Termín pro podání přihlášek
Přijímací řízení do doktorských programů - akad.rok 2023/2024 (zahájení: podzim 2023)
Doktorské studium v prezenční nebo kombinované formě.
Program je možné studovat pouze jednooborově.
Termín podání přihlášky v závislosti na zvoleném přijímacím řízení (půlnoc 30. 4. 2023 nebo 15. 12. 2023)
Cílem studia je připravit vysoce kvalifikované specialisty pro další práci v oblasti biochemie. Student získá potřebné teoretické znalosti a dovednosti k realizaci vlastního výzkumného projektu ve výzkumné skupině pod vedením školitele. Moderní přístrojové vybavení a zkušení pracovníci na Ústavu biochemie vytvářejí jedinečné možnosti pro zapojení studentů do četných výzkumných aktivit týkajících se metabolických a regulačních procesů v bakteriích, houbách a vyšších rostlinách, jakož i různých biochemických aspektů lidské patogeneze. Výzkum pokrývá široké spektrum biologických úrovní od celých organismů po tkáně, buňky a jednotlivé proteiny. Paletu možností rozšiřují dlouhodobé spolupráce s několika výzkumnými institucemi doma i v zahraničí. Biochemie se vyznačuje otevřeným a interdisciplinárním charakterem, přičemž klasické biochemické přístupy jsou často kombinovány s metodikou z jiných oborů, jako je mikrobiologie, molekulární biologie, informatika a biofyzika. To zlepšuje adaptabilitu absolventů a jejich schopnost aplikovat nabyté dovednosti v praxi.
„Život jako chemické reakce“
Absolventi doktorského studijního programu mohou pokračovat ve své akademické kariéře na univerzitách a výzkumných institucích v České republice i v zahraničí. Budou mít kvalifikaci na týmovou i vedoucí pozici ve vědeckém výzkumu a vývoji v soukromých firmách a biochemických laboratořích v široké škále institucí specializovaných na humánní nebo veterinární medicínu, farmacie, zemědělství a biotechnologii. Odborná specializace absolventů je také kompatibilní s působením v oblasti ochrany životního prostředí a v ekologických hnutích a iniciativách.
Termín přijímací zkoušky
Pozvánka k přijímací zkoušce je uchazeči zpřístupněna nejméně 10 dní před termínem konání zkoušky skrze e-přihlášku.
Podmínky přijetí
Kandidáti jsou bodově hodnoceni podle svých znalostí biochemie (maximum 100 bodů) a anglického jazyka (maximum 100 bodů). Do seznamu navržených k přijetí jsou zařazeni ti, kteří získali alespoň 50 bodů v každé kategorii.
Úspěšný uchazeč je informován o přijetí v e-přihlášce a následně obdrží pozvánku k zápisu.
Kapacita programu
Kapacita daného programu není pevně stanovena, studenti jsou přijímáni na základě rozhodnutí oborové rady po posouzení jejich předpokladů ke studiu a motivace.
Přijímací řízení do doktorských programů - akad.rok 2023/2024 (zahájení: podzim 2023)
International applicants for doctoral study (Czech and Slovak Republics applicants NOT included)
OBJECTIVES: The research aims the field of nanomedicine, especially to immunopharmacotherapy of cancer, infection diseases (vaccines) and diagnostics. Outcomes (publications and eventually patent applications) will contribute to development of modern immunotherapeutics like vaccines and adjuvants, targeted anticancer/antiviral drugs and theranostics for in vivo imaging and monitoring the progress of treatment.
FOCUS: Doctoral research projects focus on preparation and complex characterisation of biocompatible functionalised nanoparticles applicable for development of modern therapeutics and theranostics. Student will benefit from world class infrastructure at VRI, including laboratory of physical-chemical methods (microfluidic system, MALS, MADLS, NTA, TRPS, UV VIS/CD/FL/FT-IR spectroscopy, Field Flow Fractionation, thermal methods like DSC and ITC, laboratory of microscopic methods (AFM, TEM, SEM and confocal microscopy), laboratory of tissue culture and biotechnology (FPLC/HPLC, various unique bioreactors for production of recombinant proteins, ultracentrifugation, QRT-PCR, multifunctional multiplate reader, flow cytometry and cell sorter), laboratory of surgery and in vivo imaging (microcomputer tomography microCT and optical whole body scanner) and animal house for experiments on small and large animals, laboratory of histology.
EXAMPLES of potential doctoral projects:
MORE INFORMATION: www.vri.cz/en//
PLEASE NOTE: before initiating the formal application process to doctoral studies, all interested candidates are required to contact Ass. Prof. RNDr. Jaroslav Turánek, Res. Prof. (turanek@vri.cz) for informal interview.
