Fyziologie, imunologie a vývojová biologie živočichů

Doktorské studium v prezenční nebo kombinované formě.

Program je možné studovat pouze jednooborově.

Podat přihlášku

International applicants for doctoral study (Czech and Slovak Republics applicants NOT included)
Termín podání přihlášky do půlnoci 15. 12. 2024.

Co se naučíte

Cílem programu je připravovat špičkové odborníky ve specifických vědních oborech rozvíjených v rámci Oddělení fyziologie a imunologie živočichů Ústavu experimentální biologie PřF MU. Absolventi jsou připravováni na další vědecké kariéry na pracovištích základního nebo aplikovaného výzkumu na mezinárodní úrovni, ale také na možné uplatnění ve firmách s výzkumným zázemím, ve zdravotnických zařízeních a jako odborní lektoři.

Program je zaměřen na badatelskou formaci studentů v rychle se rozvíjejících oborech fyziologie, imunologie a vývojové biologie. Studenti jsou školeni provádět výzkum v daných oblastech od buněčné přes orgánovou úroveň po modely celých živočišných organismů od buněčné úrovně po člověka. Uplatňovány jsou techniky moderní molekulární biologie a špičkových zobrazovacích metod. Program zastřešuje výzkumná témata sahající od veterinárních přes biomedicínské aplikace po obecné otázky základního výzkumu. Zastoupeny jsou zejména problémy buněčných signalizací, které jsou klíčové pro pochopení procesů řídících embryonální vývoj, diferenciaci tkání a jejich regeneraci, stejně jako procesy karcinogeneze nebo imunitních regulací. Program integruje metodické přístupy molekulární biologie, molekulární embryologie a buněčné biologie s morfologickými i behaviorálními.

Průchod studiem je koncipován tak, aby řada kontrolních bodů motivovala perspektivní studenty. Větší množství metodicky orientovaných kurzů, stáží a otevřenost kontaktům s biotechnologickými firmami zajišťuje propojení s praxí moderního biologického výzkumu. Důraz se klade na používání angličtiny jako základního nástroje pro vědeckou práci oboru.

Studenti jsou motivováni vysokou odbornou kvalitou výzkumu v otevřeném a přátelském prostředí. Výkon jednotlivých studentů je oceňován jak finančně, tak také např. formou účasti na prestižních zahraničních konferencích.

Detailní informace o programu najdete na webových stránkách https://www.sci.muni.cz/ofiz/vyuka/informace-pro-studenty/doktorske-studium/

Praxe

Program zahrnuje povinnou praxi studentů u potenciálních zaměstnavatelů jako nástroj pro nastavení vazeb s budoucími zaměstnavateli.

Chcete vědět víc?

O doktorské studenty PřF MU se stará Oddělení pro doktorské studium, kvalitu, akademické záležitosti a internacionalizaci:

https://www.sci.muni.cz/student/phd

Na webové stránce oddělení najdete informace ke studiu:

  • formuláře (přihlášky k SDZ a ODP, různé žádosti aj.)
  • legislativa (odkazy na: SZŘ, Stip. řád MU, OD ke stipendijním programům PřF)
  • disertační práce (OD Pokyny k vypracování disertačních prací, šablony)
  • manuály a metodiky (návod pro ISP, studijní a výzkumné povinnosti v DSP apod.)
  • doktorské studijní programy (Doporučený průchod studiem, zkušební komise, přehled akreditovaných programů)
  • termíny SDZ a ODP
  • zápisy (potřebné informace pro zápis do dalšího semestru)
  • promoce

ale také úřední hodiny, kontakty, aktuality, informace k rozvoji dovedností a ke stipendiím.

