Vědy o živé přírodě

Doktorské studium v  prezenční nebo kombinované formě.

Program je možné studovat pouze jednooborově.

Podat přihlášku

Přijímací řízení do doktorského programu Life Sciences 2022/2023 (zahájení jaro 2023)
Termín podání přihlášky do půlnoci 31. 10. 2022.

Co se naučíte

Cílem studia je vzdělávat studenty v oblasti věd o živé přírodě a připravovat je jako vysoce kvalifikované pracovníky pro vědeckou činnost. Úvodní část studia je vyhrazena prohloubení teoretických a praktických znalostí. Paralelně s tím probíhá zpracování samostatné literární rešerše k zadanému tématu doktorské disertace. Samotné těžiště činnosti studentů spočívá v jejich vlastní vědecké práci. Studenti jsou školitelem vedeni, aby byli schopni samostatně realizovat všechny fáze vědeckého projektu. Jsou též vedeni ke zpracování získaných experimentálních dat metodologicky relevantně, stejně tak k jejich interpretaci a následné prezentaci v různých formách. Program je vysoce multidisciplinární a ve srovnání s tradičním studiem biologie je více zaměřen metodologicky a analyticky. Díky přístupu ke špičkové infrastruktuře, mohou studenti lépe kombinovat různé biochemické, bioanalytické i vizualizační instrumentální techniky s řešením biologických problémů, což zvyšuje dopad jejich vědecké činnosti i následně jejich flexibilitu uplatnění na trhu práce včetně pozic v mimoakademické sféře, např. v rámci existujících biotechnologických firem či v nově vznikajících spin-off.

Life for Science. Science for Life.

Koncepce programu reflektuje současnou úroveň poznatků vědy, potřeby trhu práce a celkové trendy v oboru. Současně těží ze systému podpory v rámci tzv. CEITEC PhD School, která představuje koncepci péče o doktorské studenty zapojené do výzkumných týmů v CEITECu a současně klade důraz na rozšíření kompetencí budoucích absolventů v socio-manažerských, technologických a přenositelných dovednostech. Ty jim umožní vést svou navazující výzkumnou činnost efektivním a moderním způsobem a poskytnou jim velmi dobrý přehled o etických aspektech výzkumu nezbytných pro bádání v oblasti živých věd a výzkumu a vývoji obecně.

Program cílí na mezinárodní uplatnění absolventů. Je připravován v české i anglické verzi, výuka většiny předmětů, všech seminářů a ve velké míře i výzkumná činnost probíhá v anglickém jazyce. Prostředí na CEITEC MU je významně mezinárodní, takže studenti jsou exponováni komunikaci v angličtině nejen při oficiální výuce, ale prakticky všude v rámci CEITEC.

Praxe

Významným příspěvkem k osvojení praktických dovedností studentů DSP Vědy o živé přírodě je jejich přirozené zapojení do výzkumných týmů na CEITEC MU. Tím mohou studenti bezprostředně získávat potřebné praktické návyky pro řízení týmu a vědeckých projektů, osvojit si dovednosti navazování kontaktů a přímým zapojením do řešení výzkumných projektů a grantů (včetně projektů H2020 a ERC grantů) pochopit i problematiku financování výzkumu. Studenti mohou taktéž běžně využívat jedenácti unikátně vybavených sdílených laboratoří a získat touto formou významnou praktickou zkušenost v rámci tzv. interní stáže, případně v jiné instituci v ČR v rámci externí stáže (doporučený rozsah 10 pracovních dní (80 pracovních hodin).

Povinnou součástí studijních povinností v doktorském studijním programu je absolvování části studia na zahraniční instituci v délce nejméně jednoho měsíce, nebo účast na mezinárodním tvůrčím projektu s výsledky publikovanými nebo prezentovanými v zahraničí nebo jiná forma přímé účasti studenta na mezinárodní spolupráci.

V programu jsou podporovány Collaborative PhD, tj. absolvování doktorského projektu ve spolupráci s komerčním subjektem. Ty umožňují exponovat studenty více neakademickému prostředí. Také v rámci systému TAC dochází k častější spolupráci studentů s odborníky z praxe.