BACKGROUND: Extremely acidophilic and chemolithotrophic microorganisms are well known for their ability to dissolve metals directly via redoxolysis or indirectly via acidolysis and complexolysis. The microbial oxidation of ferrous iron and elemental sulfur generates ferric iron and sulfuric acid, facilitating the dissolution of oxide or sulfide minerals and releasing the incorporated metals. FOCUS: Our research group aims to study the metabolism of extreme acidophiles and their role in recovering valuable metals from natural and waste minerals. EXAMPLES of potential student doctoral projects: Study of metabolic pathways related to the production of important metabolites in extreme acidophiles using a multi-omics approach; characterize proteins essential for their metabolism and adapt to extreme environments using heterologous protein expression. METHODS: Microbial cultivation up to the level of bioreactors; biochemical methods: isolation, separation, purification, and identification of biomolecules (ultrafiltration, ultracentrifugation, gel electrophoresis, FPLC, HPLC); enzyme kinetics (UV/VIS spectrophotometry, ITC, MST); molecular biology and genetic engineering methods: PCR, qPCR, RT-qPCR, immunodetection, sequencing, cloning, transformation, mutagenesis, protein-protein interactions (SPR); omics methods: genomics and transcriptomics (NGS), proteomics and metabolomics (UHPLC-MS/MS); biotechnological methods: heterologous protein expression, bioleaching. MORE INFORMATION: https://www.orion.sci.muni.cz/cs/veda-a-vyzkum/vyzkumna-skupina-environmentalni-biotechnologie.html
Školitelem této práce bude dr. Kučera po schválení Vědeckou radou PřF MU.
BACKGROUND: Modern methods of crop protection aim to reduce the pesticide application and their presence in food and environment. Precise monitoring of the pathogen pressure and, if possible, the crop resistance is necessary to prevent superfluous pesticide application.
FOCUS: The group is focused on finding metabolic markers of crop defensive power. We will monitor the pathogen presence and crop disease symptoms in the field as well as the levels of potential metabolic markers of defence in the crop plants during the season.
EXAMPLES of potential student doctoral projects: Monitoring of defence-hormones levels; Expression analysis of defence-related genes; Targeted and untargeted metabolomics of healthy and diseased plants; Quantification of specialized metabolites.
METHODS: PCR, LC/MS, basic biochemical methods
MORE INFORMATION: https://www.orion.sci.muni.cz/cs/veda-a-vyzkum/vyzkumna-skupina-sekundarni-metabolity.html
PLEASE NOTE: Before initiating the formal application process to doctoral studies, the candidate is required to contact Katerina Dadakova for an informal discussion.
Školitelkou této práce bude paní dr. Dadáková po schválení Vědeckou radou PřF MU.
Alzheimerova choroba vzniká jako důsledek více faktorů, mezi které patří faktory životního stylu, ale také genetické faktory. Mírná kognitivní porucha (MKP) je heterogenní klinická jednotka, u které se rozeznávají dvě formy, a to amnestická forma mírné kognitivní poruchy, kdy dochází k objektivní poruše paměti a neamnestická forma mírné kognitivní poruchy. Amnestická forma MKP je charakterizována poruchou paměti, případně postižením dalších kognitivních funkcí, které však nedosahují úrovně demence. Udává se, že tato forma přechází do Alzheimerovy choroby ve 12-18% za rok.
V rámci disertační práce budou sledováni a vyšetřováni pacienti s Alzheimerovou chorobou a s amnestickou formou MKP s cílem zjistit, zda některé genetické markery, které souvisejí s Alzheimerovou chorobou, nejsou přítomny u MKP, což by mohlo v budoucnu přispět k časnému záchytu rizikových osob. Doktorand bude v rámci své práce izolovat DNA ze vzorků pacientů. Pro genotypizace minimálně 400 probandů bude použita metoda NGS sekvenování a kapilárního sekvenování. Jedním z cílů disertační práce bude také porovnávání vlastností buněčných kultur získaných z fibroblastů pacientů s Alzheimerovou chorobou. Zkoumány budou např. rozdíly transkriptomu. Výsledná data budou statisticky analyzována a budou začleněna do stávajícího modelu patogeneze Alzheimerovy choroby.
DNA sequencing is a key technology for the life sciences and clinical diagnosis, which enables early individual risk assessment of various diseases (such as cancer) that have a genetic component. Although a few DNA sequencing methods exist, detecting the activity of a single DNA polymerase molecule by fluorescence microscopy is scientifically and technically challenging because only a very weak signal is generated when one of the four fluorescently labelled deoxyribonucleotides is incorporated. We aim to develop a new nanoparticle-based multicolor resonant energy transfer (FRET) system in combination with single DNA polymerase molecules (DNA nanoreaders) to read out DNA sequences continuously, accurately, and in parallel. This interdisciplinary project will involve the development of new instruments, new anti- Stokes luminescent nanomaterials for multicolor FRET that can be detected without autofluorescence and their biofunctionalization to overcome the fundamental limitations of state- of-the-art DNA sequencing techniques.
