doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.

2024

• FireProt 2.0: web-based platform for the fully automated design of thermostable proteins

  MUSIL Miloš JEZIK Andrej HORÁČKOVÁ Jana BORKO Simeon KABOUREK Petr DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Briefings in Bioinformatics, rok: 2024, ročník: 25, vydání: 1, DOI

• Fotoaktivovatelný substrát na bázi azobenzenu pro halogenalkandehalogenázy

  SLÁNSKÁ Michaela ŠTACKOVÁ Lenka MARQUES Sérgio Manuel ŠTACKO P. MARTÍNEK Marek JÍLEK Luboš TOUL Martin DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David KLÁN Petr PROKOP Zbyněk

  Technicky realizované výsledky (prototyp, funkční vzorek)

  Rok: 2024

• ChannelsDB 2.0: a comprehensive database of protein tunnels and pores in AlphaFold era

  ŠPAČKOVÁ Anna VÁVRA Ondřej RAČEK Tomáš BAZGIER Václav SEHNAL David DAMBORSKÝ Jiří SVOBODOVÁ Radka BEDNÁŘ David BERKA Karel

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2024, ročník: 52, vydání: D1, DOI

• IDENTIFICATION OF NOVEL CYTOKININS BY MOLECULAR DOCKING

  PUSHKAROVA Nadiia HENNELOVA Jana MARQUES Sérgio Manuel BEDNÁŘ David PARUCH Kamil AKAVARAM Naresh SPICHAL L. DAMBORSKÝ Jiří YEMETS A. HEJÁTKO Jan

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2024, druh: Konferenční abstrakty

• InVADo: Interactive Visual Analysis of Molecular Docking Data

  SCHÄFER Marco BRICH Nicolas BYŠKA Jan MARQUES Sérgio Manuel BEDNÁŘ David THIEL Philipp KOZLÍKOVÁ Barbora KRONE Michael

  Článek v odborném periodiku

  IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, rok: 2024, ročník: 30, vydání: 4, DOI

• Klasifikátor vazebných kapes v proteinech založený na strojovém učení

  HADDADI Faraneh VÁVRA Ondřej BEDNÁŘ David MAZURENKO Stanislav DAMBORSKÝ Jiří

  Software

  Rok: 2024

• Large-scale annotation of biochemically relevant pockets and tunnels in cognate enzyme-ligand complexes

  VÁVRA Ondřej TYZACK J. HADDADI Faraneh DVORSKÝ Jan DAMBORSKÝ Jiří MAZURENKO Stanislav THORNTON J.M. BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2024, ročník: 16, vydání: 1, DOI

• PredictONCO: a web tool supporting decision-making in precision oncology by extending the bioinformatics predictions with advanced computing and machine learning

  ŠTOURAČ Jan BORKO Simeon KHAN Rayyan Tariq POKORNÁ Petra DOBIÁŠ Adam PLANAS IGLESIAS Joan MAZURENKO Stanislav RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar SZOTKOWSKÁ Veronika ŠTĚRBA Jaroslav SLABÝ Ondřej DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Briefings in Bioinformatics, rok: 2024, ročník: 25, vydání: 1, DOI

• Stabilní lidský fibroblastový růstový faktor 4 (FGF4-STAB)

  VILÍM Jan GHAZALOVÁ Tereza KAILOVA K. KUTÁLKOVÁ K. BEDNÁŘ David

  Technicky realizované výsledky (prototyp, funkční vzorek)

  Rok: 2024

• Stabilní lidský fibroblastový růstový faktor 8 (FGF8-STAB)

  VILÍM Jan GHAZALOVÁ Tereza HORÁKOVÁ Denisa KUTÁLKOVÁ Kateřina BEDNÁŘ David

  Technicky realizované výsledky (prototyp, funkční vzorek)

  Rok: 2024