Biochemie

Život jako chemické reakce

Podat přihlášku

Přijímací řízení do doktorských programů - akad.rok 2021/2022 (zahájení: podzim 2021)
Termín podání přihlášky do půlnoci 30. 4. 2021

Co se naučíte

Cílem studia je připravit vysoce kvalifikované specialisty pro další práci v oblasti biochemie. Student získá potřebné teoretické znalosti a dovednosti k realizaci vlastního výzkumného projektu ve výzkumné skupině pod vedením školitele. Moderní přístrojové vybavení a zkušení pracovníci na Ústavu biochemie vytvářejí jedinečné možnosti pro zapojení studentů do četných výzkumných aktivit týkajících se metabolických a regulačních procesů v bakteriích, houbách a vyšších rostlinách, jakož i různých biochemických aspektů lidské patogeneze. Výzkum pokrývá široké spektrum biologických úrovní od celých organismů po tkáně, buňky a jednotlivé proteiny. Paletu možností rozšiřují dlouhodobé spolupráce s několika výzkumnými institucemi doma i v zahraničí. Biochemie se vyznačuje otevřeným a interdisciplinárním charakterem, přičemž klasické biochemické přístupy jsou často kombinovány s metodikou z jiných oborů, jako je mikrobiologie, molekulární biologie, informatika a biofyzika. To zlepšuje adaptabilitu absolventů a jejich schopnost aplikovat nabyté dovednosti v praxi.

Uplatnění absolventů

Absolventi doktorského studijního programu mohou pokračovat ve své akademické kariéře na univerzitách a výzkumných institucích v České republice i v zahraničí. Budou mít kvalifikaci na týmovou i vedoucí pozici ve vědeckém výzkumu a vývoji v soukromých firmách a biochemických laboratořích v široké škále institucí specializovaných na humánní nebo veterinární medicínu, farmacie, zemědělství a biotechnologii. Odborná specializace absolventů je také kompatibilní s působením v oblasti ochrany životního prostředí a v ekologických hnutích a iniciativách.

Podmínky přijetí

K doktorskému studiu biochemie jsou přijímáni absolventi magisterského vysokoškolského studia stejného nebo příbuzného oboru. Předchozí praxe není podmínkou přijetí. Uchazeč by měl na základě diplomové práce případně vlastních publikací prokázat předpoklady tvořivé práce v oboru. Kromě toho by měl mít aktivní znalosti z biochemie obecné (struktura s metabolismus sacharidů, lipidů, bílkovin a nukleových kyselin) a rovněž preparativní a analytické (postupy izolace bílkovin, enzymů, nukleových kyselin a nízkomolekulárních látek, základní principy a aplikace metod optických, chromatografických, elektromigračních, elektrochemických a imunochemických). Požaduje se schopnost komunikace v anglickém jazyce na úrovni překladu populárně naučného článku z angličtiny do češtiny, napsání krátkého anglického souhrnu a obecné diskuse na témata související zejména s vlastním životopisem, vysokými školami a výzkumnou činností. Součástí přijímacího řízení je navržení školitele (ze seznamu odborníků předem schválených vědeckou radou PřF a jmenovaných děkanem) a rámcového studijního plánu. Výběr kandidátů je prováděn komisí jmenovanou děkanem fakulty.

Kritéria hodnocení

Kandidáti jsou bodově hodnoceni podle svých znalostí biochemie (maximum 100 bodů) a anglického jazyka (maximum 100 bodů). Do seznamu navržených k přijetí jsou zařazeni ti, kteří získali alespoň 50 bodů v každé kategorii.


Termíny

1. 1. – 30. 4. 2021

Termín pro podání přihlášek

Podat přihlášku

Školitelé a výzkumná zaměření dizertačních prací

Školitelé

Součástí přihlášky je jméno předpokládaného školitele. Školitele si vyhledejte podle profilového zaměření ze seznamu školitelů a konzultujte s ním jeho potenciální školitelství a návrh projektu.

Výzkumná zaměření dizertačních prací

Jednooborové studium

Biokompatibilní nanomateriály pro cílení léčiv, konstrukci vakcín a teranostik

Školitel: doc. RNDr. Jaroslav Turánek, DSc.

OBJECTIVES: The research aims the field of nanomedicine, especially to immunopharmacotherapy of cancer, infection diseases (vaccines) and diagnostics. Outcomes (publications and eventually patent applications) will contribute to development of modern immunotherapeutics like vaccines and adjuvants, targeted anticancer/antiviral drugs and theranostics for in vivo imaging and monitoring the progress of treatment.

