Vědy o živé přírodě

"Life for Science. Science for Life."

Podat přihlášku

PřF: Přijímací řízení do doktorského programu Life Sciences 2021/2022 (zahájení jaro 2022)
Termín podání přihlášky do půlnoci 31. 10. 2021

Co se naučíte

Cílem studia je vzdělávat studenty v oblasti věd o živé přírodě a připravovat je jako vysoce kvalifikované pracovníky pro vědeckou činnost. Úvodní část studia je vyhrazena prohloubení teoretických a praktických znalostí. Paralelně s tím probíhá zpracování samostatné literární rešerše k zadanému tématu doktorské disertace. Samotné těžiště činnosti studentů spočívá v jejich vlastní vědecké práci. Studenti jsou školitelem vedeni, aby byli schopni samostatně realizovat všechny fáze vědeckého projektu. Jsou též vedeni ke zpracování získaných experimentálních dat metodologicky relevantně, stejně tak k jejich interpretaci a následné prezentaci v různých formách. Program je vysoce multidisciplinární a ve srovnání s tradičním studiem biologie je více zaměřen metodologicky a analyticky. Díky přístupu ke špičkové infrastruktuře, mohou studenti lépe kombinovat různé biochemické, bioanalytické i vizualizační instrumentální techniky s řešením biologických problémů, což zvyšuje dopad jejich vědecké činnosti i následně jejich flexibilitu uplatnění na trhu práce včetně pozic v mimoakademické sféře, např. v rámci existujících biotechnologických firem či v nově vznikajících spin-off.

Koncepce programu reflektuje současnou úroveň poznatků vědy, potřeby trhu práce a celkové trendy v oboru. Současně těží ze systému podpory v rámci tzv. CEITEC PhD School, která představuje koncepci péče o doktorské studenty zapojené do výzkumných týmů v CEITECu a současně klade důraz na rozšíření kompetencí budoucích absolventů v socio-manažerských, technologických a přenositelných dovednostech. Ty jim umožní vést svou navazující výzkumnou činnost efektivním a moderním způsobem a poskytnou jim velmi dobrý přehled o etických aspektech výzkumu nezbytných pro bádání v oblasti živých věd a výzkumu a vývoji obecně.

Program cílí na mezinárodní uplatnění absolventů. Je připravován v české i anglické verzi, výuka většiny předmětů, všech seminářů a ve velké míře i výzkumná činnost probíhá v anglickém jazyce. Prostředí na CEITEC MU je významně mezinárodní, takže studenti jsou exponováni komunikaci v angličtině nejen při oficiální výuce, ale prakticky všude v rámci CEITEC.

Praxe

Významným příspěvkem k osvojení praktických dovedností studentů DSP Vědy o živé přírodě je jejich přirozené zapojení do výzkumných týmů na CEITEC MU. Tím mohou studenti bezprostředně získávat potřebné praktické návyky pro řízení týmu a vědeckých projektů, osvojit si dovednosti navazování kontaktů a přímým zapojením do řešení výzkumných projektů a grantů (včetně projektů H2020 a ERC grantů) pochopit i problematiku financování výzkumu. Studenti mohou taktéž běžně využívat jedenácti unikátně vybavených sdílených laboratoří a získat touto formou významnou praktickou zkušenost v rámci tzv. interní stáže, případně v jiné instituci v ČR v rámci externí stáže (doporučený rozsah 10 pracovních dní (80 pracovních hodin).

Povinnou součástí studijních povinností v doktorském studijním programu je absolvování části studia na zahraniční instituci v délce nejméně jednoho měsíce, nebo účast na mezinárodním tvůrčím projektu s výsledky publikovanými nebo prezentovanými v zahraničí nebo jiná forma přímé účasti studenta na mezinárodní spolupráci.

V programu jsou podporovány Collaborative PhD, tj. absolvování doktorského projektu ve spolupráci s komerčním subjektem. Ty umožňují exponovat studenty více neakademickému prostředí. Také v rámci systému TAC dochází k častější spolupráci studentů s odborníky z praxe.

