Životní prostředí a zdraví

Pro zdravou budoucnost.

Podat přihlášku

Termín podání přihlášky do půlnoci 30. 11. 2021

Co se naučíte

Doktorský program integruje témata environmentální chemie, toxikologie a hodnocení rizik a související oblasti zpracování, analýzy a modelování velkých objemů dat, která vznikají při moderním výzkumu vlivu faktorů životního prostředí na zdraví. Cílem programu je podpora samostatného rozvoje mladých vědeckých pracovníků přispívajících svou výzkumnou činností k poznání fundamentálních procesů, kterými chemické látky - v kontextu dalších vnějších faktorů - ovlivňují zdraví člověka a fungování ekosystémů. Program má za cíl výchovu mezioborově orientovaných samostatných osobností, které vedle špičkové orientace v konkrétním tématu svého výzkumu také dobře rozumí širokých souvislostem i praktickému využití výsledků své vědecké práce. Cílem je vychovávat absolventy s vynikající uplatnitelností ve společnosti doma i v zahraničí, kteří mají nejen vynikající schopnost komunikace v anglickém jazyce (díky aktivnímu užívání v průběhu celého studia), ale disponují dalšími přenositelnými kompetencemi, které získávají praktickým a samostatným řešením problémů a také přípravou a řízením vlastních malých projektů.

STRUKTURA PROGRAMU: Program je připravován v české i anglické verzi. Český program je administrován v češtině, ale i zde je důležitým cílem posílení mezinárodní konkurenceschopnosti, což je podporováno vzděláváním a kurzy v angličtině. Studium v programu je realizováno ve dvou specializacích, kde rozdíly a specifika jsou definována především v požadavcích na teoretickou SDZ. Studium v obou specializacích je možné v prezenční formě (preferovaná varianta) nebo v kombinované formě studia (nabízena je studentům, kteří dokončují dizertační práci po standardní době 4 let studia nebo výjimečně externím studentům). V kombinované formě jsou v individuálním plánu odlišnosti především v požadavcích na periodické týdenní povinnosti (semináře) nebo na pedagogické kompetence (pomoc při výuce).

Praxe

V rámci dizertačních projektů pracují studenti prakticky na svých výzkumných projektech a využívají různé přístupy podle zaměření svých prací (laboratorní experimenty, terénní studie, hodnocení vzorků a dat z kohortových studií výzkumu environmentální epidemiologie, programování a vývoj technik analýzy a modelování dat). Součástí povinností ve studiu je zahraniční praktická stáž nebo jiná forma mezinárodní praxe.

Chcete vědět víc?

http://www.recetox.muni.cz/

Uplatnění absolventů

Absolventi doktorského programu se uplatní v národním i mezinárodním prostoru ve výzkumných institucích a na univerzitách v oborech zaměřených na studium znečištění a dalších faktorů prostředí a jeho vlivů na ekosystémy a zdraví člověka včetně výzkumných oborů využívajících a analyzujících velké objemy dat jako jsou matematická biologie, bioinformatika nebo biomedicína. Kromě uplatnění ve výzkumu a vzdělávání mohou absolventi pracovat v organizacích kontroly bezpečnosti jednotlivých složek prostředí, kvality potravin a hodnocení rizik. Absolventi také mohou aktivně pracovat v institucích řídících bezpečnost chemických látek, v laboratořích a vývojových odděleních inovativních biotechnologických podniků, ve společnostech věnujících se technologiím ochrany prostředí včetně bioremediací nebo v institucích regionální a státní samosprávy.

Podmínky přijetí

Schopnosti a připravenost uchazeče jsou prověřovány v přijímacím pohovoru (může být veden online, např. přes skype), ve kterém komise ověřuje a boduje úroveň odborných znalostí a předpokladů uchazeče k samostatné vědecké práci (0-200 bodů) a znalostí anglického jazyka (0-100 bodů). Pro přijetí musí uchazeč získat minimálně 120 bodů v odborné a minimálně 60 bodů v jazykové části zkoušky. Požadavky odborné části: Rozprava z širších témat výzkumu životního prostředí a zdraví podle uvažované specializace (Chemie životního prostředí a toxikologie; Matematická biologie, modelování). Požadavky jazykové části: Jazyk anglický - rozprava je vedena v angličtině


Termíny

1. 8. – 30. 11. 2021

Termín pro podání přihlášek

International applicants for doctoral study (Czech and Slovak Republics applicants not included)

1. 8. – 30. 11. 2021

Termín pro podání přihlášek

Přijímací řízení do doktorských programů - akad.rok 2021/2022 (zahájení: jaro 2022)

Podat přihlášku

Možnosti studia

Jednooborové studium se specializací

V rámci jednooborového studia se specializací má student možnost prohloubit si vědomosti v konkrétním zaměření daného studijního programu, specializaci si vybírá jednu. Název specializace pak bude uveden i na vysokoškolském diplomu.