FOCUS: Doctoral research projects focus on preparation and complex characterisation of biocompatible functionalised nanoparticles applicable for development of modern therapeutics and theranostics. Student will benefit from world class infrastructure at VRI, including laboratory of physical-chemical methods (microfluidic system, MALS, MADLS, NTA, TRPS, UV VIS/CD/FL/FT-IR spectroscopy, Field Flow Fractionation, thermal methods like DSC and ITC, laboratory of microscopic methods (AFM, TEM, SEM and confocal microscopy), laboratory of tissue culture and biotechnology (FPLC/HPLC, various unique bioreactors for production of recombinant proteins, ultracentrifugation, QRT-PCR, multifunctional multiplate reader, flow cytometry and cell sorter), laboratory of surgery and in vivo imaging (microcomputer tomography microCT and optical whole body scanner) and animal house for experiments on small and large animals, laboratory of histology.

EXAMPLES of potential doctoral projects:

  • Preparation and formulation of mRNA in liposomes and evaluation of transfection potential in vitro and in vivo, study of immune response in vivo on mice model
  • Expression, purification and characterisation of recombinant proteins/antigens (e.g. HIV-1, influenza, Borrelia), construction of experimental vaccines and study of immune response in vivo
  • Preparation of nanoparticle based contrast agents (e.g. gold nanoparticles) for in vivo imaging via microCT and MRI: tumour and thrombi as targets
  • New antiviral drugs and their formulation, modification for targeting of macrophages, testing in tissue culture and in vivo models
  • New molecular adjuvants and immunomodulators: formulation in nanoliposomes, testing in models in vitro and in vivo
  • Nano and microstructures for non-invasive vaccination: preparation, characterisation and testing in in vivo models with model antigens, evaluation of immune response (mice, pig)
  • Physiologically active compounds from venom, characterisation, purification, preparation of antisera

MORE INFORMATION: www.vri.cz/en//

PLEASE NOTE: before initiating the formal application process to doctoral studies, all interested candidates are required to contact Ass. Prof. RNDr. Jaroslav Turánek, Res. Prof. (turanek@vri.cz) for informal interview.

Cévní modely pro studium fyziologie a patologie kardiovaskulárního systému

Školitel: Mgr. Jan Víteček, Ph.D.

BACKGROUND: Cardiovascular diseases currently contribute the biggest burden of the mortality worldwide. The molecular mechanisms behind are frequently underexplored.
Current pre-clinical research of cardiovascular diseases utilizes animal models predominantly. However, they provide low throughput and may fail to recapitulate certain aspects of human pathophysiology. That is why an in vitro model can be a suitable alternative especially if combined with biological material of human origin. OBJECTIVES: Provide insights into selected aspects of a cardiovascular disease using a specifically tailored vasculature model.
FOCUS: The group of Jan Víteček is focused on thrombolysis in connection with ischemic stroke treatment and the role of blood flow in vascular pathophysiology.
EXAMPLES of potential student doctoral projects:
Mechanisms of thrombolysis and recanalization; Biochemical mechanisms of clot thrombolytic resistance; Role of blood flow in development of aneurysms and stenoses; Electrical phenomena in vasculature homeostasis.
METHODS: Vascular model construction, cell cultures, mechanobiological characterisation of blood clots, fluorescence confocal and electron microscopy, basic approaches of biochemistry and molecular biology.
MORE INFORMATION:
https://www.ibp.cz/en/research/departments/biophysics-of-immune-systems/research-profile/group-of-vitecek-jan
https://www.strokebrno.com/members/institute-of-biophysics/
PLEASE NOTE: Before initiating the formal application process to doctoral studies, the candidate is required to contact Jan Víteček for an informal discussion.
Klasifikace renálního karcinomu ve vztahu k prognóze a terapeutické odpovědi na základě proteotypů

Školitel: doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.

OBJECTIVE: Renal cell carcinoma (RCC) represents a serious oncological disease with the highest incidence in the Czech Republic. The reliable molecular markers related to the critical clinical scenarios are still missing.

FOCUS: We will use a novel mass spectrometry technique in data independent acquisition mode to acquire digital fingerprints or a well-characterized set of RCC tumors collected accross the Czech Republic. We will aim to identify protein markers or patterns relevant for the clinical scenarios in question, characterize these markers functionally, modulate them therapeutically, and validate.

EXAMPLE of potential doctoral project - the student will focus on:
*Protein biomarkers and patterns identifying patients with localized RCC with a high risk of relapse
*Protein biomarkers and patterns identifying patients with metastatic RCC with a high risk of poor response to available therapy
*Functional characterization of identified proteins using CRISPR/Cas9 technique followed by analysis of cell migration, invasiveness and sensitivity to potential inhibitors.
*Development of a targeted mass spectrometry method for a routine quantification of the novel marker proteins.
We expect that the identified potential biomarkers, therapy targets or molecular patterns will contribute to a more efficient treatment of RCC patients. Supported by Ministry of Health of the Czech Republic, project NV19-08-00250.

