doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.

2025

• Caver Web 2.0: analysis of tunnels and ligand transport in dynamic ensembles of proteins

  MARQUES Sérgio Manuel BORKO Simeon VÁVRA Ondřej DVORSKÝ Jan KOHOUT Pavel KABOUREK Petr HEJTMÁNEK Lukáš DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Recenzovaný odborný článek

  Nucleic Acids Research, rok: 2025, ročník: 53, vydání: W1, DOI

• Decoding Protein Stabilization: Impact on Aggregation, Solubility, and Unfolding Mechanisms

  HAVLÁSEK Martin MARQUES Sérgio Manuel SZOTKOWSKÁ Veronika KUNKA Antonín BABKOVÁ Petra DAMBORSKÝ Jiří PROKOP Zbyněk BEDNÁŘ David

  Recenzovaný odborný článek

  Journal of Chemical Information and Modeling, rok: 2025, ročník: 65, vydání: 16, DOI

• Engineering Dehalogenase Enzymes Using Variational Autoencoder-Generated Latent Spaces and Microfluidics

  KOHOUT Pavel VAŠINA Michal MAJEROVÁ Marika NOVÁKOVÁ Veronika DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David MAREK Martin PROKOP Zbyněk MAZURENKO Stanislav

  Recenzovaný odborný článek

  JACS Au, rok: 2025, ročník: 5, vydání: 2, DOI

• Increased thermal stability of FGF10 leads to ectopic signaling during development

  CZYREK Aleksandra Anna BARAN Karolina HRUBÁ Eva HORACKOVA Aneta BOSÁKOVÁ Veronika CHUDZIAN Julia FAFÍLEK Bohumil LASKOVA Veronika STEPANKOVA Veronika BEDNÁŘ David KARL Kelly KASPAREK Petr BOSÁKOVÁ Michaela KILLINGER Michal SZOTKOWSKA Tereza PROCHAZKA Jan ZIEBA Jennifer T RICO LLANOS Gustavo FRIČ Jan HADZIC Stefan LOKU Edma WUJAK Magdalena SVOZILOVÁ Kateřina STROBLOVÁ Michaela SEDLACEK Radislav HRISTOVA Kalina KRAKOW Deborah KUBOVCIAK Jan DELATTRE Mathys BARTOSZEWSKI Rafal BUCHTOVÁ Marcela KROWARSCH Daniel CHALOUPKOVÁ Radka ZAKRZEWSKA Malgorzata KREJČÍ Pavel

  Recenzovaný odborný článek

  Cellular and molecular life sciences, rok: 2025, ročník: 82, vydání: 1, DOI

• POLIPEPTÍDEO TERMOESTÁVEL E MEIO DE CULTURA

  DVOŘÁK Petr KREJČÍ Pavel BÁLEK Lukáš EISELLEOVÁ Lívia KONEČNÁ Žaneta DVOŘÁK Pavel BEDNÁŘ David BREZOVSKÝ Jan ŠEBESTOVÁ Eva CHALOUPKOVÁ Radka ŠTĚPÁNKOVÁ Veronika VAŇÁČEK Pavel PROKOP Zbyněk DAMBORSKÝ Jiří BOSÁKOVÁ Michaela

  Patent

  Vydavatel: Instituto Nacional da Propriedade Industrial, stát vydání: Brazílie, číslo patentu: BR 112018010676-3, rok: 2025

• Quantum computing for faster enzyme discovery and engineering

  DAMBORSKÝ Jiří KOUBA Petr SIVIC Josef VAŠINA Michal BEDNÁŘ David MAZURENKO Stanislav

  Recenzovaný odborný článek

  Nature Catalysis, rok: 2025, ročník: 8, vydání: 9, DOI

• Refining the AOP for retinoid-induced teratogenicity: Insights into RAR/ RXR overactivation and RXR cross-talk with retinoic acid and thyroid hormone signaling

  PHAN Audrey Xuan Anh PESCE Elise BAUMANN Lisa POLAKOVIČOVÁ Petra BEDNÁŘ David SMUTNÁ Marie NOVÁK Jiří HILSCHEROVÁ Klára

  Recenzovaný odborný článek

  Aquatic toxicology, rok: 2025, ročník: 289, vydání: December 2025, DOI

• Visual Support for the Loop Grafting Workflow on Proteins

  OPÁLENÝ Filip ULBRICH Pavol PLANAS IGLESIAS Joan BYŠKA Jan ŠTOURAČ Jan BEDNÁŘ David FURMANOVÁ Katarína KOZLÍKOVÁ Barbora

  Recenzovaný odborný článek

  IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, rok: 2025, ročník: 31, vydání: 1, DOI

2024

• A computational workflow for analysis of missense mutations in precision oncology

  KHAN Rayyan Tariq POKORNÁ Petra DVORSKÝ Jan BORKO Simeon AREFIEV Ihor PLANAS IGLESIAS Joan DOBIÁŠ Adam RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar SZOTKOWSKÁ Veronika ŠTĚRBA Jaroslav SLABÝ Ondřej DAMBORSKÝ Jiří MAZURENKO Stanislav BEDNÁŘ David

  Recenzovaný odborný článek

  JOURNAL OF CHEMINFORMATICS, rok: 2024, ročník: 16, vydání: 1, DOI

• AggreProt: a web server for predicting and engineering aggregation prone regions in proteins

  PLANAS IGLESIAS Joan BORKO Simeon SWIATKOWSKI Jan ELIAS Matej HAVLÁSEK Martin SALAMON Ondrej GRAKOVA Ekaterina KUNKA Antonín MARTINOVIC Tomas DAMBORSKÝ Jiří MARTINOVIC Jan BEDNÁŘ David

  Recenzovaný odborný článek

  Nucleic Acids Research, rok: 2024, ročník: 52, vydání: W1, DOI