Výzkumná zaměření dizertačních prací

Specializace: Environmentální chemie a toxikologie

Adverse Outcome Pathways and mechanistic toxicology of emerging chemicals and their mixtures
Školitel: prof. RNDr. Luděk Bláha, Ph.D.
OBJECTIVES: The research aims to explore mechanisms (molecular toxicology, biomarkers of effects, toxicogenomic responses) triggered in humans and natural biota by organic pollutants, their metabolites and mixtures. The outcomes contribute to protection of the environment and health by providing scientific evidence and support to pragmatic risk assessment and management of chemicals.

FOCUS: Doctoral research projects focus on the effects of chemical groups that are broadly used in practice but their (eco)toxicological characterization is poor such as novel types of flame retardants, pharmaceuticals, pesticides and other potential endocrine-disrupters. Students benefit from outstanding research facilities of RECETOX that include high-end analytical instrumentations, molecular toxicology laboratories, alternative toxicological models - aquatic invertebrates and zebrafish.

EXAMPLES of potential student doctoral projects:
* Development of quantitative Adverse Outcome Pathways (AOPs) for liver toxicity and obesogenicity
* AOP networks beyond the male reproductive disorders
* In vitro toxicological investigations of novel flame retardants
* Molecular and biochemical effect biomarkers of low-dose mixture exposures in human cohort samples
* Automated text-mining approaches integrating toxicological data to toxicological knowledge

MORE INFORMATION: www.recetox.muni.cz

PLEASE NOTE: before initiating the formal application process to doctoral studies, all interested candidates are required to contact Prof. Ludek Blaha (blaha@sci.muni.cz) for informal discussion.
Školitel

prof. RNDr. Luděk Bláha, Ph.D.

Associations between environmental and social stressors and population health in the cohort studies (CELSPAC, HAPIEE)
Školitel: Mgr. Hynek Pikhart, Ph.D., M.Sc.

The advertised positions will focus on environmental epidemiology. The successful candidates will investigate associations between environmental and social stressors and population health in the extensive prospective cohort studies (CELSPAC, HAPIEE) in the Czech Republic using multivariable regression techniques.

The selected Ph.D. students will join a newly established ERA Chair Team (https://www.recetox.muni.cz/erachair) supported by the competitive Horizon 2020 ERA Chair project R-EXPOSOME.

Školitel

Mgr. Hynek Pikhart, Ph.D., M.Sc.

Biomarkery stárnutí a Alzheimerovy nemoci
Školitel: PharmDr. Zdeněk Spáčil, Ph.D.

Alzheimerova choroba je nejběžnější příčinou demence (60-80% případů) u starší populace po celém světě. Současný výzkum podporuje myšlenku, že agregace bílkovin iniciuje nástup Alzheimerovy choroby. Navzdory velkému množství dostupné literatury a studií zůstává mechanismus patogeneze a potenciální léčba Alzheimerovy choroby nejasný. Cílem disertační práce je aplikovat moderní a vysoce specifické analytické techniky (ultra-účinná kapalinová chromatografie - UHPLC a tandemová hmotnostní spektrometrie – MS/MS) ke kvantitativnímu profilování biomarkerů, které jsou spojovány se vznikem této lidské neuropatologii. Konkrétně půjde o aplikaci cílených instrumentálních technik hmotnostní spektrometrie (např. selected reaction monitoring – SRM) a jejich využití ke kvantitativní charakterizaci složení membránových lipidů a proteinů v biologických vzorcích. Očekávaným výstupem jsou informace o změnách hladin jednotlivých tříd lipidů a proteinů v biologických membránách a sledování případných biologických a klinických důsledků těchto změn.


Alzheimer's disease is the most common cause of dementia (60-80% of cases) in the elderly population around the world. Current research supports the idea that protein aggregation initiates the onset of Alzheimer's disease. Despite a large number of available literature and studies, the mechanism of pathogenesis and the potential treatment for Alzheimer's disease remain elusive. The dissertation thesis aims to apply modern and highly specific analytical techniques (ultra-high performance liquid chromatography - UHPLC and tandem mass spectrometry - MS/MS) for the quantitative profiling of biomarkers associated with the development of human neuropathology. Specifically, the application of targeted instrumental techniques of mass spectrometry (i.e., selected reaction monitoring - SRM) will be used to quantitatively characterize the composition of membrane lipids and proteins in biological samples. The expected output is information on changes in individual lipid classes and protein levels in biological membranes and monitoring of potential biological or clinical consequences of these changes.