Podrobné informace k zahraničním stážím najdete na této webové stránce:

https://www.sci.muni.cz/student/phd/rozvoj-dovednosti/stay-abroad

Uplatnění absolventů

Program je koncipován tak, aby byl srovnatelný s kvalitními zahraničními univerzitami a absolventi se dobře uplatňují na špičkových pracovištích zabývajících se výzkumem ať už z akademických nebo z neakademických pracovišť. Ředitelka ústavu AVČR, Key Manager Roche Diagnostics, Postdoc na Karolinska Institutet nebo ředitelka embryologické laboratoře jsou příklady pozic, kde našli naši absolventi uplatnění a k programu se hlásí. Absolventi doktorského studijního programu jsou tedy oprávněni realizovat samostatnou vědeckou a výzkumnou činnost v oblasti základního i aplikovaného výzkumu, ale uplatňují se díky jazykovým a manažerským kompetencím i na řídících pozicích. V širším smyslu jsou připraveni provádět všechny činnosti spojené s vědeckou prací, tzn. zabývat se koncepčními otázkami, vědecko-organizační činností a také výukou.

Na naše absolventy se můžete podívat zde: https://www.sci.muni.cz/ofiz/vyuka/informace-pro-studenty/doktorske-studium/phd-alumni/.

Podmínky přijetí

International applicants for doctoral study (Czech and Slovak Republics applicants NOT included)
— Termín podání přihlášky do půlnoci 15. 12. 2024

Admission procedure
Admission board checks the candidates’ professional capacities in an entrance interview that is conducted in English. The candidates submit a structured CV and in the course of the interview, they will present a brief proposal of their PhD project, will define the anticipated outputs, and suggest a methodical procedure. Written plan of candidate's suggested research project is also mandatory and will be submitted to the board. Recommended length of the plan is two pages and the structure is as follows: Title, Name of applicant, Name of supervisor, Home institution, Synopsis, Aims, Methodology, Financial covering. In a discussion with the admission board and in the presence of their supervisor they have to demonstrate that their respective thesis topic is scientifically well-grounded and experimentally manageable. A necessary prerequisite for admission is a demonstrable capability of professional conversation in English. The sufficient financial coverage of the candidate’s scientific project will be assessed by the admission board within the terms of the entrance interview and further within the terms of the PhD Workshop in the 3rd semester.
The admission board assesses the candidates’ knowledge and prerequisites for the independent scientific work (0-200 points) and the capability of communication in English (0-100 points).

Date of the entrance exam
The applicants will receive the invitation to the entrance exam via the e-application form at least 10 days before the exam.

Conditions of admission
To be admitted, the candidate must obtain at least 120 points in the professional and at least 60 points in the language part of the interview.
Successful applicants are informed of their acceptance in the e-application and receive an invitation to the enrolment.

Programme capacity
The capacity of a given programme is not fixed; students are admitted based on a decision by the Doctoral Board after assessing their aptitude for study and motivation.

Přijímací řízení do doktorských programů - akad.rok 2024/2025 (zahájení: jaro 2025)
— Termín podání přihlášky do půlnoci 30. 11. 2024

Admission procedure
Admission board checks the candidates’ professional capacities in an entrance interview that is conducted in English. The candidates submit a structured CV and in the course of the interview, they will present a brief proposal of their PhD project, will define the anticipated outputs, and suggest a methodical procedure. Written plan of candidate's suggested research project is also mandatory and will be submitted to the board. Recommended length of the plan is two pages and the structure is as follows: Title, Name of applicant, Name of supervisor, Home institution, Synopsis, Aims, Methodology, Financial covering. In a discussion with the admission board and in the presence of their supervisor they have to demonstrate that their respective thesis topic is scientifically well-grounded and experimentally manageable. A necessary prerequisite for admission is a demonstrable capability of professional conversation in English. The sufficient financial coverage of the candidate’s scientific project will be assessed by the admission board within the terms of the entrance interview and further within the terms of the PhD Workshop in the 3rd semester.
The admission board assesses the candidates’ knowledge and prerequisites for the independent scientific work (0-200 points) and the capability of communication in English (0-100 points).

Date of the entrance exam
The applicants will receive the invitation to the entrance exam via the e-application form at least 10 days before the exam.

Conditions of admission
To be admitted, the candidate must obtain at least 120 points in the professional and at least 60 points in the language part of the interview.
Successful applicants are informed of their acceptance in the e-application and receive an invitation to the enrolment.