Chcete vědět víc?

http://ls-phd.ceitec.cz/

Uplatnění absolventů

V doktorském programu je kladen velký důraz na internacionalizaci, jsou zde také vytvářeny podmínky pro interdisciplinární řešení zadaných témat dizertačních prací a klade se důraz na posílení socio-manažerských a přenositelných dovedností. Tím se zvyšuje reálná šance absolventů na uplatnění ve špičkových vědeckých i technologických, akademických i komerčních týmech po celém světě, jako např. ve:

  • vědecko-výzkumných organizacích a akademických institucích (výzkumné ústavy, univerzity) se zaměřením na biologický a biomedicínský výzkum a vzdělávání, a to v prvních letech jako postdoktorální stážisté a následně jako vedoucí výzkumného týmu nebo programu, vedoucí sdílených laboratoří (tzv. core facilities), apod., případně na lektorských pozicích;
  • špičkových laboratořích aplikovaného výzkumu zaměřeného na vývoj nových biotechnologických biomedicínských metod to to na pozicích vědeckých specialistů a vývojářů;
  • komerční sféře v oblasti poradenství a marketingu biomedicínských nebo biotechnologických produktů;
  • díky získaným znalostem z oblasti duševního vlastnictví a transferu technologií specificky ve svých oblastech zájmu, budou absolventi oboru dobře vybaveni i pro aktivity při zakládání start-up a spin-off firem.

Podmínky přijetí

Požadavky jsou podrobně uvedeny na http://ls-phd.ceitec.cz/information-for-applicants/ Přijímací řízení probíhá dvoukolově. První kolo je založeno na posouzení dodaných materiálů - pouze kompletní přihlášky včetně všech povinných příloh jsou akceptovány a přezkoumány. Uchazeči, kteří postoupí do druhého kola, jsou pozváni k přijímacímu pohovoru se členy komise.

Kritéria hodnocení

Znalosti v oblasti věd o živé přírodě, komunikace v angličtině, dodané materiály a celkový dojem.

Termíny

1. 9. – 31. 10. 2021

Termín pro podání přihlášek

Podat přihlášku

Výzkumná zaměření dizertačních prací

Jednooborové studium

AFM Extension Modules to Study Cell Mechanics and Electrophysiology
Školitel: Mgr. Jan Přibyl, Ph.D.

Our laboratory has long been involved in the use of AFM microscopy in the study of cellular and molecular structure and mechanics. We are now equipped with new modules (FluidFM, MEA) for further operations with cells and the acquisition of additional parameters (adhesiveness, cell potential). These methods are described below, the student's goal would be to characterize biomechanical properties of various cells, such as cardiomyocytes. However, also adhesivity of epithelial cells to the new types of implant materials. Combined characterization of mechano-electrical feedback of electrically active cells may bring new insight into the diseases, such as CPVT. FluidFM, micro-fluidic force microscopy, is a relatively new (2009) and very interesting application of atomic force microscopy (AFM) based on a microchannel inside the tip and probe for localized injection or aspiration of very small volumes of fluids. It is very well suited for work with living cells - pico-injection into cells, isolation of molecules or organelles from single cells, the study of cell adhesion, etc. Microelectrode array (MEA) is an electrophysiological method using a region with tens to hundreds of small electrodes (electrode size is on the order of tens of micrometers in a region of the order of units of millimeters) to monitor the cell potential of cardiac and nerve cells. The main use is to test new drugs, but also to describe cellular processes in electrically active cells.

We are looking for applicants with a degree in biophysics, biochemistry, cell and molecular biology. Previous experience with the techniques is welcome but not required.

PLEASE NOTE: before initiating the formal application process to doctoral studies, all interested candidates are required to contact the supervisor and phd@ceitec.muni.cz

MORE INFORMATION:

http://ls-phd.ceitec.cz/

https://www.ceitec.cz/centralni-laborator-nanobiotechnologie/cf104

Školitel

Mgr. Jan Přibyl, Ph.D.