Školitel

PharmDr. Zdeněk Spáčil, Ph.D.

Microfluidics – Laboratory on a chip in biomedical research
Školitel: prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D.

Miniaturization and automation are key trends in modern experimental methods in the natural sciences and biomedicine. Microfluidics makes it possible to perform thousands of experiments per second thanks to the precise handling of nano- to pico-liter volumes of solutions in the microenvironment of channels measuring tens of micrometers. The project will focus on the development and optimization of microfluidic systems for high-performance characterization and study of proteins obtained from genomic databases and constructed by protein engineering methods. The obtained data will be evaluated by artificial intelligence methods. The newly developed methods will be applied in the study of the mechanism of Alzheimer's disease and the development of new drugs for stroke. The project will be solved in cooperation with the research group Prof. Andrew deMello at ETH Zurich, Switzerland (https://www.demellogroup.ethz.ch/) and the International Center for Clinical Research, University Hospital at St. Anny in Brno

Školitel

prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D.

Structural and biochemical studies of engineered enzymes
Školitel: Ing. RNDr. Martin Marek, Ph.D.

Project summary: Enzymes catalyse most of the chemical reactions that occur in biological systems and can be given non-natural catalytic functions by protein engineering. However, despite their vast importance, we do not know how enzymes acquire the structural diversity and conformational flexibility that enables them to evolve towards new molecular functions. Our proof-of-concept data on three structurally similar but functionally distinct enzyme classes of haloalkane dehalogenases (EC 3.8.1.5), beta-lactone decarboxylases (EC 4.1.1.114), and light-emitting monooxygenases (EC 1.13.12.5) suggest that as-yet-underexplored molecular elements – access tunnels and flexible loops – play a pivotal role in their functional diversification.

The proposed PhD project will investigate the molecular structures of these model enzymes using an innovative multi-method biology approach to identify the key structural and dynamic elements that govern enzymes’ evolvability. This project will combine X-ray crystallography, single-particle cryo-electron microscopy, and advanced mass spectrometry techniques to capture unprecedented molecular details of the conformational sampling that is required for productive enzymatic biocatalysis. Complementary protein simulations, mutational and biochemical experiments will delineate the evolutionary trajectories that lead to the emergence of novel enzymatic functions. The resulting knowledge will extend our understanding of molecular evolution beyond the current state-of-the-art, particularly by revealing how the conformational diversity of proteins is associated with specific biocatalytic functions. The gained knowledge from this PhD project will pave the way for the development of new theoretical concepts and cutting-edge software tools for the rational engineering of tailor-made biocatalysts exploitable in biotechnology and biomedicine.

PLEASE NOTE: Before starting formal application/admission process, all applicants are requested to contact supervisor (martin.marek@recetox.muni.cz).

Školitel

Ing. RNDr. Martin Marek, Ph.D.

Urbánní stress jako fyziologický fenomén
Školitel: prof. MUDr. Julie Dobrovolná, Ph.D.

Urbanizace je tradičně spojována se stresem, úzkostí a duševními poruchami. Problematikou vztahu města a úzkosti se zabývá řada mezioborových projektů na pomezí neorubanizmu, který umožňuje řešit globální městské s využitím metod aplikovaných v neurologii. Existuje však pouze malé množství studií, které by využívaly aplikace biosenzorů k zachycení geolokalizovaných fyziologických markerů emočních reakcí na městské prostředí. Cílem dizertační práce je: 1) zpracovat podrobnou rešerši o vlivu urbánního prostředí na strukturu a funkci řady orgánových systémů a jejich interakce, 2) navrhnout vhodné metody pro sledování vybraných proměnných v podmínkách reálného života ve městě, 3) navrhnout a provést pilotní studii pro aplikaci biosenzorů měřících vhodné proměnné u modelové kohorty ve městě Brně, 4) translace poznatků do prostředí augmentované/virtuální reality a 5) provést modelování v AR/VR s cílem ovlivnit sledované proměnné.

Školitel

prof. MUDr. Julie Dobrovolná, Ph.D.

Specializace: Matematická biologie, bioinformatika a modelování

Development of methods for evaluating the impact of external compounds on human health in the context of latent enzymatic activities and metabolic networks of the human microbiome.
Školitel: Mgr. Eva Budinská, Ph.D.