Chcete vědět víc?

http://ls-phd.ceitec.cz/

Uplatnění absolventů

V doktorském programu je kladen velký důraz na internacionalizaci, jsou zde také vytvářeny podmínky pro interdisciplinární řešení zadaných témat dizertačních prací a klade se důraz na posílení socio-manažerských a přenositelných dovedností. Tím se zvyšuje reálná šance absolventů na uplatnění ve špičkových vědeckých i technologických, akademických i komerčních týmech po celém světě, jako např. ve:

  • vědecko-výzkumných organizacích a akademických institucích (výzkumné ústavy, univerzity) se zaměřením na biologický a biomedicínský výzkum a vzdělávání, a to v prvních letech jako postdoktorální stážisté a následně jako vedoucí výzkumného týmu nebo programu, vedoucí sdílených laboratoří (tzv. core facilities), apod., případně na lektorských pozicích;
  • špičkových laboratořích aplikovaného výzkumu zaměřeného na vývoj nových biotechnologických biomedicínských metod to to na pozicích vědeckých specialistů a vývojářů;
  • komerční sféře v oblasti poradenství a marketingu biomedicínských nebo biotechnologických produktů;
  • díky získaným znalostem z oblasti duševního vlastnictví a transferu technologií specificky ve svých oblastech zájmu, budou absolventi oboru dobře vybaveni i pro aktivity při zakládání start-up a spin-off firem.

Termíny

1. 9. – 31. 10. 2022

Termín pro podání přihlášek

Podat přihlášku

Výzkumná zaměření dizertačních prací

Jednooborové studium

Design of pore forming peptides
Školitel: doc. RNDr. Robert Vácha, PhD.

Antimicrobial peptides (AMPs) can disrupt the membrane barrier function and kill bacteria, including resistant bacteria recognized by the UN and WHO as one of the biggest threats to global health. AMPs are part of the host-defense system of many organisms and promising candidates to become a new class of therapeutics. The aim of this project is to design new peptides that disrupt the membranes of pathogens. To obtain such peptides, we will establish the relationship between peptide sequence motifs and their ability to disrupt bacterial membranes. This project will be complemented by experiments providing verification and feedback of membrane disruption. The main tool will be Molecular dynamics simulations with free energy calculations using Gromacs program package.

Requirements on candidates:

Degree in physics, chemistry, or biology. Experience with computer simulations of proteins and lipid membranes is advantageous

PLEASE NOTE: before initiating the formal application process to doctoral studies, all interested candidates are required to contact the supervisor or/and fill in the registration form on the web page of the CEITEC PhD School

MORE INFORMATION:

http://ls-phd.ceitec.cz/

https://vacha.ceitec.cz/

Poznámky

Recommended literature: DOI: 10.1101/2022.05.09.491086, 10.7554/eLife.47946

Školitel

doc. RNDr. Robert Vácha, PhD.

Dishevelled internal affairs in Wnt signalling
Školitel: Konstantinos Tripsianes, Ph.D.

Dishevelled (DVL) is the central hub of Wnt signal transduction that integrates and transduces upstream signals through distinct cytoplasmic cascades. Looking at the many DVL faces reported in the literature, three salient features underlying its function in signalling can be highlighted: (1) it interacts with more than seventy binding partners, (2) it is heavily phosphorylated at multiple sites by at least eight different kinases, in particular by Ck1ε/δ after Wnt stimulation, and (3) it consistently forms puncta in the cytosol, that are phase-separated self-assemblies also called liquid droplets.

Our working hypothesis is that DVL conformational plasticity mediated by the order-disorder interactions allows the combinatorial integration of phosphorylation input, partners binding, self-assembly in droplets, and allosteric coupling, to exquisitely control signal routing. We integrate structural biology (NMR, SAXS, X-ray) and biophysical techniques (FRET, ITC, BLI) with cellular readouts (TopFlash, BRET) to understand DVL structure, function, and regulation. Candidates can choose among three open questions, that if resolved, will have a significant impact on Wnt research. 1) Does disorder provide new contexts to structured domain(s) and, hence, enhance the DVL functional space associated with them? 2) Is there a direction, order or hierarchy in the phosphorylation of individual S/T sites and clusters in DVL? 3) What are the physical behaviours associated with the intrinsic disorder and their connection to DVL liquid-liquid phase separation?