Programme capacity
The capacity of a given programme is not fixed; students are admitted based on a decision by the Doctoral Board after assessing their aptitude for study and motivation.

Přijímací řízení do doktorských programů - akad.rok 2024/2025 (zahájení: podzim 2024)
— Údaje z předchozího přijímacího řízení (přihlášky 1. 1. – 30. 4. 2024)

Admission procedure
Admission board checks the candidates’ professional capacities in an entrance interview that is conducted in English. The candidates submit a structured CV and in the course of the interview, they will present a brief proposal of their PhD project, will define the anticipated outputs, and suggest a methodical procedure. Written plan of candidate's suggested research project is also mandatory and will be submitted to the board. Recommended length of the plan is two pages and the structure is as follows: Title, Name of applicant, Name of supervisor, Home institution, Synopsis, Aims, Methodology, Financial covering. In a discussion with the admission board and in the presence of their supervisor they have to demonstrate that their respective thesis topic is scientifically well-grounded and experimentally manageable. A necessary prerequisite for admission is a demonstrable capability of professional conversation in English. The sufficient financial coverage of the candidate’s scientific project will be assessed by the admission board within the terms of the entrance interview and further within the terms of the PhD Workshop in the 3rd semester.
The admission board assesses the candidates’ knowledge and prerequisites for the independent scientific work (0-200 points) and the capability of communication in English (0-100 points).

Date of the entrance exam
The applicants will receive the invitation to the entrance exam via the e-application form at least 10 days before the exam.

Conditions of admission
To be admitted, the candidate must obtain at least 120 points in the professional and at least 60 points in the language part of the interview.
Successful applicants are informed of their acceptance in the e-application and receive an invitation to the enrolment.

Programme capacity
The capacity of a given programme is not fixed; students are admitted based on a decision by the Doctoral Board after assessing their aptitude for study and motivation.

Termíny

2. 1. – 15. 12. 2024

Termín pro podání přihlášek

Podat přihlášku

Výzkumná zaměření dizertačních prací

Jednooborové studium

Mechanismy chemicky indukované nádorové progrese v plicních a bronchiálních buněčných modelech – úloha exosomů
Školitel: RNDr. Miroslav Machala, CSc.

Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) such as benzo/a/pyrene (BaP) and persistent dioxin-like compounds (DLCs) such as 2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin (TCDD) belong among the most important airborne and foodborne environmental toxicants, and the lungs represent one of their major target organs. However, in spite of many in vivo and in vitro studies, the mechanisms of toxicity and carcinogenicity of PAHs and DLCs in respiratory system are insufficiently characterized. Chronic exposure to PAHs contributes to genotoxicity and to the development of (non-genotoxic) “dioxin-like“ toxicity via activation of aryl hydrocarbon receptor (AhR), including promotion/progression of lung cancer. Chemically-induced carcinogenesis involves numerous strategies recruited by transformed cells, which allow them to survive and to obtain adaptive advantages over the normal cells. A comprehensive evaluation of changes in gene expression, cell population parameters (such as cell cycle and proliferation), formation and release of extracellular vesicles will allow us to compare impact of PAHs and DLCs on normal and transformed airway cells and to identify novel suitable biomarkers of dioxin-like toxicity and/or AhR-dependent genotoxicity.
Aims:

  • investigation of changes in gene expression, phenotype and function of HBEC models during their transformation induced by TCDD, BaP or other PAHs or complex extract of airborne particles and estimation of relative effective potencies in selected in vitro models/parameters;
  • characterization of extracellular vesicles produced by normal and chemically transformed cells.


Methodology:
cell growth and maintenance, cytokinetic parameters, migration/invasion assays, cell morphology visualisation, detection of EMT- and cell transformation-related gene expression and protein expression (cell culturing, flow cytometry, fluorescent microscopy, Western blotting, qRT-PCR, ultracentrifugation and other molecular biological, biochemical and cytological methods).
Experimental work will be performed at the Veterinary Research Institute, Brno

Školitel

RNDr. Miroslav Machala, CSc.