Elucidating the biological roles of ADARs, the RNA editing enzymes
Školitel: prof. Mary Anne O'Connell, PhD.

The ADAR enzymes deaminate adenosine bases in dsRNA in pre-mRNAs to inosine, which can be read as guanosine by the translational machinery, recoding individual codons in some ADAR-edited transcripts. In vertebrates, one of the most critical recoding events maintains the calcium impermeability of GluA2 subunit-containing AMPA receptors and this is catalyzed by Adar2. Adenosine to inosine conversion in endogenous dsRNA also helps the cell distinguish self from foreign/viral/pathogenic dsRNA. This is essential as without it, unedited endogenous dsRNA binds to cellular dsRNA sensors and activates innate immune responses (doi: 10.1016/j.celrep.2014.10.041) and Adar1 required for this. The PhD student will investigate these roles of Adar1 and Adar2 further using mouse mutants and cell cultures which are available within the group.

We are looking for applicants who are motivated and creative. Experience in molecular biology techniques is desired. The applicant must have good English language skills – both spoken and written. The PhD candidate must have a Masters degree.

PLEASE NOTE: before initiating the formal application process to doctoral studies, all interested candidates are required to contact the supervisor and phd@ceitec.muni.cz

MORE INFORMATION:https://www.ceitec.eu/era-chair-rna-and-immunity-mary-oconnell/

http://ls-phd.ceitec.cz/http-ls-phd-ceitec-cz

Školitel

prof. Mary Anne O'Connell, PhD.

Introducing and optimizing CRISPR/Cas methodology in plants.
Školitel: Mgr. Markéta Pernisová, Ph.D.

The main task of the project will be implementing and optimizing CRISPR/Cas methodology in the laboratory. Set of suitable vectors will be designed by cloning methodology (Gibson assembly, Gateway etc.). Plant mutant lines will be generated firstly in Arabidopsis then in crops like Brassica, wheat, or barley. Genes of interest will be chosen mainly from cytokinin biosynthesis or signalling families, e.g. log genes. Regeneration and cultivation protocols will be established to obtain CRISPR/Cas lines. These protocols are expected to become part of the regular offer of services that are available from the Plant Sciences Core Facility. Results will be published in impacted journals.

PLEASE NOTE: before initiating the formal application process to doctoral studies, all interested candidates are required to contact the supervisor and phd@ceitec.muni.cz

MORE INFORMATION: http://ls-phd.ceitec.cz/http-ls-phd-ceitec-cz

https://www.muni.cz/en/people/11554-marketa-pernisova

Školitel

Mgr. Markéta Pernisová, Ph.D.

Investigating pre-mRNA alternative splicing during the embryonic thermoresponse in Arabidopsis thaliana
Školitel: Helene Robert Boisivon, Ph.D.

Transcript variants generated by alternative splicing (AS) of a precursor mRNA transcript expand the cellular protein catalog for the plant response to various stresses without the requirement of de novo transcription. AS is a molecular strategy taken by plants under temperature stress to limit the adverse effects of high temperatures and to adjust their growth and physiology during the stress period. Spliced variants may be targeted for degradation by non-sense mediated decay (NMD) or encode alternative proteins to feedback on the stress response. Heat Shock Proteins (HSP) and Heat Shock Factors (HSF) are among the targets of temperature-induced AS. Our lab investigates how high temperatures affect embryo morphogenesis and seed development. We identified that AS regulators are upregulated in seeds of plants grown at high temperatures. The project will investigate the implications of AS in the morphogenic alterations of Arabidopsis embryos when developing at high temperatures. The proposed experimental approaches include profiling of AS events in high-temperature seeds by nanopore RNA sequencing. Specific candidates whose transcripts are targeted by AS at high temperatures, and known for their involvement in embryo morphogenesis, will be functionally characterized: expression analysis (microscopy), phenotyping (genetics), ectopic expression (cloning, generation of transgenics), etc.