MORE INFORMATION: http://www1.sci.muni.cz/en/UBCH/Proteomika

PLEASE NOTE: Before initiating the formal application process to doctoral studies, the candidate is required to contact Doc. Pavel Bouchal for informal discussion.
Molekulární mechanismy patogeneze Alzheimerovy choroby

Školitel: prof. RNDr. Omar Šerý, Ph.D.

Alzheimerova choroba vzniká jako důsledek více faktorů, mezi které patří faktory životního stylu, ale také genetické faktory. Mírná kognitivní porucha (MKP) je heterogenní klinická jednotka, u které se rozeznávají dvě formy, a to amnestická forma mírné kognitivní poruchy, kdy dochází k objektivní poruše paměti a neamnestická forma mírné kognitivní poruchy. Amnestická forma MKP je charakterizována poruchou paměti, případně postižením dalších kognitivních funkcí, které však nedosahují úrovně demence. Udává se, že tato forma přechází do Alzheimerovy choroby ve 12-18% za rok.
V rámci disertační práce budou sledováni a vyšetřováni pacienti s Alzheimerovou chorobou a s amnestickou formou MKP s cílem zjistit, zda některé genetické markery, které souvisejí s Alzheimerovou chorobou, nejsou přítomny u MKP, což by mohlo v budoucnu přispět k časnému záchytu rizikových osob. Doktorand bude v rámci své práce izolovat DNA ze vzorků pacientů. Pro genotypizace minimálně 400 probandů bude použita metoda NGS sekvenování a kapilárního sekvenování. Jedním z cílů disertační práce bude také porovnávání vlastností buněčných kultur získaných z fibroblastů pacientů s Alzheimerovou chorobou. Zkoumány budou např. rozdíly transkriptomu. Výsledná data budou statisticky analyzována a budou začleněna do stávajícího modelu patogeneze Alzheimerovy choroby.

Ovlivnění rezistence nádorových buněk k chemoterapii s cílem obnovit jejich citlivost k novým, existujícím a neúspěšným metalofarmakům

Školitel: prof. RNDr. Jana Kašpárková, Ph.D.

OBJECTIVES: With the intention to better understand the effects, which may play an important role in the biological (pharmacological) action of new combinations of anticancer metallodrugs and agents capable of targeting mechanisms connected with resistance of tumor cells to metallodrugs, new, “dual or multi-action” combinations of chemotherapeutics having the genes that confer resistance to anticancer drugs (cancer resistome) as one of the targets of their action will be introduced and tested. New combinations of metallodrugs and molecules targeting cancer resistomes capable of dual targeting of resistance mechanisms and at the same time DNA will be developed; detailed studies of cytotoxicity, selective targeting into tumor cells, inactivation by coordination to sulfur-containing proteins, DNA binding, cell accumulation, efficiency to affect DNA repair, tolerance of the resulting DNA damage, cellular responses and signaling pathways of new combinations will be performed. To achieve these goals, modern methods of biochemistry, molecular biophysics, oncology, and cell pharmacology will be used.

FOCUS: The aim of this research is to address the need for new combinations of chemotherapeutics capable of targeting mechanisms connected with the resistance of tumor cells to anticancer drugs. The identification of such combinations will improve the efficiency of drugs to kill tumor cells. These studies will be performed using modern biochemical methods and methods of molecular and cellular biophysics available at the Department of Molecular Biophysics and Pharmacology of the Institute of Biophysics, Czech Academy of Sciences in Brno.

EXAMPLES of potential student doctoral projects:

  • Targeting resistance to chemotherapy of tumor cells to reinstate their susceptibility to novel, existing and unsuccessful anticancer metallodrugs
  • Nanocarriers co-encapsulating two or multiple therapeutic agents
  • Synergistic effects of polypharmacology involving metallodrugs in combination with other drugs capable of targeting cancer resistome

MORE INFORMATION: https://www.ibp.cz/en/research/departments/molecular-biophysics-and-pharmacology/info-about-the-department

Informace o studiu

Zajišťuje Přírodovědecká fakulta
Typ studia doktorský
Forma prezenční ano
kombinovaná ano
Možnosti studia jednooborově ano
jednooborově se specializací ne
v kombinaci s jiným programem ne
Doba studia 4 roky
Vyučovací jazyk čeština
Spolupracující instituce
  • Akademie věd ČR
  • Biofyzikální ústav AV ČR
Oborová rada a oborové komise

Váháte?
Máte otázku?

Nechte si poradit v diskusním fóru Masarykovy univerzity

Diskusní fórum MUNI


Nebo nám pošlete e-mail

Potřebujete zjistit něco o přijímacím řízení, TSP, termínech nebo máte jinou obecnou otázku?

Napište nám na prihlaska@muni.cz.

Zajímá vás obsah a podmínky studia programu Biochemie? Zeptejte se na program-24035@mail.muni.cz

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.