Modulace imunitních parametrů včel medonosných po působení patogenů
Školitel: doc. RNDr. Pavel Hyršl, Ph.D.

1. rok: V rámci programu Erasmus+ uskutečnit studijní pobyt na některé z partnerských univerzit. Začátek experimentů – odběry a zpracování vzorků. 2. rok: Zpracovat vzorky odebrané během řešení grantového projektu, vyzkoušet a optimalizovat různé metody stanovení imunitních parametrů u hmyzu. Prezentace první části výsledků. 3. rok: Zpracovat další vzorky, porovnání výsledků mezi několika modelovými organismy. Příprava manuskriptu pro publikaci. 4. rok: Celková prezentace výsledků. Předpokládá se spolupráce na dalších publikacích.

Školitel

doc. RNDr. Pavel Hyršl, Ph.D.

Molekulární a buněčné procesy deregulované během vývojové neurotoxicity navozené xenobiotiky
Školitel: RNDr. Miroslav Machala, CSc.

Vývojová neurotoxicita (z angl. developmental neurotoxicity) představuje až do nedávna velmi podceňovanou oblast toxikologie. Až nedávné studie prokazující spojitost mezi chronickou expozicí savců látkám znečišťujícím trvale naše životní prostředí (např. zpomalovače hoření či pesticidy a jiné polutanty) a zvýšenou incidencí neurologických poruch typu roztroušená skleróza, parkinsonismus či autismus poukázali na zásadní nedostatek buněčných modelů, které by umožnili rutinní testování xenobiotik a polutantů s ohledem na jejich DNT potenciál. Tématem této práce je proto zavedení metodologického panelu, který umožní stanovení relativních efektivních potenciálů (REP) vybraných suspektních neurotoxikantů a následné objasnění buněčných a molekulárních procesů, které stojí za jejich neurotoxicitou.

Školitel

RNDr. Miroslav Machala, CSc.

Osud a působení kyseliny hyaluronové aplikované na kožní ránu
Školitel: Mgr. Kristina Nešporová, Ph.D.

Hyaluronic acid (HA) is a basic component of the intercellular mass and plays an important signaling and homeostatic role in the skin. This polysaccharide is also used during wound healing. In some cases (old age, diabetes, venous insufficiency, etc.) the wound healing process does not proceed optimally and non-healing wounds occur. HA is delivered in various material forms (solid covers, gels) to such wounds with the aim of promoting their healing. Although it is clear that HA aids in the closure of non-healing wounds, the mechanism or mechanisms involved are not fully understood. The aim of the research will therefore be to elucidate the fate of HA in the context of a chronic wound. Experimental work will include molecular biological, analytical and microscopic techniques. Work with in vivo and ex vivo material from wounds is planned. The work will take place remotely, mainly in the laboratories of the Contipro company (Ústí nad Orlicí).

Školitel

Mgr. Kristina Nešporová, Ph.D.

Patofyziologie Sprouty proteinů a jejich souvislost s ciliopatiemi
Školitel: doc. RNDr. Marcela Buchtová, Ph.D.

Sprouty proteiny představují kontrolní mechanismus signalingu aktivovaných tyrosinkinázových receptorů, včetně FGF signální dráhy. U myší způsobuje delece Sprouty vývojové poruchy vedoucí k poškození sluchu, kraniofaciálním defektům, zpomalenému postnatálnímu růstu nebo jícnové achalázii a střevní pseudoobstrukci. Význam lidského genu Sprouty2 byl zaznamenán u nefropatie, thanatoforické dysplázie a v různých typech onkologických onemocnění. V poslední době se ukazuje, že syndromy podmíněné hyperaktivací signální dráhy růstových fibroblastových faktorů (FGF) a syndromy spojené s deregulovanou funkcí primárních cilií se projevují řadou společných fenotypů, kromě jiných také u kraniofaciálních a achondroplastických malformací. PhD projekt se zaměří na charakterizaci role Sprouty proteinů v průběhu skeletogeneze, vyhodnotíme vývojové defekty tkání a orgánů myšího modelu s deletovaným Sprouty2 a Sprouty 4, které se běžně vyskytují u ciliopatií a zanalyzujeme signální dráhy modulované primárními ciliemi v morfogenezi Sprouty deficientních myší.