The Ph.D. topic is part of a collaborative project with the research team led by Dr. Said Hafidh in the lab of Prof. Honys at the Institute of Experimental Botany in Prague.

PLEASE NOTE: before initiating the formal application process to doctoral studies, all interested candidates are required to contact the supervisor and phd@ceitec.muni.cz

MORE INFORMATION: http://ls-phd.ceitec.cz/http-ls-phd-ceitec-cz

http://boisivonlab.ceitec.cz/

Školitel

Helene Robert Boisivon, Ph.D.

Microenvironmental Interactions in the Biology of B Cell Leukemias and Lymphomas
Školitel: doc. MUDr. Mgr. Marek Mráz, Ph.D.
The laboratory is focused on the basic and translational biology of microenvironmental interactions and B-cell Receptor (BCR) signaling in B cell leukemias and lymphomas. Targeting microenvironmental interactions is a promising therapeutic strategy in B cell neoplasms, and we mainly use chronic lymphocytic leukemia (CLL) and follicular lymphoma/DLBCL as model diseases. Our overall goal is to understand the microenvironmental interactions in B cell malignancies.

We are looking for a motivated PhD student that would like to work on the following project funded by the ERC (European Research Council) Starting grant.

EXAMPLES OF POTENTIAL PHD TOPICS:

1. LONG NON-CODING RNAs (lncRNAs) IN LEUKEMIAS

2. REGULATION OF CELL MIGRATION IN B CELL LEUKEMIAS AND LYMPHOMAS

3. ROLE OF TRANSCRIPTION FACTORS IN ONSET AND PROGRESSION OF B-CELL MALIGNANCIES

4. REGULATION OF BCR SIGNALLING BY DNA DAMAGE RESPONSE AND P53 PROTEIN

WHAT DO WE OFFER:

- modern laboratories, project funded by the prestigious ERC grant - high risk and high gain, state-of-the-art instrument, stable funding, competitive scholarship

- You will work in a team of young investigators that challenge some long-standing problems in the field of hematology. We do basic science, but with the objective to help patients in the future (we have access to primary samples with hem. malignancies).

WHAT WILL YOU LEARN/DO:

- How to think and work independently as a scientist

- Writing of abstracts and papers (and course in grant writing and presentation of data)

- How to present data and will attend conferences to present your research

- You will spend 1-2 months visit(s) in collaborating labs in Europe or US

- Collaboration with experts in wet lab research and bioinformatics

- Novel methods such as Next Generation Sequencing (Illumina) and genome editing (Crispr).

- How to critically analyze scientific data (regular journal clubs)

- Classical methods of molecular biology (e.g. immunoblotting, flow cytometry, qRT-PCR, cell cultures, cloning), and you will use our in vitro models for microenvironmental interactions, and artificial activation/inhibition signalling pathways to decipher the gene regulatory loops

- You can supervise bachelor and diploma students if interested

WHO ARE WE LOOKING FOR:

- Motivated smart people that have the “drive” to work independently, but also willing to learn from other people in the lab and collaborate.

- Candidates should have a master’s degree in Molecular biology, Biochemistry, or similar field and have deep interest in molecular biology and cancer cell biology.

PLEASE NOTE: To apply please submit a CV by email to: marek.mraz@email.cz (Subject: PhD School) and phd@ceitec.muni.cz

MORE INFORMATION: http://ls-phd.ceitec.cz/http-ls-phd-ceitec-cz OR ceitec.cz/mrazlab

Školitel

doc. MUDr. Mgr. Marek Mráz, Ph.D.

Role of the AUXIN RESPONSE FACTOR5 and miRNAs in embryogenic transition in Arabidopsis
Školitel: Helene Robert Boisivon, Ph.D.