Requirements on candidates:

  • Biomolecular NMR
  • Biochemistry
  • Molecular Cell Biology
  • PLEASE NOTE: before initiating the formal application process to doctoral studies, all interested candidates are required to contact the supervisor and phd@ceitec.muni.cz

    MORE INFORMATION:

    http://ls-phd.ceitec.cz/

    https://www.ceitec.eu/protein-dna-interactions/rg111

    Poznámky

    Recommended literature:

    Hanáková K. et al. Comparative phosphorylation map of Dishevelled 3 links phospho-signatures to biological outputs. Cell Commun. Signal., 2019. 17: p. 170

    Harnoš J. et al. Dishevelled-3 conformation dynamics analyzed by FRET-based biosensors reveals a key role of casein kinase 1. Nat. Commun., 2019. 10: p. 1804.

    Školitel

    Konstantinos Tripsianes, Ph.D.

    Lymphoid microenvironment models and their use to study targeted therapy and resistance in B cell malignancies
    Školitel: doc. MUDr. Mgr. Marek Mráz, Ph.D.

    Chronic lymphocytic leukemia (CLL) cells and indolent lymphomas are known to be dependent on diverse microenvironmental stimuli providing them signals for survival, development, proliferation, and therapy resistance. It is known that CLL cells undergo apoptosis after cultivation in vitro, and therefore it is necessary to use models of CLL microenvironment to culture CLL cells long-term and/or to study their proliferation. Several in vitro and in vivo models meet some of the characteristics of the natural microenvironment based on coculture of malignant cells with T-lymphocytes or stromal cell lines as supportive cell, but they also have specific limitations.

    The aim of this research is to develop and use models mimicking lymphoid microenvironment to study novel therapeutic options, e.g. drugs targeting CLL proliferation, development of resistance in long-term culture or combinatory approaches, which cannot be analysed in experiments based on conventional culture of CLL/lymphoma primary cells. This project will utilize models developed in the laboratory and will further optimize and modify them. Using kinase inhibitors, the biology of CLL and responses to targeted treatment will be interrogated. The student will utilize various functional assays, RNA sequencing, genome editing, drug screening etc., with the use of primary patient's samples and cell lines. The research might bring new insights into the microenvironmental dependencies and development of resistance to targeted therapy.

    Requirements on candidates:
  • Motivated smart people that have the "drive" to work independently, but also willing to learn from other people in the lab and collaborate.
  • Candidates should have a master's degree in Molecular biology, Biochemistry, or similar field and have deep interest in molecular biology and cancer cell biology.
  • PLEASE NOTE: before initiating the formal application process to doctoral studies, all interested candidates are required to contact the supervisor or/and fill in the registration form on the web page of the CEITEC PhD School (link below).

    MORE INFORMATION:

    http://ls-phd.ceitec.cz/

    https://www.ceitec.eu/microenvironment-of-immune-cells/rg115

    Poznámky

    Recommended literature:

    Pavlasova G, et al…. Mraz M. Ibrutinib inhibits CD20 upregulation on CLL B cells mediated by the CXCR4/SDF-1 axis. Blood. 2016 Sep 22;128(12):1609-13. doi: 10.1182/blood-2016-04-709519. Epub 2016 Aug 1. PMID: 27480113 Free PMC article

    Kipps et al. Chronic lymphocytic leukaemia. Nat Rev 2017 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28102226/

    Seda V, Mraz M. B-cell receptor signalling and its crosstalk with other pathways in normal and malignant cells. Eur J Haematol. 2015 Mar;94(3):193-205. doi: 10.1111/ejh.12427. Epub 2014 Sep 13. PMID: 25080849 Review.

    Školitel

    doc. MUDr. Mgr. Marek Mráz, Ph.D.

    Regulation of cell migration in B cell leukemias and lymphomas
    Školitel: doc. MUDr. Mgr. Marek Mráz, Ph.D.

    We are looking for a motivated PhD student for a project funded by ERC Grant (Marek Mraz lab, www.ceitec.cz/mrazlab). The project goal is to understand the molecular machinery that regulates the migration of malignant B cells between different niches such as lymphoid and bone marrow niche and peripheral blood. This is of great interests a general mechanism of how migration is regulated in cancer cells, but also especially in chronic lymphocytic leukemia (CLL), which is a disease dependent on the B cell recirculation between different compartments (reviewed in Seda and Mraz, 2015; Seda et al, 2021). In CLL, but also in other lymphomas, the malignant B cells permanently re-circulate from peripheral blood to lymph nodes and back, and blocking this recirculation can be used therapeutically since malignant B cells depend on signals in the immune microenvironment. However, the factors that regulate this are mostly unclear. The lab established several models for in vitro and in vivo studies of microenvironmental interactions and their interplay (unpublished in vivo model; Pavlasova et al. Blood, 2016; Pavlasova et al. Leukemia, 2018; Musilova et al. Blood, 2018; Mraz et al. Blood, 2014; Cerna et al. Leukemia, 2019).