Školitel

doc. RNDr. Marcela Buchtová, Ph.D.

Polyaromatické sloučeniny a jejich dopad na stresové dráhy a buněčný metabolismus
Školitel: prof. RNDr. Jan Vondráček, Ph.D.

Polyaromatické sloučeniny, jako jsou polycyklické (PAU) a heterocyklické aromatické uhlovodíky (HAU), představují významnou skupinu environmentálních polutantů s negativním dopadem na zdraví člověka i živočichů. Jedním z dosud velmi málo prozkoumaných mechanismů jejich toxického působení v organismu, souvisejícím úzce s navozením různých forem buěnčného stresu, je i možné narušení metabolismu a signálních drah kontrolujících buněčný metabolismus. Cílem práce je, s využitím vhodných buněčných modelů, popsat dopad vybraných skupin PAU a HAU na signální dráhy regulované různými formami buněčného stresu, disrupci buněčného metabolismu, a lépe tak porozumět molekulárním mechanismům jejich toxicity.

Školitel

prof. RNDr. Jan Vondráček, Ph.D.

Prognostické a prediktivní markery invaze spinocelulárních karcinomů dutiny ústní a orofaryngu
Školitel: doc. RNDr. Marcela Buchtová, Ph.D.

Karcinomy dutiny ústní a orofaryngu patří mezi deset nejčastěji se vyskytujících malignit v lidské populaci. Náš projekt je zaměřen na spinocelulární karcinom, který představuje v této oblasti nejfrekventovanější typ maligního onemocnění. Prognóza onemocnění zhoubným nádorem dutiny ústní a orofaryngu je dána především stupněm invazivity primárního tumoru a rozsahem metastatického postižení regionálních a vzdálených uzlin. Intenzita perineurální invaze koreluje s lokalizací nádoru, jeho rozsahem a přítomností uzlinových metastáz. PhD projekt bude zaměřen na determinaci klinicky relevantních somatických mutací u pacientů s perineurální invazí a na analýzu exprese raných molekulárních markerů perineurální invaze na rozhraní nádorové a okolní tkáně. Dále se zaměří na analýzu úlohy primárních cilií a Sonic Hedgehog dráhy v buňkách spinocelulárního karcinomu a vliv modifikované SHH signalizace na jejich perineurální invazi.

Školitel

doc. RNDr. Marcela Buchtová, Ph.D.

Regulace kardiomyocytogeneze u pluripotentních kmenových buněk
Školitel: Mgr. Jiří Pacherník, Ph.D.

Cílem je studovat mechanismy kardiomyocytogeneze u pluripotentních kmenových buněk in vitro. Metody: literární rešerše, metody tkáňových kultur, metody molekulární biologie, atd... Studia zaměřená na regulaci četnosti vznikajících kardiomyocytů, jejich specifikaci a maturaci. Modely: lidské indukované pluripotentní buňky z pacientů i zdravých dárců, linie myších embryonálních kmenových buněk, tkáňové řezy, a další.

Školitel

Mgr. Jiří Pacherník, Ph.D.

The trade-offs in longevity and immunity in worker honey bees, Apis mellifera
Školitel: Mgr. Pavel Dobeš, Ph.D.

This project aims to acquire information about redox homeostasis in honey bees with emphasis on how it is affected by Varroa destructor and other bee pathogens infection, how it differs seasonally, and how it is modified in long-living winter bees. Antioxidant system components, both enzymatic and non-enzymatic, as well as hemocytes and other immune system components participating in response to pathogens and maintenance of homeostasis, will be thoroughly examined using a complex methodological approach that will also allow the assessment of reactive oxygen and nitrogen species production, among other parameters.

Školitel

Mgr. Pavel Dobeš, Ph.D.