Somatic embryogenesis is the plant's unique developmental capacity to switch on an embryonic developmental program in somatic cells. It is a process widely used for the micropropagation of various plant species. The somatic embryogenesis process is also a valuable working model to decipher the molecular mechanisms that determine the capacity of somatic cells to reprogram into embryonic cells. The plant hormone auxin is one key regulator and inducer of the process. And the AUXIN RESPONSE FACTOR5 plays a fundamental role in regulating many aspects of the somatic embryogenesis response. ARF5 may regulate the expression of auxin biosynthetic YUCCA enzymes and post-transcriptional modulators such as miRNA390s. This project will contribute to gain a better understanding of their regulatory interaction during the somatic embryogenesis process. The project will include the functional analysis of the MIR390 genes during the embryogenic transition and the analysis of the functional relationship between ARF5 and selected YUCCAs. The proposed experimental approaches include the preparation of molecular reporters and various other constructs (cloning and generation of transgenics), the preparation of CRISPR-based mutants and their phenotypic analysis (genetics, tissue culture), and the analysis of expression (microscopy, RT-qPCR), among others. The Ph.D. topic is part of a bilateral collaborative project with the Polish research team led by Dr. Barbara Wójcikowska in the lab of Prof. Gaj at the University of Silesia in Katowice.

PLEASE NOTE: before initiating the formal application process to doctoral studies, all interested candidates are required to contact the supervisor and phd@ceitec.muni.cz

MORE INFORMATION: http://ls-phd.ceitec.cz/http-ls-phd-ceitec-cz

http://boisivonlab.ceitec.cz/

Školitel

Helene Robert Boisivon, Ph.D.

The role RNA modifications in DNA replication and repair
Školitel: doc. Mgr. Štěpánka Vaňáčová, Ph.D.

The internal and terminal RNA modifications play crucial roles in a number of essential processes of eukaryotic organisms. They regulate the production of germ cells, cellular differentiation, response to stress, and defects in this pathway have been linked to a number of human diseases. The aim of this project is to study in details how specific terminal RNA modifications regulate and interconnect with DNA replication and repair. The student will master number of diverse methodical approaches, such as human cell culture manipulations (cultivation, RNAi, CRISPR/Cas9, etc.), fluorescence microscopy, protein expression and purification, RNA small scale and high-throughput analyses and/or enzymatic assays.

She/he will have the opportunity to work in a dynamic lively team, attend prestigious international conferences and collaborate with experts at other European institutes. Students from Vanacova group typically continue in their carrier at highly prestigious institutes after accomplishing their theses, such as Yale, Stanford, FMI in Basel, ETH Zurich, Columbia University in New York, etc.

Prospective student should ideally have done masters in molecular biology/biochemistry and have a laboratory experience in nucleic acids and/or protein purification and analysis. The most highly valued feature will however be excitement for science and strong drive in tackling important biological questions. The applicant must have good English language skills – both spoken and written. The PhD candidate must have a Masters degree.

PLEASE NOTE:before initiating the formal application process to doctoral studies, all interested candidates are required to contact the supervisor and phd@ceitec.muni.cz

MORE INFORMATION: http://ls-phd.ceitec.cz/http-ls-phd-ceitec-cz

http://www.ncbr.muni.cz/~vanacova/

Školitel

doc. Mgr. Štěpánka Vaňáčová, Ph.D.

Informace o studiu

Zajišťuje Přírodovědecká fakulta
Typ studia doktorský
Forma prezenční ano
kombinovaná ne
Možnosti studia jednooborově ano
jednooborově se specializací ne
v kombinaci s jiným programem ne
Doba studia 4 roky
Vyučovací jazyk čeština
Oborová rada a oborové komise

Váháte? Máte otázku? Pošlete nám e-mail na

Zajímá vás obsah a podmínky studia programu Vědy o živé přírodě? Zeptejte se přímo konzultanta programu:

Mgr. et Mgr. Eva Barnová

Konzultant programu

e‑mail:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.