Aims: The aim of the thesis is to build a framework for estimating effects of xenobiotics on human microbiome metabolic pathways.

Background and methods: Food with its variety of dietary compounds, environmental chemicals, pollutants, as well as medications can be considered as xenobiotics to the human microbiome. In homeostasis (the healthy state that is maintained by the constant adjustment of biochemical and physiological pathways), human microbiome provides an extra set of biochemical reactions. The intrusion of xenobiotics has the potential to introduce a departure from homeostasis in many ways seen from the perspective of human microbiome, but both human cells and microbial communities living in their surroundings have to cope with these perturbations: pollutants can trigger latent enzymatic activities changing the functional potential of these microbial consortia; other drug metabolites can block important enzymes or can be biotransformed making antibiotics or other medical interventions useless or ineffective. Such perturbations (blocks and diversions of normal enzymatic activities) can be modeled and explored in the context of metabolic network models. Computational System Biology approaches can model and explore consequences of changes in the structure of networks simulated by random or target attack to nodes/metabolites in the metabolic network of the microbiome of interest. The assembled metabolic network model for the community understudy will be dynamically “updated” based on selected computational approaches aimed at predicting latent enzymatic activities (edge insertion update), enzymatic inhibition (edge deletion update), or changes in kinetics (edge weight update).

Školitel

Mgr. Eva Budinská, Ph.D.

Molekulové modelování v proteinovém inženýrství enzymů
Školitel: Mgr. David Bednář, Ph.D.

Cílem práce bude studium enzymů pomocí výpočetních metod molekulového modelování a bioinformatiky. Výstupem analýz budou nejen nové poznatky v enzymologii, ale také varianty enzymů vytvořené metodami proteinového inženýrství, které budou mít potenciál v biotechnologických či biomedicínských aplikacích. Analýzy i design nových variant se zaměří na vylepšování stability molekul, které budou studovány metodami jako je Rosetta, FoldX nebo FireProt. Dále bude studována a optimalizována aktivita, specificita a selektivita enzymů metodami molekulového dokování, molekulové dynamiky, kvantová chemie a dalších. Poznatky ze studia enzymů budou také využity pro zlepšování softwarových nástrojů k analýze a designu proteinů, které tým v Loschmidtových laboratořích dlouhodobě vyvíjí.

The aim of this thesis will be to study enzymes by in silico approaches of molecular modeling and bioinformatics. The outcomes of the project will be used both in understanding the basics of enzymology and also to design enzyme variants by methods of protein engineering which can be applicable in biotechnology or biomedicine. The analysis and design of new enzyme variants will focus on improving the protein stability by methods like Rosetta, FoldX, or FireProt. Morover, other enzyme properties like activity, selectivity, or specificity will be analysed and optimized by molecular docking, molecular dynamics, or quantum chemistry calculations. The knowledge obtained during the analysis and design of enzymes will be utilized to improve functionality of software tools for protein engineering which are developed in Loschmidt laboratories.

Školitel

Mgr. David Bednář, Ph.D.

Strojové učení pro počítačový design proteinů
Školitel: Stanislav Mazurenko

The recent advancements of Machine Learning (ML) techniques, coupled with growing protein data, provide promising directions for protein engineering. There are three types of protein data with an excellent ML potential: (i) in silico simulations, (ii) experimental measurements, and (iii) databases of protein sequences and structures. While ML has already leveraged some data from all the three sources in various applications in protein engineering, the field has only recently emerged, and much data remain unexplored. This project aims to explore the potential of machine learning methods in collecting protein data, reducing its dimensionality, performing data analysis, prediction, and optimization, to produce designs of improved proteins. The impact will primarily be (i) the new knowledge of the underlying mechanisms, (ii) promising protein variants, and (iii) user-friendly software tools that will provide access to the developed algorithms to the broader community of protein engineers.

Školitel

Stanislav Mazurenko

Informace o studiu

Zajišťuje Přírodovědecká fakulta
Typ studia doktorský
Forma prezenční ano
kombinovaná ano
Možnosti studia jednooborově ne
jednooborově se specializací ano
v kombinaci s jiným programem ne
Doba studia 4 roky
Vyučovací jazyk čeština
Spolupracující instituce
  • Akademie věd ČR
  • Ústav výzkumu globální změny AV ČR
Oborová rada a oborové komise

Váháte? Máte otázku? Pošlete nám e-mail na

Zajímá vás obsah a podmínky studia programu Životní prostředí a zdraví? Zeptejte se přímo konzultanta programu:

prof. RNDr. Luděk Bláha, Ph.D.

Konzultant programu

e‑mail:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.