The Czech grant agency (GAČR) provides attractive funding for our PhD candidates and research equipment within this binational (Czech-Polish) project: https://gacr.cz/dalsich-sest-cesko-polskych-projektu-se-zacne-resit-pristi-mesic/
OBJECTIVES: With the intention to better understand the effects, which may play an important role in the biological (pharmacological) action of new combinations of anticancer metallodrugs and agents capable of targeting mechanisms connected with resistance of tumor cells to metallodrugs, new, “dual or multi-action” combinations of chemotherapeutics having the genes that confer resistance to anticancer drugs (cancer resistome) as one of the targets of their action will be introduced and tested. New combinations of metallodrugs and molecules targeting cancer resistomes capable of dual targeting of resistance mechanisms and at the same time DNA will be developed; detailed studies of cytotoxicity, selective targeting into tumor cells, inactivation by coordination to sulfur-containing proteins, DNA binding, cell accumulation, efficiency to affect DNA repair, tolerance of the resulting DNA damage, cellular responses and signaling pathways of new combinations will be performed. To achieve these goals, modern methods of biochemistry, molecular biophysics, oncology, and cell pharmacology will be used.
FOCUS: The aim of this research is to address the need for new combinations of chemotherapeutics capable of targeting mechanisms connected with the resistance of tumor cells to anticancer drugs. The identification of such combinations will improve the efficiency of drugs to kill tumor cells. These studies will be performed using modern biochemical methods and methods of molecular and cellular biophysics available at the Department of Molecular Biophysics and Pharmacology of the Institute of Biophysics, Czech Academy of Sciences in Brno.
EXAMPLES of potential student doctoral projects:
MORE INFORMATION: https://www.ibp.cz/en/research/departments/molecular-biophysics-and-pharmacology/info-about-the-department
V průběhu roku 2020 byl svět zachvácen pandemií virem SARS-CoV-2, která pokračuje i v roce 2021. První případy onemocnění COVID-19, způsobených virem SARS-CoV-2 jsou popsány na tržišti s divokými zvířaty ve Wuchanu. Pacienti trpěli závažnými respiračními infekcemi doprovázenými dalšími příznaky, jako jsou horečky, zánět plic, kašel, dušnost, průjmy atd. Analýzou sekvence RNA viru se ukázalo, že se jedná o zatím nepopsaný druh koronaviru, který je příbuzný virům SARS a MERS. Virus rozšířil po celém světě a do konce dubna 2021 způsobil úmrtí více než 3 milionů lidí. Většina osob, které umírají, jsou osoby nad 60 let věku. Nové varianty koronaviru ale způsobují úmrtí i mladších osob a nevyhýbají se bohužel ani těhotným matkám.
Cílem disertační práce bude analyzovat vzorky získané z těl osob, které byly nakaženy koronavirem SARS-CoV-2. Bude zkoumána přítomnost virů v různých tkáních a orgánech metodou RealTime PCR, mikroskopickými a imunologickými technikami. Tkáně budou vyšetřovány mikroskopickými technikami v souvislosti se strukturálními změnami vzniklými onemocněním COVID-19. Bude zkoumána genová exprese vybraných genů v odebraných vzorcích. Výsledná data budou statisticky zpracována, vyhodnocena a začleněna do aktuálních poznatků o patogenezi onemocnění COVID-19.
Lectins are ubiquitous carbohydrate-binding proteins, which play a key role in various processes including cell-cell communication and host-pathogen interaction, but also serve as a valuable tool for medicine and life sciences research. Carbohydrate-mediated recognition plays an important role in the ability of pathogenic bacteria to adhere to the surface of the host cell in the first step of their invasion and infectivity. Lectin-carbohydrate interactions are usually characterised by a low affinity for monovalent ligands that is balanced by multivalency resulting in high avidity for complex glycans or cell surfaces.
The main aim of the PhD work will be the structure-functional studies of carbohydrate binding proteins involved in a bacterial pathogenesis and/or their application as the bioanalytical tool to study a specific glycosylation related to cell specific tissues.
Zajišťuje | Přírodovědecká fakulta | |
---|---|---|
Typ studia | doktorský | |
Forma | prezenční | ano |
kombinovaná | ano | |
distanční | ne | |
Možnosti studia | jednooborově | ano |
jednooborově se specializací | ne | |
v kombinaci s jiným programem | ne | |
Doba studia | 4 roky | |
Vyučovací jazyk | čeština | |
Spolupracující instituce |
|
|
Oborová rada a oborové komise |
Zajímá vás obsah a podmínky studia programu Biochemie? Zeptejte se přímo konzultanta programu:
Konzultant programu
e‑mail: |
---|