    We have identified candidate molecules that might act as novel regulators of the B cell migration or the balance between homing and survival in peripheral blood. This will be further investigated by the PhD student using technics such as genome editing (CRISPR), RNA sequencing, use of primary samples, functional studies with various in vitro and in vivo models. The research is also relevant for understanding resistance mechanisms to BCR inhibitors, pre-clinical development of novel drugs and their combinations (several patents submitted by the lab).

    Requirements on candidates:
  • Motivated smart people that have the "drive" to work independently, but also willing to learn from other people in the lab and collaborate.
  • Candidates should have a master's degree in Molecular biology, Biochemistry, or similar field and have deep interest in molecular biology and cancer cell biology.
  • PLEASE NOTE: before initiating the formal application process to doctoral studies, all interested candidates are required to contact the supervisor or/and fill in the registration form on the web page of the CEITEC PhD School (link below).

    MORE INFORMATION:

    http://ls-phd.ceitec.cz/

    https://www.ceitec.eu/microenvironment-of-immune-cells/rg115

    Poznámky

    Recommended literature:

    Seda et al….Mraz FoxO1-GAB1 Axis Regulates Homing Capacity and Tonic AKT Activity in Chronic Lymphocytic Leukemia. Blood 2021 March (epub). https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33786575/

    Pavlasova G, et al…. Mraz M. Ibrutinib inhibits CD20 upregulation on CLL B cells mediated by the CXCR4/SDF-1 axis. Blood. 2016 Sep 22;128(12):1609-13. doi: 10.1182/blood-2016-04-709519. Epub 2016 Aug 1. PMID: 27480113 Free PMC article

    Seda V, Mraz M. B-cell receptor signalling and its crosstalk with other pathways in normal and malignant cells. Eur J Haematol. 2015 Mar;94(3):193-205. doi: 10.1111/ejh.12427. Epub 2014 Sep 13. PMID: 25080849 Review.

    Školitel

    doc. MUDr. Mgr. Marek Mráz, Ph.D.

    The role of RNA modifications in the organellar metabolism
    Školitel: prof. Mgr. Štěpánka Vaňáčová, Ph.D.

    RNA modifications have acquired a significant attention mainly during the past decade. They play a role in numerous essential processes in all kingdoms of life. Moreover, they prove to be also essential for biotechnologies such as mRNA vaccine development. In this project, the student(s) will investigate how specific RNA modifications regulate metabolism of organelles such as mitochondria and chloroplasts. At the moment, we have exciting preliminary results and are searching for excited and highly motivated hard working students. You will learn and master a broad spectrum of methods starting from basic molecular biology and biochemistry to advanced methods of protein-RNA interactions, proteomics, metabolomics and transcriptomics, genetic modification of different cell types by CRISPR-Cas etc.

    Requirements on candidates:

    An ideal candidate should have a good theoretical and practical background in molecular biology and/or biochemistry, have good communication and social skills and most importantly be excited about science and ready to invest energy and time to make new discoveries.

    PLEASE NOTE: before initiating the formal application process to doctoral studies, all interested candidates are required to contact the supervisor or/and fill in the registration form on the web page of the CEITEC PhD School

    MORE INFORMATION:

    http://ls-phd.ceitec.cz/

    https://www.ceitec.eu/rna-quality-control/rg55

    Poznámky

    Recommended literature: The literature will be recommended after initial pre-screening and student interviews.

    Školitel

    prof. Mgr. Štěpánka Vaňáčová, Ph.D.

    Informace o studiu

    Zajišťuje Přírodovědecká fakulta
    Typ studia doktorský
    Forma prezenční ano
    kombinovaná ano
    distanční ne
    Možnosti studia jednooborově ano
    jednooborově se specializací ne
    v kombinaci s jiným programem ne
    Doba studia 4 roky
    Vyučovací jazyk čeština
    Oborová rada a oborové komise

    Váháte? Máte otázku? Pošlete nám e-mail na

    Zajímá vás obsah a podmínky studia programu Vědy o živé přírodě? Zeptejte se přímo konzultanta programu:

    Mgr. et Mgr. Eva Barnová

    Konzultant programu

    e‑mail:

    Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.