Trop2's Role in Tumor-Immune Cell Crosstalk and Metastasis.
Školitel: Mgr. Karel Souček, Ph.D.

The upregulation of Trop2 in tumor and immune cells during inflammation is a key factor driving the crosstalk between tumor cells and immune cells in the tumor microenvironment. This perpetuates the cycle of chronic inflammation and promotes cancer progression.
Rationale: The tumor microenvironment (TME) plays a critical role in cancer progression, invasion, and metastasis. In particular, the crosstalk between tumor cells and immune cells in the TME has been shown to influence cancer progression and response to therapy. Trop2 has been implicated in promoting tumor growth and metastasis, but its role in the crosstalk between tumor cells and immune cells in the TME is poorly understood.
The main aim of this thesis is to provide a clear answer to how Trop2 in tumor cells influences the TME through modulation of infiltrating immune cell populations and what the role of Trop2 expression in non-cancer cell populations is in disease progression and TME composition.

Školitel

Mgr. Karel Souček, Ph.D.

Úloha LGR5-pozitivních kmenových buněk v odontogenezi
Školitel: doc. RNDr. Marcela Buchtová, Ph.D.

Náhradní zubní generace se u obratlovců vyvíjejí ze zubní lišty. Doba trvání a morfologie zubní lišty se mezidruhově liší v závislosti na tom kolik generací zubů je iniciováno během života jedince. PhD projekt se zaměří na analýzu lokalizace LGR5-pozitivních progenitorových buněk během odontogeneze a jejich osudu. Dále bude sledovat expresní profil LGR5-pozitivních buněk a signalizaci kontrolující formování zubní lišty. S využitím experimentálních přístupů zaměřených na zvýšení či snížení WNT signalizace bude provedena analýza úlohy této dráhy v iniciaci náhradní zubní lišty. Tato studie regulace zachování progenitorových buněk v zubní liště povede k odhalení procesů, které jsou podkladem druhově specifického potenciálu formování daného počtu generací zubů, jakož i patologických stavů u člověka, kde je tvorba náhradní dentice narušena.

Školitel

doc. RNDr. Marcela Buchtová, Ph.D.

Vlivy magnetických polí na biologické hodiny zvířat
Školitel: doc. RNDr. Martin Vácha, Ph.D.

Zjistili jsme, že vnitřní hodiny hmyzu jsou ovlivnitelné slabými magnetickými a elektromagnetickými poli, která se vyskytují zejména v blízkosti technických zařízení. Správný cirkadiánní rytmus je přitom v pozadí mnoha funkcí organismu a jeho poruchy vedou k řadě chorob. Projekt se bude věnovat zcela novému oboru studia kombinujícímu výzkum cirkadiánní rytmicity zvířat s výzkumem citlivosti biologických systémů na slabá magnetická pole. Pole těchto parametrů obklopují technická zařízení a mohou mít environmentální i zdravotní dopady. Experimentální část práce bude postavena na technikách behaviorálních a molekulárně biologických. Na hmyzích a savčích modelech má ukázat, jaká je citlivost tohoto jevu a jaký je jeho mechanismus a podstata.

Školitel

doc. RNDr. Martin Vácha, Ph.D.

Informace o studiu

Zajišťuje Přírodovědecká fakulta
Typ studia doktorský
Forma prezenční ano
kombinovaná ano
distanční ne
Možnosti studia jednooborově ano
jednooborově se specializací ne
v kombinaci s jiným programem ne
Doba studia 4 roky
Vyučovací jazyk čeština
Spolupracující instituce
  • Akademie věd ČR
  • Biofyzikální ústav AV ČR
  • Ústav biologie obratlovců AV ČR
Oborová rada a oborové komise

Váháte? Máte otázku? Pošlete nám e-mail na

Zajímá vás obsah a podmínky studia programu Fyziologie, imunologie a vývojová biologie živočichů? Zeptejte se přímo konzultanta programu:

prof. Mgr. Vítězslav Bryja, Ph.D.

Konzultant programu

e‑mail:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.