Matúš LAAKSONEN Aatto ŠPONER Jiří ULIČNÝ Jozef MOCCI Francesca

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2016, ročník: 120, vydání: 30, DOI

• Non-Enzymatic Oligomerization of 3 ', 5 ' Cyclic AMP

  COSTANZO Giovanna PINO Samanta TIMPERIO Anna Maria ŠPONEROVÁ Judit ŠPONER Jiří NOVAKOVA Olga ŠEDO Ondrej ZDRÁHAL Zbyněk DI MAURO Ernesto

  Článek v odborném periodiku

  Plos one, rok: 2016, ročník: 11, vydání: 11, DOI

• On the Use of Molecular Dynamics Simulations for Probing Allostery through DNA

  DRŠATA Tomáš ZGARBOVÁ Marie JUREČKA Petr ŠPONER Jiří LANKAŠ Filip

  Článek v odborném periodiku

  Biophysical Journal, rok: 2016, ročník: 110, vydání: 4, DOI

• Photorelaxation of imidazole and adenine via electron-driven proton transfer along H2O wires

  SZABLA Rafal GORA Robert W. JANICKI Mikolaj ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  FARADAY DISCUSSIONS, rok: 2016, ročník: 195, vydání: 2016, DOI

• Prebiotic synthesis of nucleic acids and their building blocks at the atomic level - merging models and mechanisms from advanced computations and experiments

  ŠPONEROVÁ Judit SZABLA Rafal Kazimierz GORA Robert W. SAITTA A. Marco PIETRUCCI Fabio SAIJA Franz DI MAURO Ernesto SALADINO Raffaele FERUS Martin CIVIŠ Svatopluk ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2016, ročník: 18, vydání: 30, DOI

• Synergy between NMR measurements and MD simulations of protein/RNA complexes: application to the RRMs, the most common RNA recognition motifs

  KREPL Miroslav CLERY Antoine BLATTER Markus ALLAIN Frederic H. T. ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2016, ročník: 44, vydání: 13, DOI

• TiO2-catalyzed synthesis of sugars from formaldehyde in extraterrestrial impacts on the early Earth

  CIVIŠ Svatopluk SZABLA Rafal Kazimierz SZYJA Bartłomiej M. SMYKOWSKI Daniel IVANEK Ondřej KNÍŽEK Antonín KUBELÍK Petr ŠPONER Jiří FERUS Martin ŠPONEROVÁ Judit

  Článek v odborném periodiku

  Scientific Reports, rok: 2016, ročník: 6, vydání: March, DOI

• Ultrafast excited-state dynamics of isocytosine

  SZABLA Rafal Kazimierz GORA Robert W. ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2016, ročník: 18, vydání: 30, DOI

2015

• A G-quadruplex-binding compound showing anti-tumour activity in an in vivo model for pancreatic cancer

  OHNMACHT Stephan A. MARCHETTI Chiara GUNARATNAM Mekala BESSER Rachael J. HAIDER Shozeb M. DI VITA Gloria LOWE Helen L. MELLINAS-GOMEZ Maria DIOCOU Seckou ROBSON Mathew ŠPONER Jiří ISLAM Barira PEDLEY R. Barbara HARTLEY John A. NEIDLE Stephen

  Článek v odborném periodiku

  Scientific Reports, rok: 2015, ročník: 5, vydání: june, DOI

• Can We Execute Stable Microsecond-Scale Atomistic Simulations of Protein-RNA Complexes?

  KREPL Miroslav HAVRILA Marek STADLBAUER Petr BANÁŠ Pavel OTYEPKA Michal PASULKA Josef ŠTEFL Richard ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2015, ročník: 11, vydání: 3, DOI